Развернутое резюме https://yadi.sk/i/qeiRF3ZyrplFXw

Компьютерные навыки:

• Более 10 лет Linux в качестве настольной системы: начинал со Slackware, потом немного rolling-release ArchLinux, остановился на Debian — просто и стабильно.
• Более 10 лет Java в качестве основного языка.
  
  Разрабатывал графические и многопоточные программы:

• Понимаю отличие реализации Runnable от наследования Thread, блока sychronized от ReentrantLock.lock;
• Знаю несколько приемов, чтобы избегать взаимных блокировок;
  Реализовывал интерфейсы Callable, Future, использовал FutureTask;
• Использовал пул потоков (Executors);
• Применял неблокирующую многопоточность (volatile-переменные, AtomicInteger);
• Осознаю связь между многопоточностью и реализацией пользовательского интерфейса (главный поток/поток событий);
• Писал обработчики событий пользовательского интерфейса (Listener’ы и Adapter’ы).

  В своих проектах использовал библиотеки:

• BioJava (биоинформатика),
• XPath, JSON-Java (парсинг данных),
• JGraph/JGraphT (алгоритмы на графах),
• Jaybird/Sqlite-jdbc (базы данных/SQL),
• Neuroph, JavaML (машинное обучение, нейросети),
• Библиотеки семейства Apache Commons (cli, io, lang),
• Jama, JavaMI, Apache Common-Math (математика, статистика),
• JFreeChart, Xerces (визуализация данных),
• Системы сборки Maven и Ant.

  С помощью Neuroph реализовал систему поддержки принятия решений для медиков-акушеров; будучи обученной, система с точностью 85% предсказывала по профилю полиморфизмов матери наиболее вероятные осложнения при родах.

  Разработал графическую программу для построения и анализа точечных матриц гомологий, с помощью которой обрабатывал геномные данные.

• Остальные ЯП:

• bash + grep, sed, awk, parallel и другие инструменты — основные средства для автоматизации и написания конвейеров;
• R, BioConductor — быстрое прототипирование статистических расчетов, парсинг и визуализация данных;
• Python, BioPython — научные расчеты;
• C/C++/Asm — системное низкоуровневое программирование, реализация критически важных по скорости и коротких подпрограмм;
• SQL — СУБД Firebird, SQLite;
• Мат. пакеты MATLAB, Maple, GNU/Octave, Mathematica (научные расчеты);
• Pascal, Perl, PHP, JavaScript.

• Сертификаты с отличием (решил 100/100) онлайн-курсов на Stepic:

• «Введение в Linux» https://stepik.org/cert/4209
• «Программирование на Python» https://stepik.org/cert/2485
• «Основы программирования на R» https://stepik.org/cert/141638
• «Анализ данных в R» https://stepik.org/cert/142547
• «Молекулярная биология и генетика» https://stepik.org/cert/3286
• «Математическая статистика» https://stepik.org/cert/150337

• Статистические анализаторы кода (линтеры):
  Java (FindBugs);
  bash (shellcheck);
  C/C++ (cppcheck).
• Комментирование кода, написание и генерация документации (javadoc).
• Система контроля версий Git (использовал также при написании научных статей и текста диссера).
• Сетевые технологии: модель OSI, протоколы, маршрутизация, межсетевой экран Linux, балансировка и приоритезация трафика, туннели и VPN.
• Система компьютерной верстки LATEXв связке с bibTEX, PGF и TkiZ. Выпускную работу в магистратуре биофака и кандидатскую диссертацию верстал именно в LATEX, пакет disser, библиография в bibTEX, иллюстрации и графики делал с использованием TkiZ. Научные статьи тоже верстаю в LATEX.
• Компьютерное железо: сборка, замена комплектующих, диагностика неисправностей, несложный ремонт (перепайка конденсаторов, замена BIOS).

