Sergei K.
опытный геномный/транскриптомный биоинформатикУдаленная работа биоинформатиком в геномике или транскриптомике животных.
Последнее обновление резюме | 16.07.2018 |
Адрес | Санкт-Петербург, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Опыт
биоинформатик
инженер-исследователь
лаборант-исследователь
Образование
магистратура на биологическом факультете
биоинформатика для биологов
бакалавриат на биологическом факультете
В чем вы сильны?
Большой опыт по реализации геномных проектов (в биоинформатической части) на всех этапах анализа:
1)планирования схемы секвенирования генома и транскриптома
2)контроля качества полученных данных
3) сборки больших геномов(в основном животные, но есть и опыт работы с растительными геномами), как de novo так и reference-assisted. SNPCall
4)аннотации генома( белок-кодирующие гены, некодирующие РНК повторы и прочее)
5)эволюционного и филогенетического анализа(построение деревьев, поиск сигналов положительного отбора, анализ генных семейств и тд)
И тд
Опыт в транскриптомике:
1) Сборка и аннотация транскриптомов de novo, как с использованием генома , так и без него
2)Анализ дифференциальной экспрессии.
Другие навыки:
1)Программирование на Python, C, bash.
2)Питоновские библиотеки: numpy, scipy, pandas, ete2 , Biopython, BCBio и другие.
3)Есть опыт работы с огромным количеством биоинформатических тулов(все основные пайплайны в геномике и немало в транскриптомике) и опыт написания своих
4)большой опыт конструирования пайплайнов
5)опыт работы в мокрой лабе, достаточный для понимания нюансов и проблем подобной работы
6) разговорный английский
7) само собой Linux/Unix
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
На данный момент есть 14 публикаций по геномике и транскриптомике( профиль на Google Scholar https://scholar.google.ru/citations?hl=ru&user=Ri-YMYgAAAAJ ).
Профиль на гитхабе: https://github.com/mahajrod