Лидия Б.

инженер, исследователь, программист

Ищу деятельность и работу в области анализа данных, визуализации данных, биоинформатики, парсинга информации, разработки программного обеспечения в  химической, биохимической, биотехнологической, фармацевтической компании на полный день

Обучалась в магистратуре по Прикладной математике и информатике по программе Математические методы моделирования и компьютерные технологии в МИЭМ НИУ ВШЭ. Ранее получила степень бакалавра по химии и химической технологии (СГУ им. Чернышевского). 

Последнее обновление резюме 31.03.2019
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

ООО Биотех-Индустрия
Младший научный сотрудник
Сен 2018 - Дек 2018
Анализ сетевого трафика и автоматизация работы оборудования
Wireshark, C++, Boost.Asio, Python 3, консоль Linux, xml, ssh, Git
Применяемые навыки и обязанности:
1. работа со средствами перехвата и анализа сетевого трафика в программном комплексе Wireshark,
2. бэкенд на С++: протоколы команд на SCPI и управляющей последовательности IEEE-488,
3. разработка программного модуля для масс-спектрофотометрического детектирования для систем вида Flow Chemistry (химия-в-потоке),
4. Linux + удалённое управление при помощи ssh,
5. скрипты на языке Python,
6. Git
Испытательный центр ООО «ОЛФАРМ»
Инженер-химик
Июн 2018 - Сен 2018
"Мокрая" химия и лабораторный анализ
Методы: рутинный анализ, спектрофотометрия, титриметрический метод, атомно-эмиссионная пламенная спектрометрия, электрофоретический метод (варианты: вертикальный, горизонтальный и капиллярный электрофорез), газовая хроматография, ВЭЖХ, криоскопический, поляриметрический, рефрактометрический методы, определение распадаемости таблеток и суспензий

Рабочие обязанности: оформление протоколов испытаний (в т.ч. протоколов несоответствия), рабочих журналов, работа с нормативными документами заказчика и отслеживание актуальности, ведение внутрилабораторных документов.

Экспертиза медицинских асептических и лекарственных средств, белковых препаратов, ВО, ВДИ согласно Государственной Фармакопеи РФ XIII и Американской (USP 38, 40) и Европейской Фармакопеи (Eu. Ph. 8.0)
МИЭМ НИУ ВШЭ
Лаборант-исследователь
Окт 2016 - Июн 2018
Лабораторная и учебная деятельность, анализ данных и поиск
Python 3, Cytoscape, NumPy, Pandas, Matplotlib, Jupyter Notebook, Matlab, LaTeX, C++, mutex и threads, Posix Threads, OpenMP, MPI, Gromacs
Применяемые навыки и обязанности:
1. работа со случайными сетями, получение топологических и спектральных свойств сетей, построение распределений для сетей заданного масштаба, а также ансамбля сетей,
2. работа с теорией сверхтекучести, моделирование двумерных случаев сверхтекучести в различных ансамблях,
3. численные вычисления на кластерах МИЭМ НИУ ВШЭ для решения задач молекулярного моделирования и Монте Карло,
4. сравнение биологических (белковых) последовательностей - работа с базами данных (в основном с PDB), учет структурных особенностей, вставок, выравнивание последовательностей
Санкт-Петербургский государственный университет, РЦ Магнитно-резонансные методы исследования
Лаборант-исследователь
Сен 2015 - Янв 2016
Исследовательская деятельность
Знакомство с методом ядерного магнитного резонанса и работа на ЯМР-спектрометре (жидкостная спектроскопия ЯМР) частотах 300, 400 МГц
Применяемые навыки и обязанности:
1. освоение основных техник метода ЯМР-спектроскопии: 1H, 13C, 13C DEPT, NOESY, 13С INADEQUATE, DOSY для регистрации спектров;
2. выполнение заявок Ресурсного Центра по накоплению пользовательских спектров по указанным методикам, обработка FID;
3. получение навыков пользования специализированным софтом (MestReNova, Bruker TopSpin) для расшифровки, чтения и обработки спектров ЯМР
Саратовский государственный медицинский университет
Лаборант-исследователь
Сен 2012 - Апр 2013
"Мокрая" биология и химия
Растительные компоненты, экстракция, противораковые исследования
Применяемые навыки и обязанности:
1. экстракция соединений из растительного сырья Саратовской области, апробация методик;
2. проведение предклинических испытаний с лабораторными животными: введение органических добавок в места, содержащие опухоли, и наблюдение за изменением тканей;
3. анализ экспериментальных данных
Саратовский государственный университет им. Н.Г. Чернышевского
Лаборант-исследователь
Фев 2012 - Июн 2015
Исследовательская и лабораторная деятельность
Расчёты на ПК в специализированном софте для квантовой химии
Квантовохимическое моделирование структур органических соединений (антиоксидантов) в программном комплексе Gaussian/GaussView, интерпретация и анализ результатов моделирования

