Биоинформатик (отдел АиПМБРЗ)

в ФМБА России (посмотреть профиль)
Город Москва, Russian Federation
Опубликовано 29.03.2022
Категория Биоинформатика
Тип вакансии Полная занятость
Адрес ул. Щукинская, дом5стр6 (Щукинская, Стрешнево)

Обязанности

Вакансия открыта в расширяющейся научной группе, которая занимается широким спектром исследований в области молекулярной биологии и молекулярной медицины.

Обязанности:

  • Формализация биологических задач и поиск подходов к их решению, в том числе, но не ограничиваясь:
    1. разработка и адаптация алгоритмов работы с массовыми типами молекулярных данных различной природы, включая OMICS-данные и NGS: геномные данные (WGS, WES), данные генной экспрессии – транскриптомные RNAseq, scRNAseq), протеомные данные, изучение эпигеномики (ChIP-seq, Methyl-seq), изучение микробиома;
    2. использование внутренних и сторонних биоинформатических сервисов для анализа механизмов заболеваний, создание моделей и алгоритмов для поиска биомаркеров, терапевтически значимых молекулярных мишеней и физиологически активных веществ, в том числе с применением подходов машинного обучения;
    3. анализ научной литературы, биоинформатических баз данных (БД) последовательностей и генетических элементов в них (изменения в генах, регуляторные области, SNP, мобильные генетические элементы, изучение РНК-опосредованных механизмов регуляции экспрессии), биохимических путей. Примеры БД: INSDC, PDB, KEGG, Swiss-Prot, SCOP, PFAM, GO и др..
  • Взаимодействие с командой разработчиков для создания биоинформатических сервисов на основе внутренних и сторонних алгоритмов.
  • Участие в разработке протоколов исследований, определение требований к входным данным, выбор критериев статистической оценки и контроля качества.
  • Регулярная презентация результатов работы, участие в написании отчетов, научных статей по результатам работы, патентов, экспертная оценка других, проводимых на базе ЦСП проектов, инициация новых исследовательских проектов.

Требования

  • Профильное образование по следующим специальностям:
    • биоинформатическое – будет преимуществом;
    • биологическое, медицинское – с превалирующим опытом работы над биоинформатическими проектами;
    • IT, физика, биофизика, анализ данных, техническое – с желанием погружаться в биологию.
  • Знание алгоритмов и структур данных, методов одномерного и многомерного статистического анализа данных;
  • Уверенное использование Python (Biopython, NumPy, SciPy, pandas), R (Bioconductor) для задач, связанных с обработкой и визуализацией биологических данных.
  • Знание Linux, скриптов Bash shell, основ работы с базами данных (SQL, Django).
  • Навыки работы с Github, GitLab.
  • Навыки работы со статистическими моделями и желатален опыт в ML (DL);
  • Хорошие навыки работы в команде и soft-skills.
  • Умение эффективно работать в условиях сжатых сроков, использование сервисов для управления задачами (JIRA, Asana и др.) и сервисов для ведения корпоративной документации.
  • Уровень английского языка (устный/письменный) – достаточный для беглого чтения и понимания научных статей, технических описаний алгоритмов и т.д.
  • Будет преимуществом знание дополнительных языков программирования JavaScript/C++, наличие степени, опыт экспериментальной работы с последующим анализом полученных собственноручно данных.

Зарплата

не указано

Условия

  • Стабильная организация, которой не страшен кризис.
  • Достойный уровень з/п, обсуждается индивидуально в зависимости от навыков.
  • Пятидневный режим рабочего времени.
  • Прикрепление к ведомственной поликлинике ФМБА.
  • Инновационная наука, проекты, имеющие прикладное значение, ориентированные на борьбу с самыми сложными болезнями.
  • Возможность публиковать результаты исследований, использовать для кандидатских и докторских диссертаций.
  • Возможно обучение (на рабочем месте или на курсах повышения квалификации) в процессе.

 

 

Рекомендуемые курсы для этой вакансии: