Мария С.

Генетик, к.б.н.

Работа с частичной занятостью в области популяционной/эволюционной/молекулярной генетики

Последнее обновление резюме 22.09.2025
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

ООО "Иннагро"
Биоинформатик
Янв 2025 - Текущий
Консолидация, обработка, анализ и визуализация фенотипических и геномных данных с/х животных (КРС). Разработка моделей оценки племенной ценности. Разработка пайплайнов для автоматизации рутинных процедур анализа геномных данных, в т.ч. определения породной принадлежности, определения носительства моногенных генетических заболеваний, запуска процедуры расчета оценок. Проработка технических решений для обработки данных с различных платформ генотипирования, включая адаптацию форматов, маппинг маркеров, сопоставление панелей SNP и валидацию качества данных. Участие в разработке технических заданий, проектов, взаимодействие с партнерамии и коллегами: обсуждение требований к данным и алгоритмам, уточнение методических и расчетных подходов, согласование форматов и процедур обмена результатами.
Мираторг
Биостатистик
Июн 2024 - Янв 2025
Работа с данными генотипирования и фенотипическтими данными с/х животных. Статистический анализ, разработка, валидация, актуализация моделей для оценки племенной ценности животных. Оценка компонент дисперсии, расчет оценок племенной ценности (REML, ssGBLUP). Информационная и техническая поддержка специалистов отдела селекции (животноводства) по методам и результатам оценки животных. Формирование отчетов о полученных результатах, в т.ч. в формате отчетов о результатах НИР. Участие в разработке автоматизированной системы обработки данных генотипирования и фенотипических данных. Подготовка данных генотипирования к передаче заказчикам в форматах текстового отчета генотипирования или геномного паспорта животного. Поиск и анализ данных литературы в области генетики и геномики с/х животных, разработка тест-систем для апробации методов определения новых моногенных заболеваний.
НИЦ Курчатовский институт
Лаборант-исследователь
Мар 2022 - Июн 2022
Разработка тест-системы для ПЦР-диагностики вирусов в образцах винограда. Определение наиболее широко распространенных в российских виноградниках вирусов для включения в тест-систему. Разработка праймеров и зондов для идентификации вирусов в образцах винограда с помощью количественной ПЦР с обратной транскрипцией. Оптимизация условий реакции для постановки мультиплексной ПЦР. Выделение РНК из образцов винограда, контроль качества выделенной РНК, очистка.
ФИЦ Всероссийский институт животноводства
Младший научный сотрудник
Янв 2019 - Ноя 2021
Проведение научных исследований в области селекционно-генетических процессов в популяциях сельскохозяйственных животных. Математико-статистический анализ, разработка математических моделей для оценки генетических качеств, анализ структуры популяции на основе молекулярно-генетических маркеров. Апробация методов геномной оценки (GBLUP, ssGBLUP, wssGBLUP). Проведение полногеномного ассоциативного анализа (GWAS) для выявления вариантов SNP и локусов (QTL), значимо влияющих на проявление экономически важных признаков. Разработка планов племенной работы для частных животноводческих организаций. Формулирование выводов научных исследований и написание научных статей в российские и зарубежные журналы. Изучение научно-технической литературы (в т.ч. на английском языке).
ФГБНУ Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова
Младший научный сотрудник
Сен 2015 - Авг 2018
Проведение научных исследований в области популяционной генетики животных. Обработка биологического материала для исследования, выделение нуклеиновых кислот, оптимизация и постановка ПЦР, электрофорез в агарозном и полиакриламидном гелях, секвенирование (Applied Biosystems), фрагментный анализ. Обработка полученных результатов с применением методов популяционно-генетического анализа и специализированного ПО. Формулирование выводов и написание научных статей в российские и зарубежные журналы. Изучение научно-технической литературы (в т.ч. на английском языке)

Образование


Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии им. К.И. Скрябина
Авг 2009 - Июн 2014
Факультет зоотехнологий и агробизнеса, специалитет, специальность по диплому – зооинженер

В чем вы сильны?

Математико-статистические методы:

  • корреляционный, регрессионный, дисперсионный анализ, анализ главных компонент
  • методы ограниченного максимального правдоподобия (REML) и наилучшего линейного несмещенного прогноза (BLUP)
  • разработка линейных моделей для оценки племенной ценности и генетических тенденций в популяциях сельскохозяйственных животных.

