Биоинформатик для имиджевого проекта

Обязанности

  • Необходимо подсчитать количество драйверных мутаций в разных видах рака (легкого, желудка, мозга итд, всего около 20-30 видов)
  • Исходные данные берем из общедоступных датабанков (gdc.cancer.gov, dcc.icgc.org, cancer.sanger.ac.uk/cosmicfirebrowse.org, cbioportal.org/datasets, tumorportal.org)
  • Необходимо учитывать не только single-nucleotide alterations (SNAs) и indels, но и copy-number alterations (CNAs); высший пилотаж - подсчитать также эпитенетические изменения (epimutations)
  • Нужно уметь сортировать мутации на драйверные и пассажирские, желательно различными методами
  • Смысл всей этой катавасии - доказать новый закон развития рака (см. ниже)

 

Требования

  • В идеале необходим человек, который собаку съел на анализе соматических мутаций в раке. Теоретически он может справиться с этим проектом за пару недель, и в качестве результатов можно будет не сомневаться.
  • Но также подойдут и энтузиасты-аспиранты с биоинформатическим образованием, готовые разобраться в теме, разумеется за более длительный срок и с большей степенью контроля.

Условия

Полтора года назад я выдвинул новый закон развития рака, и опубликовал его в  Scientific Reports. Можно почитать про это здесь или посмотреть телесюжет

Далее я показал применимость этого закона для детского рака, а самое главное, что предсказания коррелируют с реальными данными. Теперь необходимо зацементировать это данными биоинформатического анализа опухолевых сиквенсов. Тут я один уже не справляюсь.

Пока что проект на добровольных началах, за идею, престиж России и первое авторство в публикации уровня Nature Genetics или Сancer Cell. В ближайшем будущем планируется получение грантов.

Разумеется, работать можно удаленно, в свободное время итп, кому как удобно. Периодически будем встречаться лично или обсуждать прогресс по скайпу.

Энтузиасты, пишите!

Перетащите файл сюда Выбрать файл ...
Отправляя отклик, я соглашаюсь с политикой обработки персональных данных