Постдок

в СПбГУ, Центр геномной биоинформатики имени Ф.Г. Добржанского (посмотреть профиль)
Город St. Petersburg, Russian Federation
Опубликовано 31.08.2017
Категория Биоинформатика
Тип вакансии Полная занятость
Постдок или научный сотрудник
Адрес Центр геномной Биоинформатики СПбГУ В.О. Средний проспект 41, 199004 Санкт-Петербург тел. +7 (812) 363-61-03 "Василеостровская"

Обязанности

СПбГУ объявляет конкурс на работу «постдоком» под руководством ведущего научного сотрудника В.Б. Брюхина по приоритетному направлению «Биомедицина и здоровье человека».

Объявляется конкурс на замещение должности научного сотрудника (постдок) для выполнения научно-исследовательской работы по приоритетному направлению Программы развития СПбГУ до 2020 года: Биомедицина и здоровье человека.

Требования к квалификации:

  • Высшее образование. Кандидатская степень или PhD в области биоинформатики, молекулярной генетики, молекулярной биологи или сходных областях (диплом о присуждении ученой степени, выданный в период не более 6 лет до настоящего времени).
  • Знание основных биоинформатических инструментов,
  • Интерес к геномам растений. Знание Навыки работы на ассемблере Platanus, Discovar и др. или способность быстро освоить данные программы и разобраться в алгоритмах сборки высоко гетерозиготных геномов (230 MB) без референса. Желательны знания основ программирования.
  • Умение приоритезировать этапы работы, получать результаты и готовить требуемые материалы к заранее установленному сроку.
  • Навыки написания научных публикаций для международных рецензируемых журналов.
  • Умение работать в группе и конструктивно взаимодействовать с отечественными и иностранными коллегами.
  • Свободное владением английским языком.

Сведения о планируемой научно-исследовательской работе на период избрания:

  • Научно-исследовательская работа по теме: «Секвенирование, сборка и аннотация высоко гетерозиготного генома апомиктного растения Boechera divaricarpa».
  • Подготовка и публикация по результатам работы за 2 года не менее 3 научных статей в журналах 1-го или 2-го квартиля по показателю цитируемости SJR (система Scopus) или по импакт-фактору JCR (система Web of Science).

Гарантированный размер ежемесячной заработанной платы — 60 000 руб/мес. Возможны доплаты из средств грантов.

Период работы: два года с возможностью продления на третий год.

Срок подачи документов на конкурс с 21.06.2017 по 15.10.2017.

Отбор победителя конкурса будет проводиться по результатам рассмотрения документов и собеседования (собеседование может проводиться в режиме он-лайн), объявление результатов конкурса — 30.10.2017.

Просьба прислать свое резюме, мотивационное письмо и не менее двух рекомендательных писем.

Требования

Апомиксис представляет собой бесполое размножение растений посредством семян. Апомиксис может стать ключом для использования "передовых сельскохозяйственных технологий", которые помогут осуществить фиксацию гетерозиса в одном поколении.

Более полное понимание молекулярных основ апомиксиса имеет решающее значение для повышения урожайности, что необходимо для обеспечения устойчивого производства продуктов питания, кормов, биоматериалов, волокон и биотоплива. Несмотря на то, что апомиксис рассматривается как один из ключевых феноменов для создания технологий улучшения сельского хозяйства, в настоящее время в точности не известно, какие гены контролируют этот важный признак, также до сих пор не был секвенирован и собран геном ни одного апомиктного вида растений (Bicknell & Koltunow, 2004; Koltunow и Grossniklaus, 2003; Rodriguez-Leal and Vielle-Calzada, 2012).

Мы предлагаем осуществить секвенирование и сборку генома растения Boechera divaricarpa, семейства Brassicaceae, которое воспроизводится клональным способом через апомиксис. Вид B. divaricarpa включает в себя как апомиктные так и половые формы растений. Выбранная нами линия ES-517 является диплоидной (Schranz и др., 2005), характеризуется 98-100% формированием семян с соотношением плоидности зародыш: эндосперм 2: 6 ( Aliyu, 2010 ), что указывает на апомейоз (отсутствие или прерывание мейоза), партеногенетическое развитие нередуцированной яйцеклктки (2n) и псевдогамное оплодотворение центральной клетки нередуцированной диплоидной пыльцой (2n) (самоопыление).

Хотя размер генома B. divaricarpa относительно небольшой и оценивается примерно в 230 Мб (Oyama et al., 2008; Sharbel & Mitchell-Olds, 2001), однако, благодаря высокой природной гетерозиготности геномов апомиктов осуществление сборки генома высокого качества является нетривиальной задачей. В настоящем проекте мы будем разрабатывать новые подходы и использовать новых биоинформатические инструменты, которые впоследствии можно будет применять для работы с высокогетерозиготными геномами, поскольку эти геномы часто обнаруживаются в генетически разнотипных ауткроссах либо в бесполых линиях. Мы собираемся применить сочетание технологий секвенирования нового поколения (СНП) (Illumina и Pacific Bioscience) и нового подхода к сборке геномов, основанного на данных о топологическом взаимодействии хроматина (Hi-C) (Grob et al., 2014), которые позволят собирать геном до хромосомного уровня без необходимости детального генетического картирования или секвенирования ВАС клонов. Также для решения проблемы сборки высоко гетерозиготного генома мы будем использовать новый сборщик Platanus, который активно применяется в Центре геномной биоинформатики им. Добржанского СПбГУ для сборки гетерозиготных геномов модельных объектов.

Гипотетически B. divaricarpa возникла в результате гибридизации между половой формой B. stricta и B. holboellii. Геномные ресурсы для обоих видов доступны для исследования. Мы собираемся примененить сравнительный подход для идентификации участков генома, связанных с апомиксисом, путем геномоного сравнения предковых видов.

Апомиктная форма B. divaricarpa представляет собой группу линий, возникших в результате независимых гибридизационных событий  (Katama et al., 2007). Мы планируем ресеквенировать еще одну апомиктную диплоидную линию B. divaricarpa в дополнение к нашей референсной линии ES517. Это позволит нам понять особенности гибридизационных событий, хромосомную организацию и причину стабильности апомиктных геномов.

Перетащите файл сюда Выбрать файл ...
Отправляя отклик, я соглашаюсь с политикой обработки персональных данных