Основные навыки:
In vitro и In vivo методы:
1. Выделение тотальной ДНК/РНК/белков из широкого круга растений (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh., Zea mays L. и т.д.) ДНК – ЦТАБ-методом, РНК – метод с тризолом, а так же разработанным мной методом. Тотальный белок по стандартной методике. Выделение пДНК Е. coli, A. tumefaciens минипреп и максипреп методами (для агробактерии методика модифицировалась). Определение качества нуклеиновых кислот с помощью электрофореза в не денатурирующих и денатурирующих условиях. Количественная оценка ДНК, кДНК методами спектроскопии (по соотношению A260/A280/A360) и спектрофлуориметрии (с бисБензимидом H33258), пДНК и РНК – спектроскопии (по соотношению A260/A280/A360). Синтез первой цепи кДНК для ОТ-ПЦР с олигоТ по стандартной методике. Проведение ПЦР и ОТ-ПЦР;
2. Проведение ингибиторного и кинетико-ингибиторного анализа in planta участия компонентов сигнальных каскадов с использованием 3-4 дневных проростков трансгенных растений Arabidopsis thaliana (L.) Heynh., экспрессирующих β-глюкуронидазу под контролем индуцируемых промоторов генов первичного ответа на фитогормон ауксин (pDr5::GUS), оксид азота (pAtfer1::GUS), сахарозу (pB33::GUS). Анализируемый параметр – активность β-глюкуронидаз, выравнивание по тотальному белку. Методики с модификациями, расширяющими возможности данных видов анализа при изучении передачи сигнала гормонов и других индукторов, в том числе физических факторов (свет);
3. Флуоресцентная микроскопия. Изучение регуляции образования оксида азота и активных форм кислорода in vitro и in planta с помощью флуоресцентных меток: 4,5-диаминофлуоресцеин диацетата, 2,3-диаминонафталин, 2’,7’-дихлорфлуоресцин диацетата, дигидроэтидия. Проверка способности веществ проникать в клетки (доноров оксида азота, ингибиторов сигнальных систем клетки). Проверка работы не проникающих в клетку ферментативных и неферментативных систем генерации активных форм кислорода in vitro и in planta (проверка способности образующихся активных форм кислорода проникать вклетки). Определение жизнеспособности проростков после воздействия ингибиторов с помощью 2’,7’-дихлорфлуоресцин диацетата и флуоресцин диацетата;
4. Оптическая микроскопия. Гистохимическое определение активности ферментов β-глюкуронидазы, пероксидазы, каталазы, СОД, определение жизнеспособности в растениях;
5. Разработка ферментативных и неферментативных систем генерации активных форм кислорода и оксида азота для решения задач ингибиторного
анализа. Разработка методов количественной оценки работы систем генерации, а так же методов оценки количества свободных радикалов, поступающих внутрь клеток; 6. Разработка с нуля тест-систем для скрининга биологически активных веществ на примере растительных объектов. Опыт работы с всеми фитогормонами, ретардантами, широким спектром цитостатиков (актиномицин Д,
α-аманитин, блеомицин, даунорубицин, фторурацил, меркаптопурин, винбластин, цисплатин);
7. Количественная оценка активности ферментов in vitro и in vivo методами спектроскопии (СОД, пероксидаза, каталаза, глюкозооксидаза) и спектрофлуориметрии (β-глюкуронидаза). Автоматизация процесса сбора данных с использованием RS-232 интерфейса с помощью программы Datalyse на компьютер с расширением возможностей прибора;
8. Изучение активности плазмалеммной Н+-АТФазы на примере целого растения и изолированных органов (Arabidopsis thaliana (L.). Heynh., Zea mays L., Vigna radiate (L.) R. Wilczek);
9. Владение базовыми методами стерильной культуры растений (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh., Nicotiana tabacum L.), бактерий (Escherichia coli (Migula) Castellani and Chalmers, Rhizobium radiobacter (Beijerinck and van Delden) Young et al.), дрожжей (Saccharomyces cerevisiae Meyen ex E.C.Hansen). Создание и поддержание коллекций (хранение в глицерине на -80⁰С) микроорганизмов;
10. Наладка семеноводства использованных в работе с трансгенных растений (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.);
11. Работа с инсерционными мутантами (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.). Выращивание, скрининг с целью получения чистых линий, гибридизация, скрининг поколения F2.
Навыки химика-синтетика:
1. Синтез индолов методом Фишера. Разработка методик синтеза индолов и промежуточных продуктов;
2. Базовые методы органической химии (перегонка, в том числе под вакуумом ит.д.);
3. Синтез NO доноров (S-нитрозотиолов, динитрозильных комплексов железа, соли Анжели) и ряд других реагентов для ингибиторного анализа.
In silico методы:
1. Опыт работы со сток-центрами семян GABI Kat (http://www.gabi-kat.de/), SIGnAL (http://signal.salk.edu/), The European Arabidopsis Stock Centre (http://arabidopsis.info/);
2. Работа с базами данных, например: NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), Genevestigator (https://genevestigator.com/gv/index.jsp), The Arabidopsis
Information Resource (
https://www.arabidopsis.org/index.jsp); 3. Работа со специальным программным обеспечением (
Vector NTI, ACD Labs, SigmaPlot, OriginPro и т.д.).

