Екатерина Н.

опытный биоинформатик, team lead of transcriptome analysis group
Последнее обновление резюме 10.10.2018
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

BostonGene
Team lead of transcriptome analysis group
Окт 2018 - Текущий
Веду группу транскриптомного анализа, в которой 4 человека. За время работы сделан с нуля RNA-seq QC пайплайн, разработан новый алгоритм деконволюции клеточного состава.
Сейчас активно разрабатываются методы анализа алтернативного сплайсинга в опухоли.
BostonGene
Аналитик - биоинформатик
Сен 2016 - Сен 2018
Анализ NGS данных, создание QC пайплайна для RNA-seq данных, SNP коллинг и аннотация.
Статистический анализ больших данных; исследование микроокружения опухоли: идентификация состава опухолевых клеток из данных экспрессии;
бенчмаркинг программного обеспечения для биоинформатики
Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН, лаборатория эволюционной геномики
Биоинформатик
Окт 2015 - Сен 2016
Биоинформатический анализ пациентов с моногенными наследственными заболеваниями, для которых не было найдено известных ассоциированных генов: данные WES для пациента с семейным случаем мезодермальной дистрофии радужки, WGS пациентов с семейным случаем торсионной дистонии мышц и эпилепсии горячей воды
НИИ Физико-химической биологии им. А. Н. Белозерского МГУ
Студент-исследователь
Сен 2012 - Сен 2016
RNA alignments using secondary structure information, зав.лаб. д.б.н, к.ф.-м.н, проф. Миронов Андрей Александрович, группа биоинформатики факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ имени М.В.Ломоносова

Identification of the COX-1 kinetic inhibition mechanism by "slow" inhibitors in the case of indomethacin, зав.лаб. д.х.н., проф. Вржещ Петр Владимирович, лаборатория кинетики ферментативных реакций МГУ имени М.В.Ломоносова

Образование

Факультет биоинженерии и биоинформатики
МГУ им. М.В. Ломоносова
Сен 2012 - Май 2018
Специалист

В чем вы сильны?

Опыт работы в биоинформатике - 5 лет. Глубокое понимание анализа данных NGS. Знание основных тенденции в биоинформатике и ключевых специалистов области.

Профессиональные навыки:

  • Языки программирования: Python (pandas, numpy, sklearn, seaborn), bash, R, perl, C
  • Умею работать с Atlassian JIRA, wiki, Bitbucket, Git
  • Имею опыт работы на кластере и с сервисами облачных вычислений
  • Иностранные языки: английский язык - Advanced; французский и немецкий - начальный уровень

Личные качества:

Ответственная и исполнительная, отличные аналитические способности, внимательна к деталям и умею качественно и быстро искать нужную информацию 

Область интересов:

Медицинская генетика, эволюционная и популяционная генетика, онкология, биотехнология, биоинформационные технологии

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Дополнительное образование:

Участник:

  1. Школа молекулярной и теоретической биологии, Пущино, 2012
  2. Cеминар по системной биологии (SBW), организованный Институтом биоинформатики и Университетом ИТМО с участием приглашенных лекторов из Washington University in St. Louis и Harvard University, 2017

Лектор/преподаватель/сотрудник:

  1. Веду спецкурс "Основы биоинформатики и системной биологии рака" для студентов 3 курса Факультета биологической и медицинской физики, МФТИ, 2017-2018
  2. Вела курсовую работу у ученика 11 класса в СУНЦ им. Колмогорова "Геномные изменения в различных стадиях меланомы"
  3. Веду 3 дипломные работы студентов специалитета и магистратуры в МГУ и в МФТИ.
  4. Работала репетитором по олимпиадной математике, 2012-2016

Публикации:

Glafira D. Kolbasova, Arthur O. Zalevsky, Azamat R. Gafurov, Philipp O. Gusev, Margarita A. Ezhova, Anna A. Zheludkevich, Olga P. Konovalova, Ksenia N. Kosobokova, Nikita U. Kotlov, Natalia O. Lanina, Anna S. Lapashina, Dmitry O. Medvedev, Katerina S. Nosikova, Ekaterina O. Nuzhdina, Georgii A. Bazykin, and Neretina Tatyana. A new species of cyanea jellyfish sympatric to c. capillata in the white sea. Polar Biology, pages 1–13, 2015. [http://dx.doi.org/DOI:10.1007/s00300-015-1707-y]

Хобби:

Занимаюсь конным спортом (конкур) и увлекаюсь альпинизмом