Вакансия закрыта работодателем

Биоинформатик для анализа метагеномов на июль-август

в Кномикс
Город Москва, Russian Federation
Опубликовано 16.06.2017
Категория Биоинформатика
Тип вакансии Удаленно
Частичная занятость
Адрес «Сколково», Большой бульвар, 42, корп. 1. Метро Славянский бульвар

Обязанности

Среди распространенных методов для определения бактериальных таксонов, которые живут в кишечнике человека — бактериальный посев и метагеномное секвенирование. Мы создаем высокоточную тест-систему на основе ПЦР, которая по стоимости применения будет сопоставима с бакпосевом, а по детальности описания микробиоты — приближаться к секвенированию 16S рРНК.

На ближайшие 2 месяца ищем биоинформатика с опытом анализа бактериальных геномов и метагеномов, который поможет разработчикам тест-системы подбирать и валидировать последовательности праймеров. Среди задач, которые вам предстоит заняться:

  • Сопоставление последовательностей референсных геномов с реально присутствующими в микробиоте с помощью метагеномных данных,
  • картирование последовательностей праймеров на геномы и метагеномы, поиск SNP,
  • In silico оценка чувствительности и специфичности праймеров,
  • взаимодействие с удаленной командой разработчиков тест-системы.

Требования

  • опыт работы с большими объемами геномных и метагеномных последовательностей,
  • знание bash и основных программ типа samtools и bedtools,
  • знание Питона или R,

Плюсы:

  • понимание принципов работы ПЦР-систем,
  • опыт работы с омикс-данными по микробиоте кишечника человека.

Условия

  • Проект рассчитан на два месяца. После его завершения при желании обсудим постоянную занятость
  • Можно работать удаленно, можно приезжать в офис в Сколково (20 минут на автобусе от Славянского Бульвара, пробки только раз в две недели),
  • полная или частичная занятость
  • в команде — ученые, биоинформатики, программисты.