Удостоверение государственного образца о повышении квалификации.
Лицензия №Л035-01298-77/00621654 от 18.10.2022
Лицензия №Л035-01298-77/00621654 от 18.10.2022
Старт: 30 ноября 2026
Длительность: 20 часов теории и 8 часов практики • 10 занятий
Формат: онлайн с живыми занятиями
После курса: удостоверение государственного образца
Длительность: 20 часов теории и 8 часов практики • 10 занятий
Формат: онлайн с живыми занятиями
После курса: удостоверение государственного образца
Научитесь находить и выбирать структуры белков
Научитесь оценивать качество структур и моделей
Научитесь визуализировать и сравнивать структуры
Научитесь анализировать связывания и взаимодействия
Понятный рабочий маршрут ученого в структурной биологии
Когда начинаешь работать со структурами белков, легко потеряться: какую структуру выбрать в PDB, можно ли доверять модели AlphaFold и что вообще можно узнать из красивой 3D-картинки.
На курсе соберем понятный рабочий маршрут: от поиска экспериментальной структуры или получения предсказанной модели до оценки её качества, визуализации и анализа функционально значимых участков и взаимодействий.
Основной объект курса — белковые структуры. Вы научитесь использовать их для ответа на биологический вопрос и формулирования собственной структурной гипотезы, а принципы работы с другими биомолекулярными системами кратко обсудим на отдельных примерах.
На курсе соберем понятный рабочий маршрут: от поиска экспериментальной структуры или получения предсказанной модели до оценки её качества, визуализации и анализа функционально значимых участков и взаимодействий.
Основной объект курса — белковые структуры. Вы научитесь использовать их для ответа на биологический вопрос и формулирования собственной структурной гипотезы, а принципы работы с другими биомолекулярными системами кратко обсудим на отдельных примерах.
Исследователям в Life Science
Если в вашей работе возникают вопросы о функции белка, мутациях, активных центрах, сайтах связывания или взаимодействии белка с лигандом и вы хотите понимать, как на них может ответить знание о структуре.
Студентам, аспирантам и начинающим исследователям
Если вы хотите освоить прикладной структурно-биоинформатический анализ и научиться самостоятельно работать со структурными данными для учебных и исследовательских проектов.
Биологам, биохимикам, биотехнологам
Если вы работаете с белками и хотите использовать структурную информацию для интерпретации своих экспериментальных результатов и полноценных структурных исследований.
Биоинформатикам
Если вы уверенно работаете с последовательностями и другими типами omics-данных, но хотите добавить структурный уровень анализа.
Кому подойдет курс
Курс особенно пригодится, если вы…
Работаете с белками, но структуры пока остаются скорее красивыми картинками. Хочется понимать, какую информацию из них действительно можно получить и как использовать её в исследовании.
Работали в PDB или AlphaFold, но не всегда понятно, как выбрать подходящую структуру, оценить качество модели и понять, каким участкам можно доверять.
Хотите разобраться, что происходит в конкретном участке белка: где находится активный центр, с чем взаимодействует лиганд, что меняет мутация и как это связано с функцией.
Хотите самостоятельно работать с PDB, PyMOL или ChimeraX и нормально проанализировать белок: сравнить структуры, выделить важные участки и подготовить понятную визуализацию для статьи или презентации.
Вам нужна структурная биоинформатика для работы, но сразу уходить в молекулярную динамику и drug design слишком далеко. Нужна компактная прикладная база для собственных задач.
Хотите понять, когда структурный анализ действительно может помочь ответить на ваш биологический вопрос, а когда его возможностей недостаточно. Нужен понятный маршрут работы с белком.
Если узнали себя — этот курс поможет превратить структуру белка из красивой 3D-картинки в рабочий инструмент исследования
Как проходит обучение?
Живые онлайн-занятия
28 часов с только необходимой теорией и много работы с реальными структурными данными. Встречаемся по понедельникам, средам и пятницам с 19:00 до 21:00 мск. Можно задавать вопросы преподавателю по ходу занятия.
Практика по ходу курса
Инструменты разбираются не сами по себе, а в контексте исследовательских вопросов: что мы хотим узнать о белке, какие данные для этого нужны и насколько полученному результату можно доверять. На занятиях работаем с реальными структурами, интерфейсами и результатами анализа.
Три домашки
На курсе предусмотрены домашние задания:
- работа с визуализацией структуры;
- работа с предсказанной структурой;
- молекулярный докинг и интерпретация результата.
Программа курса
Занятие 1. Что вообще можно узнать из структуры белка
Разберем необходимый минимум структурной биологии: уровни организации белка, домены, активные центры и белковые комплексы. Посмотрим, какую информацию можно получить из трехмерной структуры и как связать ее с биологическим вопросом.
