Екатерина Н.
Ведущий биоинформатик, клиническая онкология NGSПоследнее обновление резюме | 26.03.2022 |
Адрес | Москва, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
Ведущий биоинформатик
Руководство разработкой новых и оптимизация существующих NGS тестов (WES, RNASeq, ctDNA). Разработка и оптимизация биоинформатических тулов и пайплайнов. Автоматизация процесса анализа данных. Разработка лабораторной системы трекинга данных. Руководство проектами с составными командами из разработчиков, биоинформатиков и лабораторного персонала.
2018-2020 Тим лид группы транскриптомного анализа
Руководство группой из 6 человек. За время работы сделан с нуля RNA-seq QC пайплайн, разработан новый алгоритм деконволюции клеточного состава.
Разработан метод анализа алтернативного сплайсинга в опухоли. Проекты в области single cell секвенирования.
2016-2018 Аналитик - биоинформатик
Анализ NGS данных, создание QC пайплайна для RNA-seq данных, SNP коллинг и аннотация.
Статистический анализ больших данных; исследование микроокружения опухоли: идентификация состава опухолевых клеток из данных экспрессии;
бенчмаркинг программного обеспечения для биоинформатики
Биоинформатик
Студент-исследователь
Identification of the COX-1 kinetic inhibition mechanism by "slow" inhibitors in the case of indomethacin, зав.лаб. д.х.н., проф. Вржещ Петр Владимирович, лаборатория кинетики ферментативных реакций МГУ имени М.В.Ломоносова
Образование
МГУ им. М.В. Ломоносова
В чем вы сильны?
Опыт работы в биоинформатике - 6 лет. Глубокое понимание анализа данных NGS. Знание основных тенденции в биоинформатике и ключевых специалистов области.
Прямое руководство командой из 13 биоинформатиков. Руководство проектами со смешанными командами из биоинформатиков, лабораторного персонала и разработчиков.
Профессиональные навыки:
- Работа с биоинформатическими тулами для анализа WES, RNASeq, ctDNA, snRNASeq, scRNASeq данных (фокус на клинических данных пациентов)
- Python, bash, R, C
- Docker, cwl, k8s
- Workflow management: airflow, luigi, prefect
- Имею опыт работы на кластере (slurm) и с сервисами облачных вычислений (AWS)
- Глубокое понимания лабораторного процесса пробоподготовки образцов для использования в клинической онкологии, процесса валидации клинических тестов
- Знание регуляций по генетическим тестам в США
- английский язык - Advanced; немецкий - средний уровень
Проекты:
Успешная сертификация на Американском рынке (LDT, CLIA, CAP) генетического теста BostonGene. В процессе сертификация NY с самыми строгими правилами по валидация медицинских тестов.
Разработка новых NGS тестов и оптимизация существующих.
Разработка биоинформатичеких пайплайнов анализа генетических данных.
Разработка системы автоматического анализа данных, лабораторной системы хранения данных.
Область интересов:
Медицинская генетика, эволюционная и популяционная генетика, онкология, биотехнология, биоинформационные технологии
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Дополнительное образование:
Участник:
- Школа молекулярной и теоретической биологии, Пущино, 2012
- Cеминар по системной биологии (SBW), организованный Институтом биоинформатики и Университетом ИТМО с участием приглашенных лекторов из Washington University in St. Louis и Harvard University, 2017
Лектор/преподаватель/сотрудник:
- Вела спецкурс "Основы биоинформатики и системной биологии рака" для студентов 3 курса Факультета биологической и медицинской физики, МФТИ, 2017-по 2019
- Вела дипломные работы студентов специалитета, магистратуры и аспирантов в МГУ и в МФТИ, 2019 по настоящее время
- Работала репетитором по олимпиадной математике, 2012-2016
Публикации:
- Analytical and clinical validation of the BostonGene tumor portrait assay, Meeting Abstract | 2021 ASCO Annual Meeting I, link
- Integration and Iteration: Using Advanced, High-Content Imaging and Single-Cell Gene Expression Analysis to Uncover Unique Aspects of Follicular Lymphoma Biology, Blood 136(Supplement 1):9-10, 2021, link
- Integrated single-cell spatial multi-omics of intratumor heterogeneity in renal cell carcinoma, Journal of Clinical Oncology, 2020, link
- Non-small cell lung cancer: Analysis using mass cytometry and next-generation sequencing reveals new opportunities for the development of personalized therapies, Journal of Clinical Oncology, 2020, link
- Novel machine learning based deconvolution algorithm results in accurate description of tumor microenvironment from bulk RNAseq, AACR Annual Meeting, 2020, link
- A new species of cyanea jellyfish sympatric to c. capillata in the white sea. Polar Biology, pages 1–13, 2015, link
Проекты:
- Проект "Определение клеточного состава опухоли" на хакатоне biohack, 2019