Биоинформатик для NGS в онкологии

в Атлас
Город Москва, Russian Federation
Опубликовано 10.07.2017
Категория Биоинформатика
Тип вакансии Полная занятость
Адрес ул. Малая Никитская 31, м. Баррикадная

Обязанности

Атлас — первая в России клиника персонализированной медицины и биомедицинский холдинг с международными амбициями. Мы проводим генетические тесты и используем когнитивные инструменты суперкомпьютера IBM Watson, IBM Bluemix и внутренние разработки.

В связи с расширением направления в области онкологии мы ищем талантливого биоинформатика, который не только сможет успешно справляться с обработкой данных NGS, но также участвовать в создании новых подходов и алгоритмов и оптимизации уже существующих, который знает как денно и нощно выискивать огрехи в гигабайтах прочитанных нуклеотидов и без жалости устранять их во благо российского здравоохранения.

Обязанности:

  • Запускать, мониторить, валидировать существующие протоколы анализа данных NGS
  • Оптимизация/рефакторинг существующего биоинформатического ПО/протоколов
  • Обзор стороннего свободного/коммерческого биоинформатического ПО
  • Разработка нового ПО для анализа данных NGS в области онкологии
  • Постоянный мониторинг достижений и трендов в области технологии высокопроизводительного секвенирования и его приложений в области онкологии/медицинской генетики, а также методов и алгоритмов анализа данных

Требования

  • Высшее образование в области математики, физики или биологии
  • Уверенное знание основ молекулярной биологии/генетики
  • Знание Python/Perl/Java
  • Знание Linux/Bash
  • Опыт работы с данными NGS - как в общем приложении (bwa/bowtie, samtools, bedtools), так и с целью поиска мутаций (вариант коллинг, аннотация)
  • Владение английским языком, достаточном для свободного чтения и понимания научных статей
  • Знание основ статистики в биологии
  • Опыт работы с биоинформатическими базами данных.
  • Знание MySQL.

Будет преимуществом:

  • Знание медицинской онкологии/медицинской генетики
  • Знание машинного обучения
  • Опыт разработки биоинформатического ПО/пайплайнов.
  • Знание R, matlab, mathematica
  • Опыт ведения репозитория 

Условия

  • Работа с генетиками, биоинформатиками и программистами в особняке на Малой Никитской, в трех минутах от м. Баррикадная.
  • Дружный коллектив, неформальное общение с лидерами биомеда.
Перетащите файл сюда Выбрать файл ...
Отправляя отклик, я соглашаюсь с политикой обработки персональных данных