Программирование: Python (средний уровень), R (продвинутый пользователь), Perl (средний уровень);

Linux (умение работать в командной строке Bash, уверенный пользователь);

Уверенное пользование следующими базами данных и программами: PubMed, KEGG, PDB, UniProt, SwissProt, BLAST, GeneDoc, Pfam, InterPro, GO, SCOP, CATH, Cytoscape, PyMol, RasMol, Impute2,GEO, ArrayExpress,1000 genomes project, OMIM, ensemble;

Понимание принципов и владение методами анализа данных цитометрии и CyTOF (гейтинг, пакет FlowSOM);

Владение методами молекулярной динамики и молекулярного моделирования;

Уверенные знания в области молекулярной биологии, генетики, иммунологии, генетики рака, статистического анализа;

Навыки работы с данными NGS (QC, картирование (bowtie, STAR, Tophat), поиск дифференциально экспрессирующихся генов);

Умение быстро читать и понимать суть зарубежных научных публикаций, умение быстро разбираться в непонятной информации.

Публикации в международных научных журналах, тезисы конференций и патент:

2022 Патент №17707623: Aleksandr Zaitsev, Maksim Chelushkin, Ilya Cheremushkin, Ekaterina Nuzhdina, Vladimir Zyrin, Daniiar Dyikanov, Alexander Bagaev, Ravshan Ataullakhanov, Boris Shpak
Systems and methods for deconvolution of expression data

2022 Zaitsev A., Chelushkin M., Dyikanov D., Cheremushkin I., Shpak B., Nomie K., Vladimir Zyrin, Nuzhdina E., Lozinsky Y., Zotova A., Degryse S., Kotlov N., Baisangurov A., Shatsky V., Afenteva D., Kuznetsov A., Paul S. R., Davies D. L., Reeves P. M., Lanuti M., Goldberg M. F., Tazearslan C., Chasse M., Wang I., Abdou M., Aslanian S. M., Andrewes S., Hsieh J. J., Ramachandran A., Lyu Y., Galkin, I., Svekolkin V., Cerchietti L., Poznansky M. C., Ataullakhanov R., Fowler N., Bagaev A. Precise reconstruction of the TME using bulk RNA-seq and a machine learning algorithm trained on artificial transcriptomes
Cancer Cell. Vol. 40, No. 8 P. 879-894. doi 10.1016/j.ccell.2022.07.006

2022 Miheecheva N., Postovalova E., Lyu Y., Ramachandran A., Bagaev A., Svekolkin V., Galkin I., Vladimir Zyrin, Maximov V., Lozinsky Y., Isaev S., Ovcharov P., Shamsutdinova D., Cheng E. H., Nomie K., Brown J. H., Tsiper M., Ataullakhanov R., Fowler N., Hsieh J. J. Multiregional single-cell proteogenomic analysis of ccRCC reveals cytokine drivers of intratumor spatial heterogeneity
Cell Reports. Vol. 40, No. 7 Article 111180. doi 10.1016/j.celrep.2022.111180

2022 Shishkova S., Tabakov D., Egorov E., Ramachandran A., Lyu Y., Nomie K., Brown J., Svetlana Shishkova, Dmitry Tabakov, Evgeny Egorov, Akshaya Ramachandran, Yang Lyu, Krystle Nomie, Jessica Brown, Vladimir Zyrin, Alexander Zaytcev, Natalia Miheecheva, Ekaterina Postovalova, Alexander Bagaev, Ravshan Ataullakhanov, James Hsieh. Abstract 2061: Deep immune profiling by mass cytometry revealed an association between the state of immune system before treatment and response to checkpoint inhibitor therapy in clear cell renal cell carcinoma
Cancer Research. Vol. 82, No. 12_Supplement P. 2061-2061. doi 10.1158/1538-7445.AM2022-2061

2021 Miheecheva N., Ramachandran A., Lyu Y., Postovalova E., Svekolkin V., Galkin I., Ovcharov P., Shamsutdinova D., Vladimir Zyrin, Bagaev A., Nomie K., Frenkel F., Ataullakhanov R., Hsieh J. J. Integrated multiregional transcriptomic and multi-parameter single-cell imaging analysis of clear cell renal cell carcinoma elucidates diverse cellular communities present within the tumor microenvironment
Cancer Research. Vol. 81, No. 13_Supplement P. 2742-2742. doi 10.1158/1538-7445.AM2021-2742

