Программирование

• Python, 3+ лет опыта (pandas, pysam, Biopython, NumPy, scikit-learn, SciPy, Matplotlib, seaborn)
• R 1+ лет опыта (edgeR, ClusterProfiler, biomaRt, Rsamtools, DESeq2, TSSr, chromVAR, motifmatchr, ggplot2)
• ML (МО) (включая имплементацию нескольких алгоритмов) как учебная практика в магистратуре
• имплементация биоинформатических алгоритмов (выравнивание последовательностей, филогенетика, сборка белка по масс-спеку и т.д.) как учебная практика в магистратуре
• NLP (Python модуль NLTK) как учебная практика в магистратуре
• Docker
• Git, GitHub
• Snakemake
• Bash
• Slurm, работа на вычислительном кластере
• Conda
• SQL (как учебная практика в магистратуре)

Биоинформатика

• использую, исправляю, разрабатываю биоинформатические пайплайны и программы
• коллинг коротких вариантов и вариантов копийности в генных панелях
• анализ RNA-seq (транскриптома): дифференциальная экспрессия генов, обогащение путей и мотивов ТФ, поиск шифтов промоторов
• анализировала scRNA-seq (single cell sequencing, секвенирование единичных клеток) с помощью Scanpy (учебная практика в магистратуре)
• анализировала метилирование ДНК (учебная практика в магистратуре)
• нестандартная проверка качества сборок геномов, в том числе фазированных гаплотипов
• разработка и воспроизведение различных методов сравнительной геномики
• работала в PyMOL (учебная практика в магистратуре)

Языки

• Английский – upper-intermediate

Я биоинформатик с 5-летним опытом работы в области анализа данных NGS. Я применяла свои навыки в транскриптомике, геномике, клинической генетической диагностике, исследованиях в области терапии рака и фундаментальных исследованиях, таких как сравнительная геномика.

https://github.com/sofya-d
https://scholar.google.com/citations?user=e77HJqIAAAAJ&hl=en

ПУБЛИКАЦИИ

Toan Van Le. Cooperative IFN-γ and TLR9 signaling reprogram tumor-associated macrophages to enhance antitumor immunity in melanoma / Toan Van Le, Ruslan Deviatiiarov, Yamano Tomoyoshi, Oleg Gusev, Sofia Dubovskova, Ngoc Lan Thi Nguyen, Rikinari Hanayama, Tuan Duc Nguyen // Biochemical and Biophysical Research Communications // 2026. DOI: 10.1016/j.bbrc.2026.154245

Dubovskova, S. D. Validation of A. coluzzii and A. gambiae hybrids haplotype phasing by trio binning / S. D. Dubovskova, A. A. Zamyatin // Конференция OpenBio // 2024. DOI: 10.25205/978-5-4437-1691-6-2

Дубовскова, С. Д. "Элементы некодирующей ДНК и Y-хромосомные гены, специфичные для комплекса Anopheles gambiae" / С. Д. Дубовскова, А. А. Замятин // 66 Конференция МФТИ // [Электронный ресурс] – М: Физматкнига, 2024. — 284 с. ISBN 978-5-89155-412-2.

Дубовскова, С. Д. Оценка влияния интерферона-γ, CpG-ODN 1826 и их сочетания на транскприпционный паттерн макрофагов Mus musculus // Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2022» // [Электронный ресурс] – М.: МАКС Пресс, 2022.

Дубовскова, С. Д. Проверка гипотезы о синергетическом индуцировании Ifn-ɤ и CpG-ODN-1826 классической активации макрофагов мыши / С.Д. Дубовскова, Р.М. Девятияров // Труды 64-й Всероссийской научной конференции МФТИ. 29 ноября – 03 декабря 2021 г. Биологическая и медицинская физика // Москва–Долгопрудный-Жуковский : МФТИ, 2021. – С. 219-221 : ил. ISBN 978-5-7417-0789-0

Дубовскова, С. Д. Разработка и анализ рекомбинантной генетической конструкции на основе аденоассоциированного вируса, экспрессирующей ген трансглутаминазы-1 / С. Д. Дубовскова, А. А. Шаймарданова, В. В. Соловьева // Естественно-научные и гуманитарные исследования: теоретические и практические аспекты : Материалы XXXI Всероссийской научнопрактической конференции, Ростов-наДону, 18 мая 2021 года. – Ростов-на-Дону, 2021. – С. 67-70.