Биоинформатика:

• Базы данных NCBI/EMBL: поиск и чтение научных статей (PubMed), геномные данные (Gene, Genomes, dbSNP, dbVar и т.п.); EPD, JASPAR, ORegAnno, LNCipedia, miRBase, Pseudogene, dbSUPER, DENdb, VISTA, ENCODE, CONDOR. Реализовал ряд автоматизированных средств для извлечения информации из этих бд.
• Геномные браузеры: UCSC, UGENE, Argo, JBrowse, BugView.
  Программы для выравнивания и поиска гомологий: семейство BLAST, пакет MEME Suite (glam2, glam2scan), Miranda (поиск микроРНК), RepeatMasker (повторы), snpEff (аннотация генома),
• Точечные матрицы гомологий (дотплоты): dotolog (собственная разработка, возможность отображения/добавления аннотаций в интерактивном режиме), gepard (возможность строить полногеномные дотплоты),
• Пакет BioJava: парсинг GenBank/FASTA файлов, работа с элементами последовательности (Features) и локациями (Location). Дополнил библиотеку своими классами.
• Манипуляции с геномными данными: bedtools, bcf/vcftools.
• Статистика/GWAS: plink, EIGENSOFT Smartpca.

Теория вероятностей и мат. статистика:

• Умею поставить и формализовать задачу, интерпретировать результаты.
• Знаю классические критерии, для чего нужны и условия их применения.
• Ошибки 1-го и 2-го рода, что такое «значимо» и p-значение; умею рассчитывать чувствительность (когда значимого различия не обнаружено и требуется знать, с какой вероятностью действительные различия были бы обнаружены).
• Отличаю коэфф. корреляции Пирсона от Спирмена (и вообще, параметрические критерии от непараметрических).
• Умею обнаруживать и решать проблемы множественного сравнения: поправка Бонферрони, рассчет FDR.
• Реализовывал классификацию последовательностей (промотор–не промотор; нужно было по диссеру) с помощью скрытых марковских моделей.
• Связь между энтропией и информацией; применял метод направленной информации для построения генных регуляторных сетей на основе микрочиповых данных по изменению экспрессии.
• Строил наивный байесовский классификатор и сравнивал его эффективность с классификатором на основе нейросетей.

Владение языками:
Английский, свободно пишу и разговариваю.
По работе постоянно занимаюсь чтением и переводом англоязычных научных статей по тематике исследований. Полностью написал и подал в рецензируемые журналы 2 научных статьи по теме диссертации; одну из них уже приняли к публикации.
Техническую литературу (мануалы, документацию) предпочитаю читать в оригинале; фильмы и сериалы смотрю исключительно в оригинале.

Развернутое резюме https://yadi.sk/i/qeiRF3ZyrplFXw

Развернутое резюме https://yadi.sk/i/qeiRF3ZyrplFXw

Образовательная деятельность

• Организую и провожу междисциплинарные семинары по биоинформатике для студентов мехмата и биофака ЮФУ. Выступал с докладами на следующие темы:

1. Актуальные проблемы биоинформатики;
2. Теломерный контроль генов регуляции роста у млекопитающих;
3. Разбор задач Stepik Bioinformatics Contest 2017;
4. Почему животные растут до определенного размера: где и как эта информация записана в геноме?
5. Genome annotations: approaches to storage and processing;
6. Alu-элементы как предполагаемый источник сайтов микро-РНК в геноме человека;
7. Актуальные проблемы биоинформатики;
8. Инновационная генетика;
9. Аннотирование биопоследовательностей;
10. Введение в агентное моделирование;
11. Классификация биологических последовательностей с помощью скрытых марковских моделей;
12. Реконструкция эволюции профиля экспрессии генов на примере E. coli;
13. Построение и анализ точечной матрицы гомологии;
14. Автоматизированный поиск мотивов и аннотация последовательностей;
15. Язык R;
16. Подходы к моделированию динамики сетей экспрессии генов;
17. Применение метода направленной информации для построения генных регуляторных сетей;
18. Подходы к построению модели клеточной дифференцировки;
19. KEGG API;
20. Булевы сети;
21. Алгоритм Гиллеспи.