Публикации:

Статьи:

1. Н.М. Пржевальский, Л.В. Аникина, А.А. Глоба, Г.П. Токмаков, Р.К. Лайпанов, Д.А. Вершинкин Цитотоксичность пиранопиридонов с триптаминовым фрагментом // Известия ТСХА. В печати;

2. M. Przhevalskii, R.K. Laypanov, G.P. Tokmakov, I.V. Lukina, D.A. Vershinkin & V.A. Tafeenko Synthesis of new potentially biologically active pyranopyridones with tryptamine fragment // Russian Chemical Bulletin. 2021 Mar 27; 70:555–561. doi: 10.1007/s11172-021-3124-4;

3. Вершинкин Д.А., Гетман И.А., Чижова С.И., Грядунов Д.А., Михайлович В.М., Заседателев А.С., Романов Г.А. Идентификация генно-модифицированных организмов с помощью гидрогелевых биологических микрочипов // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова. 2012. Т. 8. № 4. С. 52-53;

4. Вершинкин Д.А., Заседателев А.С., Романов Г.А. Идентификация генно-модифицированных организмов с помощью гидрогелевых биологических микрочипов // Материалы Международной конференции «Биология – наука XXI века» (ред. Р.Г. Василов). М.: МАКС Пресс, 2012. С. 154-156;

5. Романов Г.А., Гетман И.А., Чижова С.И., Наумкина Е.М., Колотовкина Я.Б., Вершинкин Д.А., Кузнецов В.В., Цыдендамбаев В.Д., Кузнецов Вл.В. Разработка методов идентификации трансгенных компонентов в растениях, растительном сырье и пищевых продуктах в связи с оценкой биологической и экологической безопасности генетически модифицированных организмов (ГМО) // Материалы отчетной конференции. Программа фундаментальных исследований РАН №11 «Биоразнообразие и динамика генофондов» Подпрограмма II «Динамика генофондов». Материалы отчетной конференции, М., ИОГен РАН, 2008. С.240-243;

6. Пржевальский Н.М., Скворцова Н.С., Магедов И.В., Вершинкин Д.А. Новые производные индола. Синтез и ауксиновая активность индолил-3-тиогликолевых кислот // Актуальные проблемы почвоведения, агрохимии и экологии. Сб. статей. М.: Изд-во МСХА, 2004. С.415-423.

Доклады:
1. Пржевальский Н.М., Вершинкин Д.А. Новые производные индола как потенциальные ауксины // Всероссийская с международным участием научная конференция «Научное наследие Н.И. Вавилова и современность» 4-6 декабря 2012 г. Программа конференции, с. 32;
2. Вершинкин Д.А. Влияние активных форм кислорода на передачу ауксинового сигнала // Ломоносов-2009: Международная конференция, секция «Биология», подсекция «Физиология растений», Москва, 13-18 апреля 2009 г., тезисы докладов, с. 6-7;
3. Вершинкин Д.А. Роль оксида азота в передаче сигнала ауксина // Ломоносов-2008: Международная конференция, секция «Биология», подсекция «Физиология растений», Москва, 8-11 апреля 2008 г., тезисы докладов, с. 182-183 (занято первое место);
4. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Возможное участие оксида азота и супероксида в трансдукции ауксинового сигнала // Международная конференция «Современная физиология растений – от молекул до экосистем». Сыктывкар, 18-24 июня 2007 г. С. 255-256.

