ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЕ НАВЫКИ
Работа с животными: обращение с мышами, внутрибрюшинные инъекции.
Культура клеток: поддержание культур клеток млекопитающих (клеточные линии U-937, CaCo2, HT29, THP1)
Методы молекулярной биологии: экстракция нуклеиновых кислот, ПЦР, гель-электрофорез, 1D-электрофорез белков, разработка праймеров.
Генетика фагов: аннотация генома фага, поиск концов фага, филогения фага, поиск деполимераз.
Микробиология: микробиологические методы (работа с E. coli, S. aureus, S. epidermidis, K. pneumoniae, A. baumannii, P. aeruginosa, E. faecium, E. cloacae), работа с бактериофагами (выделение, очистка, спектр хозяев , эффективность посева, кривая роста, pH и термическая стабильность, УФ-индукция фага), образование биопленки, тест на устойчивость к антибиотикам
Микроскопия: флуоресцентная микроскопия
Программное обеспечение: NTI Vector, Oligo 6, Tablet, Mauve, BLAST, VICTOR,

1. Kuptsov, N.; Kornienko, M.; Bespiatykh, D.; Gorodnichev, R.; Klimina, K.; Veselovsky, V.; Shitikov, E. (2022) Global Transcriptomic Response of Staphylococcus aureus to Virulent Bacteriophage Infection. Viruses, 14, 567.
2. Gorodnichev, R. B., Volozhantsev, N. V., Krasilnikova, V. M., Bodoev, I. N., Kornienko, M. A., Kuptsov, N. S., ... & Shitikov, E. A. (2021) Novel Klebsiella pneumoniae K23-specific bacteriophages from different families: similarity of depolymerases and their therapeutic potential Frontiers in microbiology. Т. 12.
3. Kornienko, M. A., Kuptsov, N. S., Danilov, D. I., Gorodnichev, R. B., Malakhova, M. V., Bespiatykh, D. A., ... & Ilina, E. N. (2021). Isolation and characterization of Pseudomonas aeruginosa bacteriophages—potential agents for phage therapy. Extreme medicine, (3 (23)), 15-21
4. Gorodnichev, R. B., Kornienko, M. A., Kuptsov, N. S., Efimov, A. D., Bogdan, V. I., Letarov, A. V., ... & Ilina, E. N. (2021). Comparison of methods for purification of bacteriophage lysates of gram-negative bacteria for personalized therapy. Extreme medicine, (3 (23)), 28-35
5. Gorodnichev, R. B., Kornienko, M. A., Kuptsov, N. S., Malakhova, M. V., Bespiatykh, D. A., Veselovsky, V. A., ... & Ilina, E. N. (2021). Molecular genetic characterization of three new Klebsiella pneumoniae bacteriophages suitable for phage therapy. Extreme medicine, (3 (23)), 84-90.
6. Kornienko, M., Kuptsov, N., Gorodnichev, R., Bespiatykh, D., Guliaev, A., Letarova, M., Kulikov, E., Veselovsky, V., Malakhova M., Letarov A., Shitikov, E. (2020) Сontribution of Podoviridae and Myoviridae bacteriophages to the effectiveness of anti-staphylococcal therapeutic cocktails. Scientific reports, 10(1), 1-11.
7. Kornienko, M., Fisunov, G., Bespiatykh, D., Kuptsov, N., Gorodnichev, R., Klimina, K., Kulikov, E., Ilima, E., Letarov, A., Shitikov, E. (2020). Transcriptional landscape of Staphylococcus aureus Kayvirus bacteriophage vB_SauM-515A1. Viruses, 12(11), 1320
8. Kuptsov, N. S., Kornienko, M. A., Gorodnichev, R. B., Danilov, D. I., Malakhova, M. V., Parfenova, T. V., ... & Ilina, E. N. (2020). Efficacy of commercial bacteriophage products against ESKAPE pathogens. Bulletin of Russian State Medical University, (3), 18-24.
9. Kornienko, M. A., Kuptsov, N. S., Gorodnichev, R. B., Malakhova, M. V., Lyubasovskaya, L. A., Gordeev, A. B., ... & IL’INA, E. N. (2018). Characteristics of coagulase-negative Staphylococci isolated from central venous catheters of neonates in an intensive care unit: formation of biofilms and genetic population structure identified by multilocus sequence typing. Akusherstvo i Ginekologiya, 5, 86-94.
10. Gorodnichev R.B., Rakitina D.V., Manolov A.I., Baikova Y.P., Shcherbakov P.L., Smirnov G.B., Ilina E.N. (2017) Features of Eschetichia coli clinical strains, isolated from the patients with Crohn’s disease Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology (6) 42-49
11. Daria V. Rakitina , Alexander I. Manolov1 , Alexandra V. Kanygina , Sofya K. Garushyants , Julia P. Baikova , Dmitry G. Alexeev, Valentina G. Ladygina , Elena S. Kostryukova , Andrei K. Larin , Tatiana A. Semashko , Irina Y. Karpova , Vladislav V. Babenko , Ruzilya K. Ismagilova, Sergei Y. Malanin, Mikhail S. Gelfand, Elena N. Ilina , Roman B. Gorodnichev , Eugenia S. Lisitsyna , Gennady I. Aleshkin , Petr L. Scherbakov , Igor L. Khalif, Marina V. Shapina, Igor V. Maev, Dmitry N. Andreev and Vadim M. Govorun (2017). Genome analysis of E. coli isolated from Crohn’s disease patients. BMC genomics, 18(1), 1-17.
12. Polyanskaya LM, Gorodnichev RB, Vorob’eva EA, Zvyagintsev DG (2015). Population density and size of bacteria in the course of cultivation of their small forms. Eurasian Soil Science, 48(4), 395-399.
13. Polyanskaya L. M., Gorodnichev R. B., Zvyagintsev D. G. Sizes of bacterial cells in soils determined by cascade filtration technique. Biology Bulletin, 40(2), 130-137.