Анализ данных генотипирования:

  • предобработка, фильтрация, контроль качества данных STR- и SNP-генотипирования
  • расчет основных популяционных характеристик, филогенетический анализ, кластеризация (в т.ч. определение популяционной принадлежности)
  • полногеномные ассоциативные исследования (GWAS), поиск функциональных локусов, ответственных за проявление количественных признаков

Владение языками программирования:

  • R - выполнение большинства задач статистической обработки данных, получения популяционно-генетических характеристик, моделирования генетических процессов, визуализации результатов. Написание скриптов и пайплайнов для обработки и анализа данных
  • Bash - на уровне уверенного пользователя ubuntu, debian
  • SQL

Есть небольшой опыт работы в мокрой лаборатории: выделение нуклеиновых кислот, постановка ПЦР, электрофорез, работа с оборудованием лаборатории (автоматическая станция выделения нуклеиновых кислот, амплификатор, генетический анализатор).

Написание научных статей: работа с мировой научной литературой, формулирование цели и задач исследования, обобщение выводов.

Владение английским языком: свободное чтение, анализ и перевод профессиональной литературы, написание статей.

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Ученая степень кандидата биологических наук по специальности "Генетика".

Список публикаций:

Filimonov, P. A., Zakharov, E. S., Kochkarev, P. V., Politov, D. V., Davydov, A. V., Onokhov, A. A.,  Kashtanov, S. N. (2024). Genetic structure of native and naturalized populations of sable (Martes zibellina L.) of the Central Siberian Plateau and adjacent territories. Biological Invasions, 26(7), 2139-2151.

Kashtanov S., Zakharov E., Semina M., Vinokurov N.,  Vinokurov A., Onokhov A., Filimonov P., Soloshenkova E., Yuzhakov A., Sergeeva O., Somova M., Layshev K., Stolpovsky Yu. Genetic Structure of Domesticated Reindeer (Rangifer tarandus) Populations in the Central Siberian Plateau and Adjacent Areas. Russian Journal of Genetics, 2024, Vol. 60, No. 1, pp. 121–125.

Kabanov, A.; Melnikova, E.; Nikitin, S.; Somova, M.; Fomenko, O.; Volkova, V.; Kostyunina, O.; Karpushkina, T.; Martynova, E.; Trebunskikh, E. Weighted Single-Step Genomic Best Linear Unbiased Prediction Method Application for Assessing Pigs on Meat Productivity and Reproduction Traits. Animals 2022, 12(13), 1693. https://doi.org/10.3390/ani12131693

Сомова М.М., Мельникова Е.Е., Филимонов П.А., Каштанов С.Н. Генетические тенденции размеров тела и репродуктивных качеств в популяции серебристого соболя (Martes zibellina). Ветеринария, зоотехния и биотехнология, 2022, №4.

Melnikova, E.; Kabanov, A.; Nikitin, S.; Somova, M.; Kharitonov, S.; Otradnov, P.; Kostyunina, O.; Karpushkina, T.; Martynova, E.; Sermyagin, A.; Zinovieva, N. Application of Genomic Data for Reliability Improvement of Pig Breeding Value Estimates. Animals 2021, 11, 1557. https://doi.org/10.3390/ani11061557

С. Н. Каштанов, М. В. Шитова, М. М. Сомова, П. А. Филимонов, О. Ю. Тютеньков, А. А. Ходырева, Г. Р. Свищева, И. Г. Мещерский, Ю. А. Столповский, В. В. Рожнов Идентификация популяций соболя (Мartes Zibellina L.) южной части ареала вида. Генетика. 2021. Т. 57. № 10. С. 1–11.

Сомова М.М., Мельникова Е.Е., Никитин С.А. Взаимосвязь показателей воспроизводства овцематок и скорости развития молодняка у овец романовской породы. Зоотехния. 2020. №8. С. 12-16

Сомова М.М., Харзинова В.Р., Сермягин А.А., Костюнина О.В., Мельникова Е.Е., Шеламова Н.Н., Алдобаев А.М., Зиновьева Н.А. Обоснованность сохранения ливенской породы свиней с точки зрения уникальности генофонда современной популяции. Зоотехния. 2019. № 10. С. 10-15.

Каштанов С.Н., Столповский Ю.А., Мещерский И.Г., Свищева Г.Р., Вепрев С.Г., Сомова М.М., Шитова М.В., Мещерский С.И., Рожнов В.В. Таксономический статус и генетическая идентификация соболя Алтая (Martes Zibellina averini Bazhanov, 1943). Генетика. 2018. Т. 54. № 11. С. 1327-1337.

Каштанов С.Н., Сомова М.М., Николаева Э.А. Особенности формирования генетической структуры соболя (martes zibellina l.) в доместицированной среде Кролиководство и звероводство. 2018. № 3. С. 11-14.