Тезисы:
1. Пржевальский Н.М., Аникина Л.В., Глоба А.А., Токмаков Г.П., Лайпанов Р.К., Вершинкин Д.А. Цитотоксическая активность новых пиранопиридонотриптаминов // Тезисы докладов Всероссийского конгресса по химии гетероциклических соединений «КOST-2021», Сочи, 12 - 16 октября 2021 г., с. 269;
2. Пржевальский Н.М., Лайпанов Р.К., Токмаков Г.П., Вершинкин Д.А. Молекулярное моделирование новых производных триптаминов // Тезисы докладов XXI Менделеевского съезда по общей и прикладной химии. Санкт-Петербург, Россия. 9-13 сентября, 2019 г. с. 279;
3. Вершинкин Д.А. Роль супероксида в передаче сигнала ауксина // Тезисы докладов Всероссийской научной конференции с международным участием «Инновационные направления современной физиологии растений». Годичное собрание Общества физиологии растений. Москва, Россия. 2-6 июня 2013 г. С. 114;
4. Вершинкин Д.А., Гетман И.А., Чижова С.И., Грядунов Д.А., Романов Г.А. Применение биочипов нового поколения для обнаружения ГМО // Тезисы докладов Всероссийской научной конференции с международным участием «Инновационные направления современной физиологии растений».
Годичное собрание Общества физиологии растений. Москва, Россия. 2-6 июня 2013 г. С. 115;
5. Вершинкин Д.А., Гетман И.А., Чижова С.И., Грядунов Д.А., Романов Г.А. Применение биологических микрочипов нового поколения для обнаружения несанкционированных ГМО // Тезисы докладов IV Всероссийского симпозиума «ТРАНСГЕННЫЕ РАСТЕНИЯ: технологии создания, биологические свойства, применение, биобезопасность» и Годичного собрания Общества физиологов растений России. Москва, 19-23 ноября 2012 г. С.25;
6. Vershinkin D.A., Romanov G.A. The role of nitric oxide in auxin signal transduction. // Programme and abstract of 3 rd “International Symposium: intracellular signaling and bioactive molecules design” Lviv, Ukraine. 17-23 September 2012. С. 71;
7. Лайпанов Р.К., Вершинкин Д.А., Денисов П.Д., Рожкова Е.Н., Токмаков Г.П., Пржевальский Н.М. Новые производные индола – синтез и биоскрининг // Тезисы докладов XIX Менделеевского съезда по общей и прикладной химии (Волгоград, 25-30 сентября 2011г.) в 4-х томах. Т.1. С. 263;
8. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Регуляция образования оксида азота при передаче ауксинового сигнала // Тезисы докладов Международной научной конференции «Физико-химические механизмы адаптации растений к антропогенному загрязнению в условиях Крайнего Севера», Апатиты, 7-11 июня 2009 г. С. 73-75;
9. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Роль свободных радикалов в передаче ауксинового сигнала // Материалы VI Международной научной конференции «Регуляция роста, развития и продуктивности растений», Минск, 28-30 октября 2009 г. С.26;
10. Вершинкин Д.А. Регуляция экспрессии промотора ATFER1 ауксином // Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина. V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров. Ч. 1. Москва, 21-28 июня 2009 г. С. 141;
11. Вершинкин Д.А. Влияние активных форм кислорода на передачу ауксинового сигнала// Ломоносов-2009: Международная конференция, секция «Биология», подсекция «Физиология растений», Москва, 13-18 апреля 2009 г., тезисы докладов, с. 6-7;
12. Вершинкин Д.А. Роль оксида азота в передаче сигнала ауксина // Ломоносов-2008: Международная конференция, секция «Биология», подсекция «Физиология растений», Москва, 8-11 апреля 2008 г., тезисы докладов, с.182-183;
13. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Влияние активных форм кислорода на экспрессию ауксин-репортерного трансгена Dr5::Gus // 2 Всероссийский симпозиум Физиология трансгенного растения и проблемы биобезопасности”, Москва, 22-25 октября 2007 г., с. 24;
14. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Влияние тиолов на экспрессию ауксин-зависимой генетических конструкций Dr5::Gus // 2 Всероссийский
симпозиум “Физиология трансгенного растения и проблемы биобезопасности”, Москва, 22-25 октября 2007 г., с. 25;
15. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Роль разных форм оксида азота в действии ауксина на экспрессию генетических конструкций Dr5::Gus и Atfer1::Gus // 2 Всероссийский симпозиум “Физиология трансгенного растения и проблемы биобезопасности”, Москва, 22-25 октября 2007 г., с.26;
16. Vershinkin D.A., Romanov G.A. Nitric Oxide and Superoxide Anion in Auxin Signal transduction // 2nd International symposium «Plant Growth Substances: Intercellular Hormonal Signaling and Agriculture Application», Kyiv, 8-12 October 2007, с.66;
17. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Возможное участие оксида азота и супероксида в трансдукции ауксинового сигнала? // Тезисы докладов Международной конференции «Современная физиология растений – от молекул до экосистем», Сыктывкар, 18-24 июня 2007 г. Т.1. С. 255-256;
18. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Участвуют ли оксид азота и супероксид в передаче ауксинового сигнала? // Тезисы докладов Международной конференции «Рецепция и внутриклеточная сигнализация», Пущино, 5-7 июня 2007 г., с. 251-252 (стендовый доклад);
19. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Возможное участие оксида азота и супероксида в трансдукции ауксинового сигнала // Тезисы докладов Международной конференции «Современная физиология растений – от молекул до экосистем», Сыктывкар, 18-24 июня 2007 г. С. 255-256;
20. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Поиск потенциальных участников трансдукции ауксинового сигнала // Тезисы докладов Второго международного симпозиума «Сигнальные системы растений: роль в адаптации и иммунитете», Казань, 27-30 июня 2006 г. С. 160-161;
21. Вершинкин Д.А., Пржевальский Н.М., Романов Г.А. Биологическая активность производных индолил-3-тиогликолевой кислоты // Тезисы докладов IV Международной научной конференции «Регуляция роста, развития и продуктивности растений», 26-28 ноября 2005 г., Минск: Право и экономика, 2005. С.46;
22. Вершинкин Д.А., Романов Г.А. Влияние 24-эпибрассиностероида на рост проростков злаков // Тезисы докладов IV Международной научной конференции «Регуляция роста, развития и продуктивности растений», 26-28 ноября 2005 г., Минск: Право и экономика, 2005. С.47;
23. Вершинкин Д.А., Пржевальский Н.М., Романов Г.А. Производные индолил-3- тиогликолевой кислоты как новые регуляторы роста растений // Тезисы докладов Международной конференции «Физиологические и молекулярно-генетические аспекты сохранения биоразнообразия» (годичное собрание ОФР) 19-23.09.05, г. Вологда. С.27;
24. Пржевальский Н.М., Скворцова Н.С., Вершинкин Д.А., Магедов И.В. Новые производные индола. Синтез S-(индолил-3)карбоновых кислот // V-молодежная научная школа-конференция по органической химии-2002, 22-26 апреля 2002 Екатеринбург, с.362.