"Мокрая" биология и химия, получение биологическим методом коллоидного состояния селена Se, выделение и очистка элементного селена
Применяемые навыки и обязанности:
1. работа с грибными культурами высших грибов: внесение добавок, содержащих органические соединения селена в питательную среду грибных культур;
2. экстракция из питательных сред, получение рабочих растворов из экстрактов - порошка селена, преобразованного из органических соединений мицелием грибов;
3. проведение спектрофотометрических исследований по подобранным методикам: ААС, флуоресцентная спектроскопия;
4. ВЭЖХ и ЯМР-спектроскопия: снятие хромато- и спектрограмм, анализ данных для оценки скорости и полноты протекания реакции;
5. использование спектроскопии комбинационного рассеяния для характеристики размера полученных коллоидных частиц

Образование

Национальный исследовательский университет "Высшая школа экономики"
Лаборант-исследователь
Сен 2016 - Июн 2018
Лабораторная и учебная деятельность, анализ данных и поиск
Python 3, Cytoscape, NumPy, Pandas, Matplotlib, Jupyter Notebook, Matlab, LaTeX, C++, mutex и threads, Posix Threads, OpenMP, MPI, Gromacs
Применяемые навыки и обязанности:
1. работа со случайными сетями, получение топологических и спектральных свойств сетей, построение распределений для сетей заданного масштаба, а также ансамбля сетей,
2. работа с теорией сверхтекучести, моделирование двумерных случаев сверхтекучести в различных ансамблях,
3. численные вычисления на кластерах МИЭМ НИУ ВШЭ для решения задач молекулярного моделирования и Монте Карло,
4. сравнение биологических (белковых) последовательностей - работа с базами данных (в основном с PDB), учет структурных особенностей, вставок, выравнивание последовательностей
Санкт-Петербургский государственный университет
Лаборант-исследователь, стажер
Авг 2015 - Янв 2016
РЦ Магнитно-резонансные методы исследования
Санкт-Петербург, cmr.spbu.ru/

Знакомство с методом ядерного магнитного резонанса и работа на ЯМР-спектрометре (жидкостная спектроскопия ЯМР) частотах 300, 400 МГц
Применяемые навыки и обязанности:
1. освоение основных техник метода ЯМР-спектроскопии: 1H, 13C, 13C DEPT, NOESY, 13С INADEQUATE, DOSY для регистрации спектров;
2. выполнение заявок Ресурсного Центра по накоплению пользовательских спектров по указанным методикам, обработка FID;
3. получение навыков пользования специализированным софтом (MestReNova, Bruker TopSpin) для расшифровки, чтения и обработки спектров ЯМР
Саратовский государственный университет им. Н.Г. Чернышевского
Лаборант-исследователь
Сен 2011 - Июн 2015
Исследовательская и лабораторная деятельность
Расчёты на ПК в специализированном софте для квантовой химии
Квантовохимическое моделирование структур органических соединений (антиоксидантов) в программном комплексе Gaussian/GaussView, интерпретация и анализ результатов моделирования

"Мокрая" биология и химия, получение биологическим методом коллоидного состояния селена Se, выделение и очистка элементного селена
Применяемые навыки и обязанности:
1. работа с грибными культурами высших грибов: внесение добавок, содержащих органические соединения селена в питательную среду грибных культур;
2. экстракция из питательных сред, получение рабочих растворов из экстрактов - порошка селена, преобразованного из органических соединений мицелием грибов;
3. проведение спектрофотометрических исследований по подобранным методикам: ААС, флуоресцентная спектроскопия;
4. ВЭЖХ и ЯМР-спектроскопия: снятие хромато- и спектрограмм, анализ данных для оценки скорости и полноты протекания реакции;
5. использование спектроскопии комбинационного рассеяния для характеристики размера полученных коллоидных частиц

В чем вы сильны?