Занятие 2. PDB и экспериментальные структуры
Научимся искать нужную структуру в PDB, выбирать между несколькими доступными структурами, учитывать экспериментальный метод и оценивать основные показатели качества данных.
Занятие 3. Визуализация структуры
Работа с PyMOL / ChimeraX: цепи, домены, лиганды, отдельные остатки, поверхности и расстояния. Научимся готовить понятные изображения структур для анализа и представления результатов.
Домашнее задание
Занятие 4. Сравнение структур
Разберем структурное выравнивание, разные конформации белка и сравнение wild type и mutant. Обсудим, что структурное отличие действительно позволяет заключить о белке, а какие выводы будут слишком смелыми.
Разберем необходимый минимум структурной биологии: уровни организации белка, домены, активные центры и белковые комплексы. Посмотрим, какую информацию можно получить из трехмерной структуры и как связать ее с биологическим вопросом.
Занятие 2. PDB и экспериментальные структуры
Научимся искать нужную структуру в PDB, выбирать между несколькими доступными структурами, учитывать экспериментальный метод и оценивать основные показатели качества данных.
Занятие 3. Визуализация структуры
Работа с PyMOL / ChimeraX: цепи, домены, лиганды, отдельные остатки, поверхности и расстояния. Научимся готовить понятные изображения структур для анализа и представления результатов.
Домашнее задание
Занятие 4. Сравнение структур
Разберем структурное выравнивание, разные конформации белка и сравнение wild type и mutant. Обсудим, что структурное отличие действительно позволяет заключить о белке, а какие выводы будут слишком смелыми.
Занятие 5. Предсказание структуры
Разберемся, как работают AlphaFold и современные модели предсказания структуры, что именно они предсказывают и для каких исследовательских задач их можно использовать.
Занятие 6. Как оценивать предсказанную структуру
Научимся работать с pLDDT, PAE и другими confidence metrics, распознавать потенциально неупорядоченные участки и избегать распространенных ошибок при интерпретации предсказанных моделей.
Домашнее задание
Разберемся, как работают AlphaFold и современные модели предсказания структуры, что именно они предсказывают и для каких исследовательских задач их можно использовать.
Занятие 6. Как оценивать предсказанную структуру
Научимся работать с pLDDT, PAE и другими confidence metrics, распознавать потенциально неупорядоченные участки и избегать распространенных ошибок при интерпретации предсказанных моделей.
Домашнее задание
Занятие 7. От структуры к функции
Разберем активные центры, сайты связывания, мутации, консервативность и структурный контекст функционально значимых остатков.
Занятие 8. Белок–лиганд
Посмотрим, как устроены белок–лигандные взаимодействия: водородные связи, гидрофобные контакты и электростатические взаимодействия. Разберем готовый комплекс и научимся интерпретировать увиденное.
Занятие 9. Докинг как исследовательский инструмент
Пройдем небольшой пайплайн для молекулярного докинга и разберем полученные результаты, изучим возможности метода, его ограничения и место в исследованиях.
Домашнее задание
Занятие 10. Интеграционный кейс
Соберем знания курса в единый пайплайн: от интересующего белка и исходного биологического вопроса до поиска или предсказания структуры, ее проверки, анализа и формулирования структурной гипотезы.
Разберем активные центры, сайты связывания, мутации, консервативность и структурный контекст функционально значимых остатков.
Занятие 8. Белок–лиганд
Посмотрим, как устроены белок–лигандные взаимодействия: водородные связи, гидрофобные контакты и электростатические взаимодействия. Разберем готовый комплекс и научимся интерпретировать увиденное.
Занятие 9. Докинг как исследовательский инструмент
Пройдем небольшой пайплайн для молекулярного докинга и разберем полученные результаты, изучим возможности метода, его ограничения и место в исследованиях.
Домашнее задание
Занятие 10. Интеграционный кейс
Соберем знания курса в единый пайплайн: от интересующего белка и исходного биологического вопроса до поиска или предсказания структуры, ее проверки, анализа и формулирования структурной гипотезы.
Мы специально не пытаемся уместить в одно обучение всю структурную биоинформатику — курс не включает полноценное обучение молекулярной динамике и Drug Design. Главная задача курса — дать компактный, но полноценный набор инструментов, который можно самостоятельно применять в исследовательской работе, но о молекулярной динамике мы кратко расскажем на готовом примере в финальной части курса: что дает MD, когда она может понадобиться исследователю и какую информацию позволяют получить, например, RMSD и RMSF.
