Екатерина Ш.

Эволюционный генетик, специалист по секвенированию

Ищу интересную работу, связанную с ведением проектов по высокопроизводительному секвенированию (NGS) для того, чтобы мои знания и умения приносили реальную пользу. 

Сейчас я учусь в аспирантуре в Японии, но активно рассматриваю интересные варианты работы в индустрии, которые позволили бы мне развиваться в области секвенирования и далее.

 

Последнее обновление резюме 12.03.2019
Адрес Рига, Latvia
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

Okinawa Institute of Science and Technology
Аспирант
Сен 2017 - Текущий
Сейчас я работаю в международном институте на острове Окинава и изучаю эволюцию Вируса Пёстролепёстности Тюльпанов при помощи секвенирования РНК, изолированного из исторического материала трёхсотлетней давности.
Мои обязанности включают секвенирование образцов с нуля на нашем собственном оборудовании и полную биоинформатическую обработку данных.
В рамках проекта я сотрудничаю с европейскими музеями, предоставляющими древние образцы, а также с представителями растениеводческой индустрии в Нидерландах, предоставляющими образцы современные и важнейшую информацию о распространении вируса.
На данный момент в ходе исследования были выявлены консервативные гены, а также гены, эволюционирующие под влиянием направленной селекции. Также были оптимизированы протоколы экстракции, подобраны праймеры для скрининга материала перед секвенированием, произведено секвенирование более 50 образцов только для этого проекта.

Образование

HZ University of Applied Sciences
Life Sciences
Авг 2012 - Июн 2015
Бакалавр Прикладных Наук (Bachelor of Applied Sciences), степень cum laude
Университет Прикладных Наук HZ, Флиссинген, Нидерланды
Основное направление: Life Sciences
Специализация: Курсы программы магистратуры в Университете Вахенингена (Основные принципы разведения растений, Болезни и иммунитет растений, Разведение для качества и устойчивости, Клетка и клеточные культуры растений, Популяционная генетика и генетика количественных признаков, Генетический анализ)

В чем вы сильны?

Большой опыт работы по секвенированию образцов самого различного рода - бактерии, растения, вирусы, насекомые. Я могу секвенировать образцы ДНК или РНК с нуля - выделить НК, подготовить библиотеку, проверить качество, запустить машину и обработать данные секвенирования - собрать геномы и сделать аннотации как при помощи point-and-click программ (Geneious, CLC Genomics Workbench), так и при помощи программ на unix (контроль качества и тримминг: trimgalore, trimmomatic, adapterremoval, fastqc | сборка: Spades, Trinity | mapping: bwa, bowtie2, hisat2 | annotation: prokka, Augustus). 

Я не боюсь трудностей и люблю решать проблемы. Люблю помогать людям и общаться с ними, налаживать деловые контакты - для моего проекта по исследованию вирусов в тюльпанах мне пришлось самостоятельно изучать принципы работы растениеводческой индустрии в Нидерландах, налаживать отношения с самыми разными работниками этой индустрии, а также оформлять  международные разрешения на ввоз образцов в Японию. 

Весь мой предыдущий опыт работы был в международных англоязычных командах, поэтому я могу находить подход к людям самых разных взглядов, культурных ценностей и уровня знаний о предмете. Английский - мой второй родной язык, на котором я говорю без акцента, как и на русском.

 

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Я очень люблю путешествовать и рассказывать людям про науку доступными словами. В свободное время я занимаюсь волонтёрством и учу детей самых разных возрастов, рассказывая им про зоологию, экологию и то, что наука совсем не обязательно должна быть скучной. В ходе этой программы мне приходилось в том числе и организовывать часть большого фестиваля на 5000 человек.