Биоинформатик на проект по функциональной геномике

Обязанности

В НЦМУ “Национальный центр персонализированной медицины эндокринных заболеваний”, созданном на базе ФГБУ “НМИЦ эндокринологии” Минздрава России открыта вакансия биоинформатика на проекты по изучению эндокринных и раковых заболеваний с помощью транскриптомики отдельных клеток и других современных методов. 

Проекты проводятся в сотрудничестве с международными специалистами: 

  • профессором, руководителем лаборатории в Harvard Medical School Петром Харченко 

http://pklab.med.harvard.edu 

https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=8927149400

Проф. Петр Харченко — один из мировых лидеров в создании алгоритмов и уникального программного обеспечения для анализа данных секвенирования отдельных клеток. В настоящем проекте Проф. Харченко будет курировать вычислительную часть работ, разработку цифрового контура для объединения данных транскрипции генов в отдельных клетках и данных классической транскриптомики, а также взаимодействие проекта с ведущими мировыми консорциумами по анализу транскриптомики отдельных клеток, включая Human Cell Atlas.

 

  • профессором, руководителем департамента нейроиммунологии в медицинском университете Вены, руководителем лаборатории в Каролинском институте — Игорем Адамейко 

https://adameykolab.eu 

https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=8588903000   

Проф. Игорь Адамейко — один из ведущих мировых ученых специализирующийся на методах отслеживания работы генов в различных клеточных популяциях. В реализуемом проекте Проф. Адамейко будет курировать методологическую часть подготовки биоматериала для анализа на уровне отдельных клеток, а также создание генетических конструкций и проведение подтверждающих экспериментов по анализу активности РНК кандидатных на роль биомаркеров в различных клеточных популяциях.

 

  • Публикации, относящиеся к исследуемым темам:

Soldatov et al. “Spatiotemporal structure of cell fate decisions in murine neural crest”. Science. 2019. https://doi.org/10.1126/science.aas9536 

La Manno, Gioele, et al. "RNA velocity of single cells”. Nature 2018. https://doi.org/10.1038/s41586-018-0414-6

Furlan A. et al. “Multipotent peripheral glial cells generate neuroendocrine cells of the adrenal medulla”. Science. 2017. https://doi.org/10.1126/science.aal3753 

Помимо перечисленных проектов, будущий сотрудник сможет участвовать в других исследованиях НЦМУ. Сотруднику будет предоставлена возможность пройти стажировку в научных лабораториях ведущих зарубежных исследовательских центров. Так же приветствуется инициатива по разработке новых вычислительных методов анализа данных и инфраструктурного программного обеспечения.

Требования

Ищем биоинформатика с опытом работы от двух лет в области функциональной геномики или смежной области, хорошо разбирающегося хотя бы в одной из следующих видов деятельности:

  • Анализ и интерпретация РНК секвенирования, в том числе одноклеточных измерений. Понимание статистических и алгоритмических основ обработки подобных данных.  Идеальный кандидат может не только эффективно выбирать и применять существующие подходы, но также участвовать в дальнейшей разработке подобных методов.
  • Существенный опыт работы на среде R и пакетами Bioconductor. Рабочее знание C++. Опыт создания вычислительных методов с высоким уровнем оптимизации. Желателен опыт использования нейронных сетей для анализа молекулярных данных.
  • Интерактивная визуализация масштабных геномных данных. Создание интерактивных визуализаций с помощью webgl и подобных технологий. Автоматизация обработки и учёта данных, создание конвейеров для биоинформатики с использованием CWL или подобных систем.

Условия

  • Мы рассматриваем только полную занятость.
  • Заработная плата в зависимости от ваших компетенций в диапазоне 60-300 тысяч рублей.
Перетащите файл сюда Выбрать файл ...
Отправляя отклик, я соглашаюсь с политикой обработки персональных данных