Мы ищем биоинформатика для работы в области геномного эпидемиологического надзора, молекулярной диагностики и анализа данных секвенирования геномов патогенов.
Основная задача — участие в обработке и интерпретации данных NGS секвенирования, полученных при исследовании вирусов, бактерий и других инфекционных агентов. Работа связана с практическими задачами эпидемиологического мониторинга, выявлением вариантов и генотипов патогенов, анализом мутаций, подготовкой данных для баз данных.

• анализ данных секвенирования геномов патогенов, включая вирусы, бактерии, грибы;
• контроль качества NGS-данных, обработка ридов, сборка консенсусов;
• типирование, генотипирование и определение вариантов патогенов;
• поиск мутаций, маркеров лекарственной устойчивости, вирулентности или других значимых генетических признаков;
• филогенетический и сравнительный анализ геномных последовательностей;
• работа с публичными и внутренними базами данных геномов патогенов;
• подготовка таблиц, графиков и аналитических материалов по результатам секвенирования;
• участие в разработке, адаптации и автоматизации биоинформатических пайплайнов;
• взаимодействие с молекулярными биологами, эпидемиологами и исследователями;
• участие в научных публикациях, методических материалах и проектах в области геномного надзора и диагностики.

• высшее образование в области биоинформатики, биологии, молекулярной биологии, генетики, медицины, математики, информатики или смежных направлений;
• понимание принципов NGS и основных этапов анализа данных секвенирования;
• опыт работы с Linux/Unix;
• знание Python, R или другого языка для анализа данных;
• опыт работы с FASTQ/FASTA/BAM/VCF и другими форматами биоинформатических данных;
• понимание принципов выравнивания, сборки, variant calling, построения консенсусных последовательностей;
• базовое понимание филогенетического анализа и сравнительной геномики;
• внимательность к качеству данных и готовность работать с реальными клиническими/эпидемиологическими данными.

• опыт анализа геномов вирусов, бактерий или других патогенов желателен;
• опыт работы с данными метагеномного секвенирования;
• знание инструментов Nextclade, Pangolin, IQ-TREE, MAFFT, BLAST, minimap2, BWA, samtools, bcftools, Kraken/Bracken, Snakemake, Nextflow или аналогичных;
• опыт разработки или сопровождения автоматизированных пайплайнов;
• опыт работы с метаданными, эпидемиологическими данными и базами данных;
• опыт подготовки отчетов, научных статей или презентаций;
• понимание задач молекулярной диагностики и эпидемиологического надзора.

• работа в команде, занимающейся геномным эпидемиологическим надзором и современными методами диагностики инфекционных заболеваний;
• участие в прикладных и научных проектах, связанных с реальными данными секвенирования патогенов;
• возможность профессионального роста в области биоинформатики, геномной эпидемиологии и анализа больших биологических данных;
• участие в публикациях, выступления на конференциях;
• формат работы, занятость и уровень оплаты обсуждаются по результатам собеседования;
• Скидки на анализы и прием врачей, обеды, спортивные мероприятия.