Фёдор Ш.

Опыт в LAMP и qPCR 10 лет

В настоящее время занимаюсь контрактной разработкой экспресс-тестов для диагностики бактериальных и вирусных патогенов.

Самостоятельно освоил полный цикл de novo разработки тест-систем на основе петлевой изотермической амплификации (LAMP), а также полимеразной цепной реакции (qPCR).

Для подбора мишеней и наборов праймеров применяю собственный программный комплекс MorphoCatcher, который подходит как для поиска уникальных генов, так и скрининга участков генома целевого рода, вида или генотипа.

Занимаюсь молекулярным моделированием, визуализацией и рендерингом:

В рамках диссертации разработал самый быстрый способ обнаружения возбудителя туберкулёза методом LAMP — теперь он в списке перспективных изобретений по версии экспертов Роспатента.

Это первый количественный 15-тиминутный тест для диагностики туберкулёзных микобактерий методом LAMP. Например, одобренный ВОЗ качественный тест TB-LAMP (Eiken Chemical, Япония) требует на реакцию 40 минут.

Подробнее о системе ТБ-ИЗАТЕСТ — в пресс-релизе на сайте Российской академии наук, а также на страницах публикации.

Список моих публикаций на сайте CoLab.

Мой контакт в Телеграм.

Последнее обновление резюме 27.03.2026
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано
Дата рождения 1990/08/31
Телефон +79061147000
Согласие на обработку данных Я подтверждаю, что ознакомлен(а) и даю свое согласие на обработку и передачу моих персональных данных в соответствии с <a href="https://drive.google.com/file/d/12zJUA7g0y1JCem41g5dtUCiwv0H9NbjL/view?usp=sharing">Политикой в области обработки и обеспечения безопасности персональных данных</a> и настоящим <a href="https://drive.google.com/file/d/1JtzC6jo4YwG8lUk2uH3VQQvTGmM9pGQC/view?usp=sharing">Согласием на передачу персональных данных</a>

Опыт

ФНКЦ ФХМ ФМБА
Младший научный сотрудник
Фев 2021 - Июл 2025
В лаборатории молекулярной медицины разработал тест-систему ТБ-ИЗАТЕСТ на основе метода LAMP для дифференциальной диагностики микобактерий туберкулёза. Адаптировал ТБ-ИЗАТЕСТ для классического термоциклера CFX96 Touch (Bio-Rad, США) и мобильного анализатора ИЗАСКРИН-8. По совокупности технических характеристик тест превосходит известные аналоги — за 15 минут выявляет до 40 геном-эквивалентов на реакцию.
Система-БиоТех
Научный сотрудник
Авг 2020 - Янв 2021
В дочерней компании АФК «Система» занимался разработкой тест-системы для диагностики коронавируса.
ГНЦ ИБХ РАН
Техник-лаборант
Авг 2016 - Май 2019
В лаборатории молекулярной биоинженерии разработкой способов диагностики бактериальных патогенов картофеля методом LAMP (научный руководитель: Константин Анатольевич Мирошников, д. х. н., чл.-корр. РАН). Придумал новый способ подбора генов-мишеней и дизайна праймеров в методе LAMP, а позже реализовал его в виде веб-сервиса. Программное обеспечение зарегистрировано в Роспатенте и опубликовано в виде статьи.
ИЦ «ФитоИнженерия»
Младший научный сотрудник
Авг 2015 - Май 2018
Являлся сотрудником коммерческой диагностической лаборатории в составе подмосковного агропарка Рогачёво. Разработал и запатентовал как изобретение тест-системы для экспресс-детекции бактериальных патогенов картофеля на основе изотермической амплификации LAMP. Тест работает за 20 минут и позволяет обнаруживать до 40 копий гена-мишени на реакцию в режиме реального времени, либо в формате визуальной детекции. Нашёл новый вид пектобактерий, способных к симбиозу с дрозофилой.

Образование

Казанский университет
Кафедра микробиологии
Авг 2007 - Май 2012
Учился в Институте фундаментальной медицины и биологии КФУ. Занимался изучением микробной РНКазы с противоопухолевой активностью. Обнаружил в структуре микробной РНКазы биназы новый функционально-активный элемент — α-спиральный гидрофобный сегмент, необходимый при димеризации и взаимодействии с мембранами опухолевой клетки. Работа была оформлена как научная статья и опубликована.

В чем вы сильны?

Основные навыки:

  • подбор генов-мишеней для qPCR/LAMP;
  • поиск видоспецифичных генов;
  • дизайн праймеров и зондов;
  • выделение и очистка РНК/ДНК;
  • полный цикл разработки тест-систем;
  • патентование наборов праймеров;
  • оптимизация состава и условий реакции;
  • измерение предела детекции;
  • проведение ROC-анализа;
  • количественный анализ ДНК;
  • фрагментный анализ ДНК;
  • наработка оцДНК фага M13 для ДНК-оригами;
  • классическая микробиология;
  • полногеномная систематика бактерий;
  • оценка качества секвенирования;
  • сборка геномов бактерий в SPAdes;
  • регистрация программ в Роспатенте;
  • моделирование молекул и иллюстрации.

Люблю работать над новыми проектами, планировать эксперименты, писать научные статьи, решать задачи, которые предполагают создание конкурентоспособных тест-систем.

