Навыки

Python

Примерно 2 года программирую на Python 3.x, стараюсь писать понятный и эффективный код, документирую его. Знаю отличия 3-его от 2-ого, могу переписать код под 3-ий.

Умею взаимодействовать с базой данных ncbi через biopython, а также выполнять в нём другие задачи, в частности выравнивать последовательности, создавать филогенетические деревья. Ещё для последней задачи использовал ete.

Знаю API numpy и pandas, использую другие библиотеки из экосистемы scipy. Умею использовать методы кластеризации, классификации и регрессии из библиотеки sklearn, строить нейронные сети в keras. Для визуализации использую seaborn и matplotlib.

Из инструментов в основном пользовался PyCharm и Jupyter notebook. Есть опыт работы с Big Data через Spark с помощью Zeppelin.

Помимо прочего умею делать cli интерфейсы, парсить html и xml, эмулировать активность в браузере.

Прочёл:

1. A Byte of Python, Swaroop Chitlur
2. Data Science from Scratch: First Principles with Python, Joel Grus
3. Введение в машинное обучение с помощью Python, Андреас Мюллер, Сара Гвидо
4. Python for Data Analysis, Wes McKinney
5. Hadoop With Python, Zachary Radtka, Donald Miner

R

Использовал для анализа данных в институте, а также на некоторых онлайн-курсах, применял различные статистические методы. Знаком с частью пакетов, входящих в состав tidyverse (ggplot, dplyr, tidyr).
Умею работать с Rmarkdown.

Java

Прошёл курс от Epam, знаю синтаксис Java 9, но с ней не было практики. Прочёл Java Precisely, Peter Sestoft

Другие языки программирования

Знаю основы Haskell, Matlab и Octav, пользовался матлабом для анализа данных на одном из курсов. Совсем чуть-чуть знаком с C и Ruby.

Linux

Сижу на нём около двух лет, умею пользоваться терминалом, знаю основной синтаксис bash и стандартные утилиты.

Филогенетика

В рамках выполнения заданий использовал для выравниваний последовательностей различные выравниватели и тулы для построения деревьев – clustal, muscle, mafft, kalign, tcoffee, prank; raxml, mrbayes, beast

Английский язык

B2 (Upper Intermediate)

Прочее

• Умею пользоваться git
• Знаю язык регулярных выражений
• Знаю markdown
• Немного писал запросов на SQL
• Немного знаком с html и css
• Немного знаю TeX

Профили

• github
• kaggle

Люблю учиться и играть, умею работать в команде. Интересуюсь астробиологией, генотерапией, синтетической биологией, системной биологией, приспособлением организмов к экстремальным абиотическим стрессам, машинным обучением, кибернетикой, визуализацией данных, теорией вероятностей, некоторыми областями философии.

Также люблю плавать и читать фантастику.

Мероприятия, в которых принимал участие:

• Помогаю создавать курс по Машинному обучению на stepik
• Участвовал в хакатонах LifeCode и BioHack
• Участвовал в System Biology Workshop
• Проводил профориентационную лекцию по биоинформатике в ИТМО на Цифровых Джунглях
• Участвовал в 5-ой молодежной конференции по молекулярной и клеточной биологии Института цитологии
• Помогал организовывать собрание общества физиологов растений России в 2016 году в СПбГУ