Вячеслав Б.
Начинающий биолог-исследовательРаботу на полный/неполный рабочий день в области биоинформатики, молекулярной биологии или биохимии.
| Последнее обновление резюме | 03.08.2025 |
| Адрес | Москва, Russian Federation |
| Электронная почта | Заблокировано |
| Телефон | Заблокировано |
| Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
Лаборант-исследователь
- Выделял тотальную РНК из архивных образцов ткани (TRIzol) и осуществлял контроль качества (электрофорез в агарозном геле, спектрофотометрия, флуориметрия).
- Готовил библиотеки кДНК для дальнейшего секвенирования на платформах Illumina и MGI (коммерческие протоколы AbClonal, Vazyme, MGI).
- Осуществил полный цикл анализа RNA-Seq данных от контроля качества чтений (.fastq) до функциональной аннотации (GO, KEGG) дифференциально экспрессируемых генов.
Младший аналитик-аннотатор
- Аннотация научных статей по определенному формату
- Пополнение баз данных на основе результатов из научных статей
Лаборант-исследователь (по совместительству)
- Осуществлял сборку экспрессионных векторов, их валидацию и наработку. Проводил подготовку компетентных клеток E.coli, подготовку сред для культивирования (LB, TB, агар), тепловую трансформацию и архивирование компетентных культур.
- Оптимизировал условия экспрессии рекомбинантных белков в различных штаммах E. coli (BL21(DE3), C41(DE3), C43(DE3)), включая подбор температурного режима, индуктора (IPTG, лактоза) и времени культивации.
- Разработал и реализовал стратегию реконструкции одного из целевых белков на основе простого биоинформатического анализа.
- Проводил многоступенчатую очистку рекомбинантных белков с использованием различных хроматографических методов: металл-аффинной (IMAC), вычитающей металл-аффинной, гель-фильтрации (SEC), анионообменной (IEX), гидрофобной (HIC); а также фракционирования сульфатом аммония.
- Анализировал чистоту и олигомерное состояние очищенных белков методами SDS-PAGE и нативного электрофореза.
- Изучал взаимодействие между целевыми белками методами аналитической гель-фильтрации и нативного электрофореза.
- Анализировал и интерпретировал экспериментальные данные, готовил графики и электрофореграммы для представления результатов.
- Подготавливал растворы для всех этапов работы.
Образование
Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова
Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова
Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова
В чем вы сильны?
Здесь хотел бы просто перечислить навыки, которыми суммарно владею.
Анализ данных NGS (RNA-seq):
- Инструменты оценки и контроля качества (FastQC, Cutadapt, Trimmomatic) и картирования (STAR, Salmon).
- Количественная оценка экспрессии генов (HTseq-count), инструменты для оценки дифференциальной экспрессии генов (DESeq2, EdgeR).
- Разведочный анализ данных (PCA, иерархическая кластеризация).
- Функциональная аннотация (biomaRt, clusterProfiler).
Программное обеспечение и языки:
- Командная строка Linux (работа с файлами и директориями, составление пайплайнов и скриптов, tmux, подготовка окружения при помощи conda).
- R (пакеты tidyverse, ggplot2).
- Python (numpy, pandas, matplotlib), Jupyter Notebook.
- Библиотека Scanpy для анализа scRNA-seq (GitHub: https://github.com/SlavaBts).
Молекулярная биология:
- Выделение и очистка плазмидной и геномной ДНК с использованием коммерческих наборов.
- Выделение тотальной РНК (TRIzol) из архивных образцов ткани.
- Подготовка библиотек кДНК из мРНК для дальнейшего секвенирования на платформах Illumina и MGI (коммерческие наборы Abclonal, Vazyme, MGI).
- Проведение электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном геле.
- Конструирование рекомбинантных плазмид: рестрикция, очистка фрагментов, лигирование, трансформация E. coli, валидация конструкций методом ПЦР и электрофореза.
- ПЦР: постановка реакции, электрофоретический анализ продуктов.
Микробиология:
- Асептическая работа в ламинарном боксе.
- Культивирование бактерий (E. coli): работа с глицерольными стоками, приготовление и стерилизация жидких и твердых питательных сред (LB, TB, агар), посев культур, поддержание и пассажи, контроль роста (спектрофотометрия, подсчет колоний).
- Подготовка компетентных клеток E. coli и проведение тепловой трансформации .
Экспрессия и очистка рекомбинантных белков:
- Экспрессия целевых белков в E. coli (оптимизация условий: температура, индуктор, время).
- Выделение белков из бактериальных лизатов (разрушение клеток ультразвуком/лизоцимом, центрифугирование).
- Очистка белков различными методами хроматографии: IMAC (металл-аффинная), ионообменная, гидрофобная, SEC (гель-фильтрация).
- Приготовление буферных растворов для всех этапов очистки.
- Концентрирование и диализ очищенных белков.
Аналитическая биохимия:
- Электрофоретический анализ белков: SDS-PAGE, Blue Native PAGE (по Шаубу-Перри).
- Иммуноферментный анализ (Western Blotting, ELISA).
- Спектрофотометрия: определение концентрации белка (Брэдфорд, Лоури, измерение поглощения при 280 нм), дифференциальная спектроскопия.
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Есть опыт участия в научных конференциях, подготовки докладов и тезисов на английском языке (FEBS 2019 года - постерная сессия (“Reversible light-dependent carotenoid transfer between water-soluble proteins suggests a new way to modulate the OCP-based photoprotection in cyanobacteria”, Krakow, Poland) и FEBS 2021 года (“Characterization of recombinant protein components of the photoprotective system of marine cyanobacterium Crocosphaera watsonii”, Ljubljana, Slovenia) - в качестве устного докладчика), а также соавторства в научных публикациях (10.1038/s42003-021-02022-3).