Написанный обзор литературы для диссертации включён в коллекцию PubMed Central, посвящённую борьбе с COVID-19. Статья вошла в топ-10 наиболее цитируемых публикаций в переводной версии журнала Биоорганическая химия за последние 5 лет. Список наиболее цитируемых публикаций в области метода LAMP за последние 5 лет приведён на сайте ScholarGPS.

Разработанный алгоритм MorphoCatcher для скрининга генов-мишеней и дизайна праймеров в методе LAMP рекомендован Глобальным консорциумом LAMP.

Обнаруженный новый вид фитопатогенных бактерий утверждён Международным комитетом по систематике прокариот с названием Pectobacterium versatile.

 

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Экспериментальные статьи

  1. Ширшиков Ф. В. с соавт., 2023. ТБ-ИЗАТЕСТ: способ дифференциальной диагностики Mycobacterium tuberculosis методом LAMP. Биоорганическая химия, T. 49 (6): 627–640. — перечень ВАК
  2. Shirshikov F. V. et al., 2023. TB-ISATEST: a Diagnostic LAMP Assay for Differentiation of Mycobacterium tuberculosis. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, V. 49 (6): 1279–1292. — Q4 / IF 1.254 / Scopus
  3. Shirshikov F. V. et al., 2019. MorphoCatcher: a multiple-alignment based web tool for target selection and designing taxon-specific primers in the loop-mediated isothermal amplification method. PeerJ, V. 7: e6801. — Q1 / IF 3.060 / Scopus
  4. Shirshikov F. V. et al., 2018. Draft genome sequences of new genomospecies "Candidatus Pectobacterium maceratum" strains, which cause soft rot in plants. Genome Announcements, V. 6 (15): e00260-18. — Q3 / IF 0.886 / Scopus
  5. Shirshikov F. V. et al., 2013. A hydrophobic segment of some cytotoxic ribonucleases. Medical Hypotheses, V. 81 (2): 328–334. — Q2 / IF 3.726 / Scopus

 

Обзорные статьи

  1. Ширшиков Ф. В. с соавт., 2022. Петлевая изотермическая амплификация: от теории к практике. Биоорганическая химия. Т. 48 (6): 677–693. — перечень ВАК
  2. Shirshikov F. V. et al., 2022. Loop-Mediated Isothermal Amplification: From Theory to Practice. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. V. 48 (6): 1159–1174. — Q4 / IF 1.254 / Scopus

 

Публицистика

  1. Ширшиков Ф. В. Молекулярный биолог против гнилой картошки. Как бактерии научились летать. Кот Шрёдингера. Т. 44 (3): 32–41.
  2. Интервью для портала PCR.news о реагентах New England Biolabs и методе LAMP. 30.08.2021.

 

Публикации в СМИ

  1. Роспатент представил новые изобретения российских учёных для борьбы с туберкулёзом. ТАСС. 28.04.2025.
  2. Выбор Роспатента: изобретения российских учёных для борьбы с туберкулёзом. Роспатент. 28.04.2025.
  3. ТБ-ИЗАТЕСТ. Пресс-релиз на сайте Российской академии наук. 28.02.2024.
  4. ТБ-ИЗАТЕСТ. Пресс-релиз на сайте ГНЦ ИБХ РАН. 22.02.2024.
  5. МД-2023. Point-of-care диагностика инфекций. Пресс-релиз на сайте PCR.news конференции «Молекулярная диагностика 2023». 22.11.2023.

 

Трудоустройство по грантам

  • Грант РНФ № 20-75-10144 по теме «Создание новых микрофлюидных биосенсоров для диагностики и типирования туберкулезной инфекции»;
  • Грант РНФ № 16-16-00073 по теме «Молекулярно-биологические основы защиты картофеля от пектолитических бактерий с помощью бактериофагов»;
  • Мегагрант Правительства РФ № 14.W03.31.0003 по теме «Новые функции клеточного ядра и комплексная устойчивость растений картофеля к болезням и физиологическим стрессам»;
  • Грант Фонда содействия инновациям по договору № 142АГР/19245 от 08.12.2015.

 

Патенты на изобретения

  • Ширшиков Ф. В. с соавт., 2023. Патент РФ на изобретение № 2809735: «Способ идентификации бактерии вида Mycobacterium tuberculosis с помощью метода петлевой изотермической амплификации (LAMP)». Приоритет от 22.12.2022.
  • Мирошников К. А., Ширшиков Ф. В. 2018. Патент РФ на изобретение № 2642313: «Набор праймеров и способ определения бактерии вида Dickeya solani». Приоритет от 14.12.2016.

 

Свидетельства о регистрации программ

  • Ширшиков Ф. В. с соавт., 2019. Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2019663549: «Программный комплекс для иерархического кластерного анализа суммарных индексов родства геномов в таксономических исследованиях».
  • Ширшиков Ф. В. с соавт., 2018. Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2018616252: «Программа поиска специфичных нуклеотидных полиморфизмов в гомологичных участках генома при разработке праймеров для петлевой изотермической амплификации».

 

Библиографические базы

  • Список публикаций в PubMed;
  • Профиль на платформе CoLab;
  • Публикации в eLIBRARY.

 

Записи подкастов

  • «Тернистый путь аспиранта». Выпуск № 11, аудиоподкаст «Биография биолога».
  • «От ПЦР до LAMP: как делают тесты на вирусы и бактерии». Выпуск № 42, видеоподкаст «Научпост».