Александр Г.

Биоинформатик, Химик, Эколог

Работу на полный день или совмещение.

Последнее обновление резюме 04.09.2017
Адрес Воронеж, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

Донецкий политехнический институт (ДПИ)
ассистент, старший преподаватель, доцент
Сен 1992 - Сен 2017

Образование

Donetsk Polytechnic Institute (DPI, USSR)
Донецкий политехнический институт (ДПИ)
Сен 1987 - Июл 1992
Закончил химико-технологический факультет ДПИ. Доцент, к.х.н. с 2000 г.

В чем вы сильны?

В области биоинформатики: Опыт статистической обработки информации (Perl, R, MySQL, PostgreSQL, Cytoscape), выравнивания нуклеотидных / аминокислотных последовательностей (Bowtie1/2, GEM1/3, BWA, BLAT, TopHat, HMMER, EMBOSS, FastQC, SAMtools, bedtools, picard, etс.), работа с базами данных (NCBI, EMBL-EBI, Mitelman, COSMIC, cBioPortal, BioGRID, Pfam, InterPro, SMART, GeneCards, etc.), один из авторов информационных систем The Chimeric Transcripts and RNA-seq Data (ChiTaRS):

http://chitars.md.biu.ac.il/

http://chitars.bioinfo.cnio.es/about-us.html  

 и Chimeric Protein-Protein Interaction server (ChiPPI):

http://chippi.md.biu.ac.il/bin/fusnet.pl

В области химии и экологии: опыт математического моделирования самораспространяющегося синтеза, химического, термического (ДТА, ТГА — Paulik), рентгенофазового (РФА — ДРОН-УМ1) анализа, инфракрасной спектроскопии (ИК — SPECORD 75IR), спектрофотометрии, анализа микроклимата (ТНС-индекс, ЭЭТ, влажность, аэрационный режим), инсоляционного режима (световой коэффициент, КЕО, люксометрия), загрязнённости и запылённости воздуха (аспирационный метод), радиоактивного, акустического (шумового) и электромагнитного (измерения НЧ, СВЧ, УВЧ — магнитная индукция, напряжённость ЭМП, плотность потока энергии, удельная поглощаемая энергия (SAR)) загрязнения окружающей среды.

В целом в области информационных технологий: опыт администрирования OC Linux / Windows, Web-server Apache, FTP-server, Samba-server, NFS и пр. Опыт работы и программирования на Perl (12 лет), CGI, HTML/CSS, MySQL, PostgreSQL, Oracle, Maple, bash, C, R-statistics, Cytoscape, gnuplot, Assembler, Fortran, Basic, TeX-LaTeX-BibTeX (издательская система), PHP, GIMP, Inkskape, MS/Open/Libre Office, etc.

Авторские Perl модули CPAN

Chemistry::Harmonia Decision of simple and difficult chemical puzzles.

http://search.cpan.org/dist/Chemistry-Harmonia/

Math::Assistant functions for various exact algebraic calculations.

http://search.cpan.org/dist/Math-Assistant/

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Опубликовано 32 статьи и депонированные работы, 1 патент и 1 авторское свидетельство, 23 тезиса докладов и статей на конференциях. Последние в области биоинформатики:

  1. ChiPPI: a novel method for mapping chimeric protein-protein interactions uncovers selection principles of protein fusion events in cancer (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28549153)
  2. ChiTaRS-3.1—the enhanced chimeric transcripts and RNA-seq database matched with protein–protein interactions (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210585/)
  3. ChiTaRS 2.1—an improved database of the chimeric transcripts and RNA-seq data with novel sense–antisense chimeric RNA transcripts (http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/11/20/nar.gku1199.full)
  4. ProtFus: a python repository for tagging fusion proteins and their interactions in text // International Society for Computational Biology (ISCB), 2016 (https://www.iscb.org/cms_addon/conferences/ismb2016/posterlist.php?cat=O )
  5. ChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data (http://nar.oxfordjournals.org/content/41/D1/D142)
  6. ChiTaRS / NAR Molecular Biology Database Collection (http://www.oxfordjournals.org/our_journals/nar/database/summary/1589)

h-индекс = 4

i10-индекс = 2