Важно: этот курс не о молекулярной динамике
После курса вы сможете:
1
Находить экспериментальные структуры белков и выбирать подходящие данные в PDB
2
работать с предсказанными структурами и оценивать надежность моделей AlphaFold
3
визуализировать белковые структуры и выделять интересующие участки
4
сравнивать структуры, конформации и варианты белка
5
анализировать мутации и функционально значимые остатки в структурном контексте
6
исследовать белок–лигандные взаимодействия
7
понимать возможности и ограничения молекулярного докинга
8
самостоятельно пройти базовый структурно-биоинформатический workflow
9
сформулировать структурную гипотезу для собственной исследовательской задачи
Преподаватели курса
Николаев Андрей
«Лаборатория структурного анализа и инженерии мембранных систем», Младший научный сотрудник
Область интересов
- Структурная биоинформатика
- Применение ИИ в дизайне белков
- Молекулярная динамика
- Фотохимия
Преподаватели курса
Валерий Гуща
Магистр структурной биологии, МГУ им. М. В. Ломоносова
Область интересов
- Python & ML Developer, ИИ
- Структурная биология
Почему этот курс отлично встраивается в исследовательскую работу?
- Практика на реальных структурах и биологических примерах.
- Компактная полноценная программа с большим количеством практики.
- Работа с инструментами, которые можно использовать после обучения самостоятельно: PDB, AlphaFold, PyMOL / ChimeraX и инструменты молекулярного докинга.
- Три домашних задания для закрепления основных этапов пайплайна структурных исследований.
- Фокус не на отдельных программах, базах данных и инструментах, а на исследовательской логике.
Структура белка как инструмент исследователя
Физические лица
+
Возможность рассрочки — да.
+
Бронирование места* — 10 000 руб.
+
Ультрараннее бронирование 39 000 руб.
+
Скидки для студентов — 30%.
+
Юридические лица — 49 000 руб.
- 28 часов обучения;
- практические разборы;
- домашние задания;
- проверка домашних заданий;
- чат с преподавателями и ассистентами;
- доступ к записям на год;
- удостоверение о повышении квалификации (ДПО).
*Бронь места по частичной оплате. Забронируйте место на курсе и цену по предоплате 10 000 руб. Доплата перед стартом обучения
**Беспроцентная рассрочка на 12 месяцев
**Беспроцентная рассрочка на 12 месяцев
или 39 000 руб
3 250 руб в месяц**
Структура белка как инструмент исследователя
Получить консультацию
Остались вопросы?
Если вы не уверены, подойдет ли вам программа или достаточно ли у вас подготовки, оставьте заявку на консультацию. Мы поможем разобраться с программой, форматом обучения и входными требованиями.
Часто спрашивают
Для прохождения курса не требуется опыт профессиональной работы со структурной биоинформатикой. Желательно понимать базовые принципы молекулярной биологии и биохимии белка: что такое аминокислотная последовательность, структура и функция белка, мутации и белок–лигандные взаимодействия.
Все занятия проходят онлайн. Записи занятий остаются доступными в личном кабинете на год, а все полезные материалы остаются вами навсегда. В течение курса участники смогут задавать вопросы преподавателю и обсуждать задания в учебном чате, а также получат помощь ассистентов во время всего обучения.
Нет. Курс рассчитан в том числе на исследователей, которые раньше не работали со структурной биоинформатикой системно. Мы начнем с базовых инструментов и постепенно перейдем к продвинутому анализу.
Да. Отдельная часть курса посвящена предсказанию структуры и, что особенно важно, оценке качества полученной модели с помощью pLDDT, PAE и других показателей.
Да, мы пройдем небольшой пайплайн, разберем результат и научимся понимать возможности и ограничения метода.
Полноценное обучение молекулярной динамике не входит в программу, но в финальной части курса на готовом примере покажем, какие задачи решает MD и когда она может быть следующим этапом исследования.
После прохождения курса и финального тестирования, вы получите удостоверение о повышении квалификации государственного образца.
*Нужно помнить, что если вы решили перенести обучение, то сертификат не может быть выдан за текущий курс. Если сертификат был получен, но материал был плохо освоен, то вы не сможете воспользоваться опцией переноса
*Нужно помнить, что если вы решили перенести обучение, то сертификат не может быть выдан за текущий курс. Если сертификат был получен, но материал был плохо освоен, то вы не сможете воспользоваться опцией переноса
Поможем разобраться
Остались вопросы? Получите бесплатную консультацию!
Узнайте больше о
проектах Бластима
проектах Бластима
Познакомьтесь с нами и нашими преподавателями
Онлайн и офлайн обучение
Мир знаний в биотехе