Александр С.
Физик-теоретик, желающий переквалифицироваться в биоинформатикиИщу работу в области биоинформатики.
Последнее обновление резюме | 26.04.2016 |
Адрес | Москва, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Опыт
InsideDNA
Биоинформатик
Биоинформатик
Мар 2016
- Текущий
Занимаюсь анализом производительности и точности биоинформатических программ.
Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН
Инженер-исследователь
Инженер-исследователь
Фев 2011
- Сен 2013
Под руководством проф. М.А. Ханина занимался математическим моделированием динамики сложных биохимических систем (система комплемента и свертывания крови). Существенная часть работы была посвящена разработке и реализации теоретического метода определения неизвестных констант скоростей реакций на основе оптимизационной процедуры. Программный код был написан на C++ и Python.
НИЦ "Курчатовский институт"
Инженер-исследователь
Инженер-исследователь
Авг 2009
- Текущий
В Курчатовском институте в составе группы проф. А.И. Рязанова я занимаюсь задачами радиационной физики твёрдого тела. Принимаю участие в двух проектах.
1) Математическое моделирование воздействия высокоэнергетичных пучков протонов на материалы коллиматоров Большого Адронного Коллайдера (для CERN, Женева):
Мной был разработан и развивается программный комплекс для математического моделирования задачи. В основу численного счёта положен метод Годунова. Код написан на языке FORTRAN. Обработка результатов расчетов в MATLAB.
2) Разработка теоретической модели радиационной стойкости транзистора при воздействии ионизирующего излучения (для РФЯЦ-ВНИИЭФ, Саров):
Разработана и развивается программа для математического моделирования распространения тепла в транзисторе под воздействием нейтронного облучения. В основу численного счета положен метод конечных элементов. Код написан на C++. Обработка результатов расчетов в MATLAB.
1) Математическое моделирование воздействия высокоэнергетичных пучков протонов на материалы коллиматоров Большого Адронного Коллайдера (для CERN, Женева):
Мной был разработан и развивается программный комплекс для математического моделирования задачи. В основу численного счёта положен метод Годунова. Код написан на языке FORTRAN. Обработка результатов расчетов в MATLAB.
2) Разработка теоретической модели радиационной стойкости транзистора при воздействии ионизирующего излучения (для РФЯЦ-ВНИИЭФ, Саров):
Разработана и развивается программа для математического моделирования распространения тепла в транзисторе под воздействием нейтронного облучения. В основу численного счета положен метод конечных элементов. Код написан на C++. Обработка результатов расчетов в MATLAB.
Образование
Факультет экспериментальной и теоретической физики, Прикладная физика и математика
Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ»
Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ»
Сен 2003
- Июл 2009
В чем вы сильны?
Имею большой опыт написания программ для математического моделирования с использованием как персональных компьютеров, так и вычислительных кластеров. Во время почти трёхлетней работы над проектом в области вычислительной биологии я хорошо изучил основы клеточной и молекулярной биологии, а также генетики. Позже самостоятельно освоил основы методов работы с NGS-данными. Посещаю Московскую школу биоинформатики в качестве вольнослушателя.
Навыки в области биоинформатики:
- Работа с биологическими базами данных;
- Базовые навыки сборки геномов de novo и выравнивания ридов на референсный геном, поиска и аннотации генов;
- Опыт работы со специализированными программами (FastQC, Trimmomatic, Bowtie2, SAMtools, VCFtools, IGV, SPAdes, Glimmer, GeneMarkS).
Компьютерные навыки:
- Языки программирования: C/C++, Python, FORTRAN;
- Параллельные вычисления: OpenMP, MPI;
- Научное ПО: MATLAB, Maple, Mathematica, gnuplot.
- Системы контроля версий: Git, Mercurial;
- Другое: работа в командной строке UNIX и написание bash-скриптов, LaTeX, SQL;
- Веб-разработка: PHP (CakePHP, Yii), HTML, CSS, JavaScript (jQuery).
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Хобби и интересы:
- Активно участвую в английских разговорных клубах и языковом обмене с носителями языка;
- Участвую во встречах сообщества LessWrong;
- Интересуюсь применением новых технологий в образовании. Интенсивно использую онлайн-ресурсы, и в частности MOOC, для самообразования.