Bioinformatics Software Engineer – Genomics

в BostonGene (посмотреть профиль)
Город Moscow, Russian Federation
Опубликовано 11.12.2020
Категория Биоинформатика
Тип вакансии Полная занятость
Адрес м. Павелецкая, Шлюзовая набережная, 6/4

Обязанности

BostonGene разрабатывает облачную платформу для онкологов, которая помогает подбирать противоопухолевые терапии для пациентов, основываясь на NGS анализе опухоли. От того, насколько чувствителен и точен наш анализ зависит жизнь пациента.

В лаборатории BostonGene в Бостоне мы разрабатываем, тестируем и валидируем новые протоколы для проведения теста, а также наши биоинформатические алгоритмы для анализа генетических данных. В 2020 году мы успешно прошли сертификацию CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments, https://www.cms.gov/Regulations-and-Guidance/Legislation/CLIA) и теперь работаем с клиническим материалом пациентов для проведения секвенирования и последующего анализа в своей лаборатории. До этого мы имели более 4 лет опыта работы с данными коллабораторов из ведущих Американских научных центров и большими массивами открытых данных.

Задачи:

  • Улучшение, поддержка существующих pipeline и рабочих процессов секвенирования ДНК, соответствующие рекомендациям CLIA и CAP (https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation) для клинического анализа NGS;

  • Разработка и проведение анализа для улучшения систем поиска вариантов (germline/somatic), классификации и анализа;

  • Постоянное улучшение и обслуживание существующих pipeline;

  • Разработка алгоритмов, используемых для понимания вариабельности рака посредством анализа данных NGS (WES/WGS), оценка и интеграция сторонних инструментов;

  • Анализ больших данных по сотням и тысячам образцов для оценки точности и производительности алгоритмов коллинга мутаций;

  • Непосредственное взаимодействие с лабораторией для оптимизации и валидации теста;

  • Общение с внешними научными командами;

  • Сотрудничество с учеными и клиницистами в разработке и проведении анализа данных клинического секвенирования опухоли с целью повышения качества лечения.

Требования

  • Знание английского не ниже Intermediate;

  • Детальное мышление для работы с приложениями, которые напрямую влияют на здоровье реальных пациентов;

  • Опыт в использовании version control and source code management systems (e.g. Git);

  • Опыт работы в области моногенных заболеваний, генетики рака, иммунологии и молекулярной биологии;

  • Опыт работы с данными NGS;

  • Свободное владение Python/R, BASH;

  • Самостоятельно и хорошо работает в междисциплинарных командах (не значит, что мы вас бросим, но прописывать каждый шаг в задаче мы не будем; многие анализы являются уникальными и опыта их исследования в мире нет).

Будет плюсом:

  • Amazon AWS;

  • CI / CD;

  • Docker или другая контейнеризация / виртуализация

  • Опыт использования workflow менеджеров, напрмер airflow, luigi, nextflow/Arvados;

  • Опыт программирования на C ++ / Java.

Условия

  • Опыт работы в отрасли precision medicine;

  • Гибкий рабочий график, возможность работать как в офисе, так и удаленно;

  • Коллектив из выпускников лучших ВУЗов (МФТИ, МГУ, Первый мед, СколТех);

  • Регулярный пересмотр оклада, ДМС, корпоративные скидки;

  • Интересная работа и сложные задачи;

  • Офис в пешей доступности от станции метро Павелецкая (сейчас на удаленном формате работы находится большая часть компании)

Перетащите файл сюда Выбрать файл ...
Отправляя отклик, я соглашаюсь с политикой обработки персональных данных