Доклинические модели.

Планирование и проведение in vivo-экспериментов на крысах, мышах
и кошках. Создание и валидация моделей: антиортостатическое
подвешивание грызунов, односторонняя денервация m. soleus,
лонгитюдные испытания кормовых добавок у домашних кошек.
Инвазивные процедуры: обезболивание, интрамышечные/
интраперитонеальные инъекции, гуманная эвтаназия. Забор и
обработка биоматериала: выделение PBMC, препарирование нейромышечных препаратов m. soleus ex vivo.

Иммуногистохимия

Криоконсервация ткани. Криостатная микротомия. Мультиплексная
иммуногистохимическая окраска микропрепаратов, мышечных
препаратов ex vivo, PBMC. Флуоресцентная микроскопия: нNikon
Eclipse E200 + цифровая камера; пост-обработка в NIS-Elements D,
Fiji/ImageJ, ImagePro; морфометрический анализ.

Вестерн-блот

Подготовка буферных растворов. Подготовка проб. BSAквантификация. SDS-PAGE. “Мокрый” трансфер белков на
нитроцеллюлозу. Инкубация с первичными/HRP-конъюгированными
вторичными антителами. Хромогенная детекция. Количественный
анализ сигнала в ImageLab.

Компьютерные навыки

ОС: Linux (Ubuntu/Debian, bash-скрипты), Windows 10/11. IDE &
DevTools: VS Code, PyCharm; Git/GitHub (branching, pull-requests,
CI/CD). Python: Pandas, NumPy, SciPy, matplotlib, seaborn
(визуализация, статистика). Машинное обучение: scikit-learn,
TensorFlow/Keras и PyTorch. Количественная обработка
флуоресцентного и хромогенного сигнала: ImageJ, ImagePro,
ImageLab. Базовый биоинформатический анализ: QC (FastQC),
trimming (Trimmomatic), выравнивание (HISAT2, SAMtools), получение count-matrix.

