Основным проектом, которым я занимаюсь. на данный момент является полногеномное секвенирование и de novo сборка геномов сибирской лиственницы и сибирской кедровой сосны - основных видов хвойных бореальных лесов Сибири, являющихся лесным резервом России. Геномы хвойных уникальны по размеру (в 4-7 раз больше генома человека) и очень сложны для изучения.

Разработанные мной инновационные подходы и программные решения вкупе с современным оборудованием (секвенаторы HiSeq, Miseq; высокопроизводительные серверы IBM, операционная системы Linux, с полным пакетом программного обеспечения для обработки геномных данных NGS) лаборатории лесной геномики СФУ, в которой работает Шаров В. В., позволяют проводить исследования наравне с начавшимися в недавнее время подобными проектами по секвенированию геномов хвойных в США, Канаде и Европе.

Разработаны новые методики и решения в области биоинформатики. Это включает в себя разработку новых подходов по обработке больших геномных данных, и внедрение высокопроизводительных программных комплексов, которые их реализуют. Разработки подтверждаются авторскими свидетельствами и участием в публикациях с индексом цитирования ВАК и SCOPUS.

Свидетельства о регистрации программы для ЭВМ:

1. Программный комплекс по подготовке ридов NGS Illumina к ассемблированию. №2015619381, дата регистрации 01.09.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Цыбин Александр Николаевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович;

2. Программный комплекс для определения размера библиотек (insert size) парных ридов NGS Illumina. №2015662065, дата регистрации 16.11.2015 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.

3. Программа индексирования геномных последовательностей большого размера методом «FM-index» на графических ускорителях. №2016663584, дата регистрации 13.12.2016 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Путинцева Юлия Андреевна, Кузьмин Дмитрий Александрович.

4. Комплекс предобработки ридов NGS. №2017610541, дата регистрации 12.01.2017 г. Авторы: Шаров Вадим Витальевич, Маколов Степан Викторович, Кузьмин Дмитрий Александрович.

Публичное представление:

1. Всероссийский конкурс прорывных проектов в области IT-технологий «IT-прорыв» (октябрь 2014г. — май 2015г., Четвертый этап). Категория «IT-реализация», конкурс «IT в радиоэлектронике» (имеется диплом участника).

2. Учебно-методическийсеминар «ИТ-профессионал 2020» (имеется сертификат).

3. X международная научно-практическая конференция «Современные концепции научных исследований» г. Москва 2015 (имеется сертификат)

4. Летняя школа по биоинформатике 2015 г. Москва (имеется сертификат).

Участие в гранте:

1. Мега-проект «Геномные исследования основных бореальных лесообразующих хвойных видов и их наиболее опасных патогенов в Российской Федерации» (договор №14.Y26.31.0004) по Постановлению Правительства РФ № 220 от 9 апреля 2010 г. «О мерах по привлечению ведущих ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования».

Список публикаций:

1. Шаров В.В., Черников С.В. Анализ эффективности решения задачи N-тел на различных вычислительных архитектурах // Седьмая международная научно-практическая конференция «Молодежь и наука: реальность и будущее»: Материалы конференции / Редкол.: Т.Н. Рябченко, Е.И. Бурьянова: в 2 томах. –Т.1 - Невинномысск: НИЭУП, 2014. – с. 47-50.

2. Шаров В.В., Кузьмин Д.А. Применение гибридной вычислительной архитектуры для изучения свойств электронной структуры высокотемпературных сверхпроводников // Евразийский Союз Ученых (ЕСУ) Ежемесячный научный журнал № 1 (18) / 2015 ISSN 2575-7999 - г.Москва. - с. 98-101.

3. Krutovsky K.V., Oreshkova N.V., Putintseva Yu.A., Kuzmin D.A., Sharov V.V., Biryukov V.V., Makolov S.V., Deych K.O., Bondar E.I., Ushakova O.A., Ibe A.A., Shilkina E.A.. DE NOVO SEQUENCING OF CONIFER MEGAGENOMES // Материалы 3-й международной конференции "Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений” / ИЦиГ СО РАН, ISBN 978-5-91291-022-7, г. Новосибирск, 2015. - с. 28.

4. Oreshkova N.V., Putintseva Yu.A., Kuzmin D.A., Sharov V.V., Biryukov V.V., Makolov S.V., Deych K.O., Ibe A.A., Shilkina E.A., Krutovsky K.V.,. THE WHOLE DE NOVO GENOME SEQUENCING AND ASSEMBLY OF SIBERIAN LARCH (LARIX SIBIRICA LEDEB.) AND SIBERIAN PINE // Материалы 3-й международной конференции “Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений” / ИЦиГ СО РАН, ISBN 978-5-91291-022-7, г. Новосибирск, 2015. - с. 37.

5. Putintseva Yu.A., Sharov V.V., Kuzmin D.A., Makolov S.V., Oreshkova N.V., Krutovsky K.V.. CHALLENGES OF ASSEMBLING HUGE CONIFER GENOMES // Материалы 3-й международной конференции “Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений” / ИЦиГ СО РАН, ISBN 978-5-91291-022-7, г. Новосибирск, 2015. - с. 43.

6. Krutovsky K.V., Oreshkova N.V., Putintseva Yu.A., Kuzmin D.A., Pavlov I.N., Sharov V.V., Biryukov V.V., Makolov S.V., Deych K.O., Bondar E.I., Ushakova O.A., Ibe A.A., Shilkina E.A., Sadovsky M.G., Vaganov E.A.. Pinus sibirica and Larix sibirica whole genome de novo sequencing // ProCoGen final open conference Promoting Conifer Genomic Resources / Orleans, France 2015. page 7.

2016г.___

1. Белоконь М. М., Политов Д. В., Мудрик Е. А., Полякова Т. А., Шатохина А. В., Белоконь Ю. С., Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Шаров В. В., Кузмин Д. А., Крутовский К. В. РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ СОСНЫ КЕДРОВОЙ СИБИРСКОЙ (PINUS SIBIRICA DU TOUR) ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПОЛНОГЕНОМНОГО DE NOVO СЕКВЕНИРОВАНИЯ // ГЕНЕТИКА. -2016. -Т.52, №12., г. Москва. -С. 1418–1427. ISSN: 0016-6758

2. Цыбин А.Н., Шаров В. В., Путинцева Ю.А., Феранчук С.И., Кузьмин Д.А. Параллельный алгоритм фильтрации повторов в данных NGS ILLUMINA //Доклады академии наук высшей школы российской федерации – г. Новосибирск, 2016. –№4 (33). –С. 99–110. doi: 10.17212/1727- 2769-2016-4-99-110

2017 г.___

1 .Шаров В.В., Путинцева Ю.А., Кузьмин Д.А., Орешкова Н.В., Феранчук С.И., Цыбин А.Н., Маколов С.В., Крутовский К.В. / Сборка и аннотирование генома лиственницы сибирской // Acta Naturae спецвыпуск №1, Т.9.-2017., г. Новосибирск. -с. 63.