2020 Paul S. R., Bagaev A., Valiev I., Vladimir Zyrin, Zaitsev A., Dyykanov D., Nuzhdina K., Kotlov N., Frenkel F., Korek S., Reeves P., Davies D. L., Wright C. D., Ott H., Muniappan A., Tsiper M., Fowler N., Lanuti M., Ataullakhanov R., Poznansky M. C. Non-small cell lung cancer: Analysis using mass cytometry and next generation sequencing reveals new opportunities for the development of personalized therapies
Journal of Clinical Oncology. Vol. 38, No. 15 Article 21026. doi 10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.e21026

2020 Hsieh J. J., Miheecheva N., Ramachandran A., Lyu Y., Galkin I., Svekolkin V., Postovalova E., Bagaev A., Lozinsky Y., Vladimir Zyrin, Zaitsev A., Nuzhdina K., Nomie K., Ogloblina A., Frenkel F., Ataullakhanov R. Integrated single-cell spatial multi-omics of intratumor heterogeneity in renal cell carcinoma
Journal of Clinical Oncology. Vol. 38, No. 15 Article 17106. doi 10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.e17106

2020 Zaytcev A., Chelushkin M., Nuzhdina K., Bagaev A., Dyykanov D., Vladimir Zyrin, Raju Paul S., Davies D. L., Reeves P. M., Lanuti M., Poznansky M. C., Baisangurov A., Ataullakhanov R., Fowler N. Novel machine learning based deconvolution algorithm results in accurate description of tumor microenvironment from bulk RNAseq
Cancer Research. Vol. 80, No. 16 Article 853. doi 10.1158/1538-7445.AM2020-853

2018 A.Kh. Alieva, V.S. Zyrin, M.M. Rudenok, A.A. Kolacheva, M.V. Shulskaya,
M.V. Ugryumov, P.A. Slominsky, M.I. Shadrina Whole-Transcriptome Analysis of Mouse Models with MPTP-Induced Early Stages of Parkinson's Disease Reveals Stage-Specific Response of Transcriptome and a Possible Role of Myelin-Linked Genes in Neurodegeneration.
Molecular Neurobiology. Vol. 55, No. 9 P. 7229-7241. doi 10.1007/s12035-018-0907-1

2018 Shulskaya M. V., Alieva A. K., Vlasov, I. N., Vladimir V Zyrin, Fedotova E. Y., Abramycheva, N. Y., Usenko T. S., Yakimovsky A. F., Emelyanov A. K., Pchelina, S. N., Illarioshkin S. N., Slominsky P. A., Shadrina M. I. Whole-exome sequencing in searching for new variants associated with the development of Parkinson’s disease
Frontiers in Aging Neuroscience. Vol. 10 Article 136. doi 10.3389/fnagi.2018.00136

2014 М.В. Шульская, В.С. Зырин, М.И. Шадрина, С.Н. Пчелина, С.Н. Иллариошкин, П.А. Сломинский Полноэкзомное секвенирование в изучении генетических основ болезни Паркинсона, III Национальный конгресс по болезни Паркинсона и расстройствам движений (с международным участием) Москва, тезисы

Иностранные языки:

Английский язык - upper- intermediate (диплом переводчика в сфере научного и профессионального общения (биоинженерия, биоинформатика));

Немецкий и французский языки – чтение со словарем.

Участие в различных научных мероприятиях:

Помощь в организации День Биологии и Медицины, Москва, 2014

VI Международная школа молодых ученых по молекулярной генетике «Геномика и системная биология», Звенигород, 2014

VII Международная школа молодых ученых по молекулярной генетике «Геномика и биология живых систем», Звенигород, 2016

Обучение на курсе «Introduction to the statistical analysis of genome-wide association studies», Imperial College, Лондон, июль 2016

Хобби - скалодром, игра на синтезаторе