Екатерина Н.

Ведущий биоинформатик, клиническая онкология NGS
Последнее обновление резюме 26.03.2022
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

BostonGene
Ведущий биоинформатик
Сен 2016 - Текущий
2020-наст.время
Руководство разработкой новых и оптимизация существующих NGS тестов (WES, RNASeq, ctDNA). Разработка и оптимизация биоинформатических тулов и пайплайнов. Автоматизация процесса анализа данных. Разработка лабораторной системы трекинга данных. Руководство проектами с составными командами из разработчиков, биоинформатиков и лабораторного персонала.

2018-2020 Тим лид группы транскриптомного анализа
Руководство группой из 6 человек. За время работы сделан с нуля RNA-seq QC пайплайн, разработан новый алгоритм деконволюции клеточного состава.
Разработан метод анализа алтернативного сплайсинга в опухоли. Проекты в области single cell секвенирования.

2016-2018 Аналитик - биоинформатик
Анализ NGS данных, создание QC пайплайна для RNA-seq данных, SNP коллинг и аннотация.
Статистический анализ больших данных; исследование микроокружения опухоли: идентификация состава опухолевых клеток из данных экспрессии;
бенчмаркинг программного обеспечения для биоинформатики
Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН, лаборатория эволюционной геномики
Биоинформатик
Окт 2015 - Сен 2016
Биоинформатический анализ пациентов с моногенными наследственными заболеваниями, для которых не было найдено известных ассоциированных генов: данные WES для пациента с семейным случаем мезодермальной дистрофии радужки, WGS пациентов с семейным случаем торсионной дистонии мышц и эпилепсии горячей воды
НИИ Физико-химической биологии им. А. Н. Белозерского МГУ
Студент-исследователь
Сен 2012 - Сен 2016
RNA alignments using secondary structure information, зав.лаб. д.б.н, к.ф.-м.н, проф. Миронов Андрей Александрович, группа биоинформатики факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ имени М.В.Ломоносова

Identification of the COX-1 kinetic inhibition mechanism by "slow" inhibitors in the case of indomethacin, зав.лаб. д.х.н., проф. Вржещ Петр Владимирович, лаборатория кинетики ферментативных реакций МГУ имени М.В.Ломоносова

Образование

Факультет биоинженерии и биоинформатики
МГУ им. М.В. Ломоносова
Сен 2012 - Май 2018
Специалист

В чем вы сильны?

Опыт работы в биоинформатике - 6 лет. Глубокое понимание анализа данных NGS. Знание основных тенденции в биоинформатике и ключевых специалистов области. 

Прямое руководство командой из 13 биоинформатиков. Руководство проектами со смешанными командами из биоинформатиков, лабораторного персонала и разработчиков.

Профессиональные навыки:

  • Работа с биоинформатическими тулами для анализа WES, RNASeq, ctDNA, snRNASeq, scRNASeq данных (фокус на клинических данных пациентов)
  • Python, bash, R, C
  • Docker, cwl, k8s
  • Workflow management: airflow, luigi, prefect
  • Имею опыт работы на кластере (slurm) и с сервисами облачных вычислений (AWS)
  • Глубокое понимания лабораторного процесса пробоподготовки образцов для использования в клинической онкологии, процесса валидации клинических тестов
  • Знание регуляций по генетическим тестам в США
  • английский язык - Advanced; немецкий - средний уровень

Проекты:

Успешная сертификация на Американском рынке (LDT, CLIA, CAP) генетического теста BostonGene. В процессе сертификация NY с самыми строгими правилами по валидация медицинских тестов.

Разработка новых NGS тестов и оптимизация существующих.

Разработка биоинформатичеких пайплайнов анализа генетических данных.

Разработка системы автоматического анализа данных, лабораторной системы хранения данных.

Область интересов:

Медицинская генетика, эволюционная и популяционная генетика, онкология, биотехнология, биоинформационные технологии

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Дополнительное образование:

Участник:

  1. Школа молекулярной и теоретической биологии, Пущино, 2012
  2. Cеминар по системной биологии (SBW), организованный Институтом биоинформатики и Университетом ИТМО с участием приглашенных лекторов из Washington University in St. Louis и Harvard University, 2017 

Лектор/преподаватель/сотрудник:

  1. Вела спецкурс "Основы биоинформатики и системной биологии рака" для студентов 3 курса Факультета биологической и медицинской физики, МФТИ, 2017-по 2019
  2. Вела дипломные работы студентов специалитета, магистратуры и аспирантов в МГУ и в МФТИ, 2019 по настоящее время
  3. Работала репетитором по олимпиадной математике, 2012-2016

Публикации:

  • Analytical and clinical validation of the BostonGene tumor portrait assay, Meeting Abstract | 2021 ASCO Annual Meeting I, link
  • Integration and Iteration: Using Advanced, High-Content Imaging and Single-Cell Gene Expression Analysis to Uncover Unique Aspects of Follicular Lymphoma Biology, Blood 136(Supplement 1):9-10, 2021, link
  • Integrated single-cell spatial multi-omics of intratumor heterogeneity in renal cell carcinoma, Journal of Clinical Oncology, 2020, link
  • Non-small cell lung cancer: Analysis using mass cytometry and next-generation sequencing reveals new opportunities for the development of personalized therapies, Journal of Clinical Oncology, 2020, link
  • Novel machine learning based deconvolution algorithm results in accurate description of tumor microenvironment from bulk RNAseq, AACR Annual Meeting, 2020, link
  • A new species of cyanea jellyfish sympatric to c. capillata in the white sea. Polar Biology, pages 1–13, 2015, link
 

Проекты:

  1. Проект "Определение клеточного состава опухоли" на хакатоне biohack, 2019