Навыки:

• работа в системах Unix/Linux;
• программирование на Python (Pandas, NumPy, matplotlib, seaborn, Bio etc.), R, bash;
• анализ данных NGS;
• работа со стандартным набором биоинформатических методов и инструментов для анализа данных NGS в командной строке;
• знакомство с общедоступными базами данных (COSMIC, ENA, UniProt, GenBank etc.);
• чтение научных статей, умение находить и анализировать информацию;
• знания в области молекулярной биологии, генетике, иммунологии, статистике;
• опыт работы "мокрым" биологом.

Реализованные проекты:

• магистерская диссертация "Метагеномный анализ ДНК-фагеома кишечника человека".  Работа выполнялась в Лаборатории геномных исследований   и  вычислительной биологии ФНКЦ Физико-химической медицины (сейчас Лаборатория математической биологии и биоинформатики Научно-исследовательского института системной биологии и медицины);

Учебные проекты в рамках обучения в Институте Биоинформатики, часть из них доступна на GitHub:

• Программирование на Python: github.com/EvdokimovaAO/BI_2020-2021_Python, github.com/EvdokimovaAO/MusicML;
• Статистика и машинное обучение: github.com/EvdokimovaAO/BI_Stat_2020;
• Практикум по биоинформатике: github.com/EvdokimovaAO/Bioinformatics_Practice;
• Курсовой проект: github.com/EvdokimovaAO/GWAS_IB_fall_2020).

В настоящее время в качестве биоинформатика-практиканта участвую в проекте по поиску новых потенциально патогенных вирусов (Лаборатория математической биологии и биоинформатики НИИ СБМ). 

Прежде чем уйти в биоинформатику 1.5 года училась на Кафедре физико-химической биологии и биотехнологии ФБМФ МФТИ и работала в Лаборатории биоинженерии противоопухолевых препаратов и искусственных нейоромодуляторов Центра НТИ ИБХ РАН. В мои обязанности входило: разработка протоколов для получения рекомбинантных трехпетельных белков в E.coli (от написания праймеров для ПЦР и клонирования до очистки конечного продукта); работа по уже готовым протоколам; разработка протокола получения рекомбинантных белков в эукариотических клетках; а также чтение научных статей, обучение и помощь новым сотрудникам лаборатории. Благодаря этому опыту я знаю, что могу быстро учиться совершенно новым вещам (до этого я была физиком), участвовать в нескольких проектах одновременно, эффективно распределять свое рабочее время. Эти навыки очень пригодились мне, когда я перешла в биоинформатику. 

Публикация:

Paramonov AS, Shulepko MA, Kocharovskaya M, Alenkin AE, Evdokimova AO, Akentiev PI, Shenkarev ZO, Kirpichnikov MP, Lyukmanova EN (2020). Bacterial Production and Structural Study of Human Neuromodulator Lynx2. Russ. J. Bioorganic Chem. 46 (6), 1261–1269