Научные интересы: биотехнология, хранение информации в биологических молекулах, ДНК-технологии, методы анализа структуры, поиск соответствия структура-свойство. Умею сочетать работу на компьютере с лабораторной деятельностью, но ныне ищу более задачи в области программирования и биоинформатики.

Программирование (C++, Python для решения задач молекулярного моделирования, обработки и представления данных): анализ, построение и программирование задач и запросов, визуализация информации при помощи средств Python - NumPy, Pandas, Matplotlib, др.

Квантовохимическое и молекулярное моделирование: постановка задачи, поиск релевантных статей, выделение структур, пригодных для анализа, использование специализированного софта (Gaussian ver 03 и 09, Gromacs) и написание собственного кода

Химия: методы ВЭЖХ, аффинной, ионнообменной хроматографий, ТСХ, спектрофотометрия, флуориметрия, электрофоретический метод в варианте вертикального, горизонтального и капиллярного фореза, газовая хроматография с МС-детектированием, титриметрический, поляриметрический метод анализа

Физика: ЯМР-хроматография и умение пользоваться специализированным софтом (MestReNova, Bruker TopSpin) для расшифровки, чтения и обработки спектров ЯМР

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Здесь представлены те публикации, что были выполнены в ходе бакалаврской деятельности:

Квантово-химическое обоснование природы интермедиата и региоселективности гомолитического окислительного сочетания L-цистеина / Панкратов А. Н., Цивилева О. М., Цымбал О. А., Белова Л. А. // Изв. Сарат. гос. ун-та. сер. Химия. Биол. Экол.— 2015 т. 15 № 1.— С. 14-23 Библ.: 64. .— русский; рез. английский

Направление окислительной димеризации L-цистеина / Панкратов А. Н., Цивилева О. М., Цымбал О. А., Белова Л. А. // На стыке наук. Физико-химическая серия: 3 Международная научная Интернет-конференция, Казань, 29 янв., 2015: Материалы конференции. Т. 2.— 2015.— С. 24-32.— русский

Реакция окисления L-цистеина до L-цистина с точки зрения квантовой химии / Цымбал О. А., Белова Л. А., Панкратов А. Н., Цивилева О. М. // Современные проблемы теоретической и экспериментальной химии: Межвузовский сборник научных трудов 10 Всероссийской конференции молодых ученых с международным участием, Саратов, сент., 2015.— 2015.— С. 115-120 Библ.: 22. .— русский

2014

Селенизированный мицелий высших грибов-материал для биомедицины / Цивилева О. М., Панкратов А. Н., Цымбал О. А., Маркин А. В., Белова Л. А. // Методы компьютерной диагностики в биологии и медицине - 2014: Материалы Всероссийской научной школы-семинара, посвященной 105-летию Саратовского государственного университета им. Н.Г. Чернышевского, Саратов, 2014.— 2014.— С. 202-204.— русский

2013

Метод ЯМР 1H в исследовании реакции 1,5-дифенил-3-селенпентандиона-1,5 с L-цистеином / Панкратов А. Н., Аниськов А. А., Цивилева О. М., Цымбал О. А., Белова Л. А. // Спектрометрические методы анализа: Всероссийская научная Интернет-конференция с международным участием, Казань, 26 сент., 2013: Материалы конференции.— 2013.— С. 80-83.— русский

Реакция 1,5-дифенил-3-селенпентандиона-1,5 с L-цистеином / Цымбал О. А., Белова Л. А., Аниськов А. А., Юрасов Н. А., Былинкина Н. Н., Панкратов А. Н., Цивилева О. М. // Современные проблемы теоретической и экспериментальной химии: 9 Всероссийская конференция молодых ученых, Саратов, сент., 2013: Межвузовский сборник научных трудов.— 2013.— С. 214-218.— русский

Региоселективность окислительного гидроксилирования четырех фенольных соединений и их нефенольного аналога / Цымбал О. А., Белова Л. А., Дойкова Д. О., Панкратов А. Н., Цивилева О. М. // Современные проблемы теоретической и экспериментальной химии: 9 Всероссийская конференция молодых ученых, Саратов, сент., 2013: Межвузовский сборник научных трудов.— 2013.— С. 208-213 Библ.: 12. .— русский