Софья Г.
Молекулярный биологИщу работу в сфере молекулярной и системной биологии
Последнее обновление резюме | 17.09.2021 |
Адрес | Москва, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Телефон | Заблокировано |
Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
Лаборант-исследователь (магистр)
Выполнение задач в рамках грантов РФФИ, РНФ и Гранта Президента РФ по изучению активности, мобильности и случаев доместикации ретротранспозонов в различных растениях на базе нанопорового секвенирования и данных масс-спектрометрии, изучение тандемных повторов.
* Выделение ДНК/РНК/белка из биологических образцов;
* Постановка ПЦР, ОТ-ПЦР, ПЦР в реальном времени, подбор праймеров;
* Электрофорез в агарозном и полиакриламидном гелях;
* Выделение экстрахромосомных кольцевых молекул ДНК, постановка Rolling Circle Amplification;
* Дизайн направляющих РНК для системы CRISPR/Cas9;
* Сборка RNP комплексов, in vitro тестирование и трансфекция протопластов для CRISPR/Cas9 редактирования;
* Создание трансгенных растений методами агробактериальной трансформации и "floral dip";
* Секвенирование РНК, ДНК и кДНК на платформе Oxford Nanopore (MinION) - подготовка образцов, создание библиотек, запуск секвенатора;
* Работа с геномными браузерами и базами данных;
* Статистический анализ;
* Анализ данных масс-спектрометрии при помощи ПО "Peaks", "MaxQuant";
* Участие в написании статей, отчетов по грантам;
* Участие в научно-исследовательских и научно-практических конференциях, подготовка лабораторных семинаров и лекций;
* Закупка лабораторного оборудования и реагентов.
Достижения: секвенирование транскриптома мутантных растений арабидопсиса, подсолнечника, тополя; получены масс-спектрометрические данные о ретропротеоме мутантов арабидопсиса; получены трансгенные растения арабидопсиса с оверэкспрессией белка оболочки транспозонов; верификация результатов работы созданного пайплайна по поиску тандемных повторов; разработан метод «избирательного» секвенирования транспозонов на основе РНП комплексов; публикация статей и тезисов, участие в международных конференциях.
Лаборант-исследователь
Проведение работ в области клеточной биотехнологии и молекулярной биологии.
* Работа с культурой клеток и тканей растений;
* Получение трансгенных растений методом агробактериальной трансформации;
* Введение и поддержание растений в культуре in vitro, оптимизация условий выращивания;
* Верификация трансгенных растений с помощью молекулярных методов (выделение ДНК, ПЦР, гель-электрофорез);
* Сборка векторных конструкций.
Достижения: получение трансгенных линий томата, оптимизация выращивания и генетическая трансформация клещевины.
Образование
Магистр
Бакалавр
В чем вы сильны?
Выделение нуклеиновых кислот и белков; секвенирование на платформе Oxford Nanopore; дизайн и синтез гидовых РНК и сборка RNP комплексов; культура клеток и тканей; генетическая трансформация растений; PCR, RT-PCR, qPCR; электрофорез белков и нуклеиновых кислот; western blot; иммунолокализация белков; анализ данных масс-спектрометрии (MaxQuant, Peaks).
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Публикации:
Kirov I, Odintsov S, Omarov M, Gvaramiya S, Merkulov P, Dudnikov M, Ermolaev A, Van Laere K, Soloviev A, Khrustaleva L. Functional Allium fistulosum Centromeres Comprise Arrays of a Long Satellite Repeat, Insertions of Retrotransposons and Chloroplast DNA. Front Plant Sci. 2020 Oct 23;11:562001. doi: 10.3389/fpls.2020.562001.
Kirov I. et al. Genomic and Transcriptomic Survey Provides New Insight into the Organization and Transposition Activity of Highly Expressed LTR Retrotransposons of Sunflower (Helianthus annuus L.) //International journal of molecular sciences. – 2020. – Т. 21. – №. 23. – С. 9331.