Публикации

1. Influence of a diet with potential geroprotectors on blood biochemistry and aging-associated markers in domestic cats: a pilot study / Protopopov V. A., Sekunov A. V., Toropova T. V., Bryndina I. G., Burganova D. N., Milaev V. B., Sharafislamova M. B., Pozdeev S. V., Moskalev A. A. // Biogerontology. - 2025. - Vol. 26. - № 4. - p. 150. DOI: 10.1007/s10522-025-10293-0 
1. The effect of glycine, N-acetylcysteine, and L-theanine on Klotho, sirtuin 1, and interleukin-1β in the blood plasma of domestic cats / Protopopov, V. A., Sekunov, A. V., Toropova, T. V., Burganova, D. N., Bryndina, I. G. // BIO Web of Conferences. – 2025. – Т. 179. – С. 03003. – DOI: 10.1051/bioconf/202517903003
2. The effect of acid sphingomyelinase inhibitor on oxidative stress, advance glycation end products and myosin phenotype of rat soleus muscle under conditions of functional unloading / Protopopov V. A., Sekunov A. V., Mugizov A. M., Svidersky I. V., Bryndina I. G. // Acta Biomedica Scientifica. - 2025. - Vol. - 10. - № 1. - pp. 123-135. DOI: 10.29413/ABS.2025-10.1.13
3. Effect of acid sphingomyelinase inhibitor on regulation of fast and slow isoforms of myosin heavy chain expression in rat soleus muscle during 7-day functional unloading / I.G. Bryndina, V.A. Protopopov, A.V. Sekunov, Omeliukhina D.V. // Aerospace and Environmental Medicine. - 2024. - Vol. 58. - № 6. - P. 76-83. DOI: 10.21687/0233-528X-2024-58-6-76-83
4. The relationship of sphingolipid mechanisms with oxidative stress and changes in mitochondria during functional unloading of postural muscles / V.A. Protopopov, A.V. Sekunov, A.V. Panov, I.G. Bryndina // Acta biomedica scientifica. - 2024. - Vol. 9. - № 2. - P.228-242. DOI: 10.29413/ABS.2024-9.2.23
5. Changes in sarcolemmal caveolin-3 as a result of the ceramide-associated effects of acid sphingomyelinase at a 14-day functional unloading of rat's soleus muscle / A.V. Sekunov, V.A. Protopopov, I.G. Bryndina // Aerospace and Environmental Medicine. - 2024. - Vol. 58. - № 2., P. 99-104. DOI: 10.21687/0233-528X-2024-58-2-99-104
6. Muscle Plasticity under Functional Unloading: Effects of an Acid Sphingomyelinase Inhibitor Clomipramine / A.V. Sekunov, V.A. Protopopov, V.V. Skurygin, M.N. Shalagina, I.G. Bryndina // Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology. – 2021. – Vol. 57. – P. 925–935. DOI: 10.1134/S0022093021040165
7. Early lipid raft-related changes: interplay between unilateral denervation and hindlimb suspension / I.G. Bryndina, M.N. Shalagina, V.A. Protopopov, A.V. Sekunov, A.L. Zefirov, G.F. Zakirjanova, A.M. Petrov // International Journal of Molecular Sciences. – 2021. – Vol. 22, №
5. – P. 1–20. DOI: 10.3390/ijms22052239
8. Metabolism and effects of skeletal muscle sphingolipids in functional unloading / I.G. Bryndina, M.N. Shalagina, V.A. Protopopov, A.V. Sekunov, A.A. Yakovlev // Zhurnal Evolyutsionnoi Biokhimii i Fiziologii. – 2020. – Vol. 56, № 7. – P. 743. DOI: 10.31857/S0044452920071572
9. Changes in membrane ceramide pools in rat soleus muscle in response to short-term disuse / A.M.Petrov, M.N. Shalagina, V.A. Protopopov, V.G. Sergeev, S.V. Ovechkin, N.G. Ovchinina, A.V. Sekunov, A.L.Zefirov, G.F. Zakirjanova, I.G. Bryndina // International Journal of Molecular
Sciences. – 2019. – Vol. 20, № 19. – P. 4860. DOI: 10.3390/ijms20194860
10. Role of ceramide in lipid raft disturbance in short-term hindlimb suspension / M.N. Shalagina, A.V. Sekunov, A.M. Petrov, I.G. Bryndina // Journal of Muscle Research and Cell Motility. – 2018. – Vol. 39, № 209. – P. 24–25. DOI: 10.1007/s10974-018-9500-5.
11. Clomipramine counteracts lipid raft disturbance due to short-term muscle disuse / I.G. Bryndina, M.N. Shalagina, A.V. Sekunov, A.L. Zefirov, A.M. Petrov // Neuroscience Letters. – 2018. – Vol. 664. – P. 1–6. DOI: 10.1016/j.neulet.2017.11.009

Участие в конференциях
Устный доклад:
1. Всероссийской конференции молодых учёных с международным участием “Актуальные проблемы биомедицины” . Санкт-Петербург, Россия. 2018.
2. ХII Всероссийском симпозиуме с международным участием «Биологическая подвижность. Пущино, Россия, 2019.
3. XLIV Академических чтениях по космонавтике, посвященных памяти академика С.П. Королёва и других выдающихся отечественных ученых - пионеров освоения космического пространства. Москва, Россия, 2020.

Постерная презентация
1. IX Всероссийской с международным участием конференции с элементами научной школы по физиологии мышц и мышечной деятельности, посвященной памяти Е.Е. Никольского.
2. VI междисциплинарная конференция с международным участием «Современные проблемы системной регуляции физиологических функций», посвященная 90-летию со дня рождения акад. К.В. Судакова. Москва, Россия, 2022.
3. XLVI Академических чтениях по космонавтике, посвященных памяти академика С.П. Королёва и других выдающихся отечественных ученых - пионеров освоения космического пространства. Москва, Россия, 2022.

Награды
1. Грант РФФИ №19-315-90099 “Аспиранты”
2. Грант Фонда содействия инновациям “Старт-1”