Личная информация:
1. Языки: Знание английского языка на уровне, позволяющем работать со специализированными текстами по органической и неорганической химии, молекулярной биологии. Знание немецкого на уровне, позволяющем работать со специализированными текстами по органической химии;
2. Навыки владения ПК: Опытный пользователь. Опытный пользователь Microsoft Office (Word, Excel, PowerPoint), WordPerfect Office, графическими редакторами (Photoshop), программами распознавания текста (ABBYY FineReader) и т.д. Навыки работы с Интернетом – опытный пользователь. Знание операционных систем Windows;
3. Личные качества: коммуникабельность, трудолюбие;
4. Опыт ведения индивидуальных проектов по новым для лаборатории темам;
5. Опыт руководства небольшими группами студентов.

Участие в грантах и научно-исследовательских работах:
РНФ 14-14-01095 «Молекулярные основы гормональной регуляции морфогенеза, продуктивности и устойчивости растений картофеля»; РФФИ 11-04-00614;
РФФИ 04-04-49120;
Министерство науки программа "научной школы" НШ-3444.2008.4;
Программа фундаментальных исследований РАН №11 «Биоразнообразие и динамика генофондов» Подпрограмма II «Динамика генофондов»;
Научно-исследовательская работа совместно с институтом физиологически активных веществ РАН по теме «Ауксины нового поколения – основа для получения эффективных стресспротекторов-фиторегуляторов для растениеводства – нового класса физиологически активных веществ» при финансовой поддержке фонда Бортника.

Научные интересы:
Биология – Изучение передачи сигналов гормонов и других биологически активных веществ, а также физических факторов, в первую очередь, на молекулярном уровне. Выявление методов их регулирования. Разработка систем для изучения передачи сигнала и скрининга биологически активных веществ на базе растительных объектов, в том числе с цитостатической активностью. Экспериментальный морфогенез и регуляция метаболизма растений. Регуляция цветения, клубнеобразования, эмбриогенеза, корнеобразования.
Биотехнология – Получение вторичных метаболитов в клеточной суспензии, изолированных тканях и органах растений.
Химия – Синтез биологически активных соединений. Домино-реакции. Многокомпонентные реакции. Зеленая химия. Разработка методов адресной доставки действующих веществ.
Биоинформатика – Прогноз биологической активности веществ in silico. Моделирование пространственной структуры мишеней действия биологически активных веществ.