BostonGene разрабатывает облачную платформу для онкологов, которая помогает подбирать противоопухолевые терапии для пациентов, основываясь на NGS анализе опухоли. От того, насколько чувствителен и точен наш анализ зависит жизнь пациента.

В лаборатории BostonGene в Бостоне мы разрабатываем, тестируем и валидируем новые протоколы для проведения теста, а также наши биоинформатические алгоритмы для анализа генетических данных. В 2020 году мы успешно прошли сертификацию CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments, https://www.cms.gov/Regulations-and-Guidance/Legislation/CLIA) и теперь работаем с клиническим материалом пациентов для проведения секвенирования и последующего анализа в своей лаборатории. До этого мы имели более 4 лет опыта работы с данными коллабораторов из ведущих Американских научных центров и большими массивами открытых данных.

Задачи:

• Улучшение, поддержка существующих pipeline и рабочих процессов секвенирования ДНК, соответствующие рекомендациям CLIA и CAP (https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation) для клинического анализа NGS;

• Разработка и проведение анализа для улучшения систем поиска вариантов (germline/somatic), классификации и анализа;

• Постоянное улучшение и обслуживание существующих pipeline;

• Разработка алгоритмов, используемых для понимания вариабельности рака посредством анализа данных NGS (WES/WGS), оценка и интеграция сторонних инструментов;

• Анализ больших данных по сотням и тысячам образцов для оценки точности и производительности алгоритмов коллинга мутаций;

• Непосредственное взаимодействие с лабораторией для оптимизации и валидации теста;

• Общение с внешними научными командами;

• Сотрудничество с учеными и клиницистами в разработке и проведении анализа данных клинического секвенирования опухоли с целью повышения качества лечения.

• Знание английского не ниже Intermediate;

• Детальное мышление для работы с приложениями, которые напрямую влияют на здоровье реальных пациентов;

• Опыт в использовании version control and source code management systems (e.g. Git);

• Опыт работы в области моногенных заболеваний, генетики рака, иммунологии и молекулярной биологии;

• Опыт работы с данными NGS;

• Свободное владение Python/R, BASH;

• Самостоятельно и хорошо работает в междисциплинарных командах (не значит, что мы вас бросим, но прописывать каждый шаг в задаче мы не будем; многие анализы являются уникальными и опыта их исследования в мире нет).

Будет плюсом:

• Amazon AWS;

• CI / CD;

• Docker или другая контейнеризация / виртуализация

• Опыт использования workflow менеджеров, напрмер airflow, luigi, nextflow/Arvados;

• Опыт программирования на C ++ / Java.

• Опыт работы в отрасли precision medicine;

• Гибкий рабочий график, возможность работать как в офисе, так и удаленно;

• Коллектив из выпускников лучших ВУЗов (МФТИ, МГУ, Первый мед, СколТех);

• Регулярный пересмотр оклада, ДМС, корпоративные скидки;

• Интересная работа и сложные задачи;

• Офис в пешей доступности от станции метро Павелецкая (сейчас на удаленном формате работы находится большая часть компании)