Sergei K.

опытный геномный/транскриптомный биоинформатик

Удаленная работа биоинформатиком в геномике или транскриптомике животных.

Последнее обновление резюме 16.07.2018
Адрес Санкт-Петербург, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано

Опыт

Центр геномной биоинформатики имени Добржанского, СПбГУ
биоинформатик
Янв 2015 - Текущий
в основном различные геномные проекты по животным: сборка и аннотация геномов, эволюционный и филогенетический анализ. Немного транскриптомики и популяционного анализа.
СПбГУ, кафедра генетики
инженер-исследователь
Сен 2014 - Июл 2016
мокрая лаба + биоинформатика
СПбГУ, кафедра генетики
лаборант-исследователь
Ноя 2010 - Июл 2014
мокрая лаба + биоинформатика

Образование

СПбГУ
магистратура на биологическом факультете
Сен 2014 - Июл 2016
Специализация: молекулярная генетика
Институт биоинформатики
биоинформатика для биологов
Сен 2013 - Сен 2014
СПбГУ
бакалавриат на биологическом факультете
Сен 2010 - Июл 2014
Специализация: генетика

В чем вы сильны?

Большой опыт по реализации  геномных проектов  (в биоинформатической части) на всех этапах анализа:

1)планирования схемы секвенирования генома и транскриптома

2)контроля качества полученных данных

3) сборки больших геномов(в основном животные, но есть и опыт работы с растительными геномами), как de novo так и reference-assisted. SNPCall

4)аннотации генома( белок-кодирующие гены, некодирующие РНК повторы и прочее)

5)эволюционного и филогенетического анализа(построение деревьев, поиск сигналов положительного отбора, анализ генных семейств и тд)

И тд

Опыт в транскриптомике:

1) Сборка и аннотация транскриптомов de novo, как с использованием генома , так и без него

2)Анализ дифференциальной экспрессии.

Другие навыки:

1)Программирование на Python, C, bash.

2)Питоновские библиотеки: numpy, scipy, pandas, ete2 , Biopython, BCBio и другие.

3)Есть опыт работы с огромным количеством биоинформатических тулов(все основные пайплайны в геномике и немало в транскриптомике) и опыт написания своих

4)большой опыт конструирования пайплайнов

5)опыт работы в мокрой лабе, достаточный для понимания нюансов и проблем подобной работы

6) разговорный английский

7) само собой Linux/Unix 

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

На данный момент есть 14 публикаций  по геномике и транскриптомике( профиль на Google Scholar https://scholar.google.ru/citations?hl=ru&user=Ri-YMYgAAAAJ ).

Профиль на гитхабе: https://github.com/mahajrod