• Обучаясь в аспирантуре биофака, самостоятельно составил программу и вел курс «Биологические базы данных» у магистров 1-го года биофака ЮФУ.
• Готовил школьников по направлениям «Математика» и «Информатика» в государственном бюджетном учреждении дополнительного образования Ростовской области «Областной центр дополнительного образования детей» (https://ocdod.ru/).
• Регулярно принимаю участие в качестве эксперта-биолога на научных мероприятиях, организуемых Информационным центром по атомной энергии Ростова-на-Дону (http://rostov.myatom.ru/), проводил публичные научно-популярные лекции и участвовал в обсуждении научных новостей.

Естественные науки

Предпочитаю сложные и нестандартные задачи из разных областей знаний:

• Математика: фундаментальные дисциплины такие, как мат. анализ, дифф. ур-я и ур-я мат. физики, численный методы, линейная алгебра и геометрия, теория оптимизации, вариационное исчисление.
• Биология: сравнительная геномика, анализ биологических последовательностей, структурно-функци­ональная организация генома млекопитающих, транскрипция, эпигенетика.
• Со школы увлекаюсь решением олимпиадных задач по математике (вплоть до задач с международных олимпиад) — привлекают простые формулировки и красивые решения.
• 6-ое место в международных соревнованиях по биоинформатике «Stepik Bioinformatics Contest 2017». В 2018 прошел квалификацию, занял в финале 128-ое место, а в 2019 — 132-ое среди более чем 3000 участников со всего мира.
  Победитель «Хаброквеста-2018» от MAIL.RU GROUP (https://puzzle.mail.ru/).
• Представлял свой проект по обработке данных с экспрессионных микро-чипов на хакатоне по биоинформатике «GENEHACK-2015».

Избранные публикации

1. Predictive diagnostics of newborn pathologies based on Neuroph software framework / D. E. Romanov, T. P. Shkurat, A. V. Antonenko et al. // Annals Academy of Medicine Singapore. — Vol. 45. — 2016. —9. — P. 166.
2. Genome distance between growth-regulating genes and telomeres is correlated with morpho-physiological traits in mammals / D. E. Romanov, E. V. Butenko, G. B. Bakhtadze, T. P. Shkurat // Gene Reports. — 2019. — Vol. 14. — P. 124–128.
3. Романов Д. Е. Масса и размер тела млекопитающих скоррелированы с расстоянием между некоторыми элементами генома в окрестности генов регуляции роста // XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов 2018». — г. Москва, 2018. — 4.
4. Романов Д. Е., Шкурат Т. П. Закономерности в расположении на хромосоме генов, регулирующих массу и размер тела млекопитающих // Материалы научно-практической конференции с международным участием «Генетика — фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции». — г. Ростов-на-Дону : Издательство ЮФУ, 2017. — 11. — С. 104–105.
5. Романов Д. Е., Шкурат Т. П. Закономерности в организации генома в окрестностях генов, регулирующих массу и размер тела млекопитающих // Материалы научно-практической конференции с международным участием «Генетика — фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции». — г. Ростов-на-Дону : Издательство ЮФУ, 2017. — 11. — С. 102–103.
6. Романов Д. Е. MSCANNER — a genome-wide motif finding tool // Материалы 7-й Международной Школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» SBB-2015 / Под ред. А. В. Харкевич; Институт цитологии и генетики СО РАН. — г. Новосибирск : ФГУП «Издательство СО РАН», 2015. — С. 40.
7. Анализ последовательностей геномов с помощью точечной матрицы гомологий / Н. С. Пономарева, Д. Е. Романов, А. И. Бутенко и др. // Материалы V Междунар. науч.-практ. конф. «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины» / Под ред. Ю. А. Пехтеревой ; НИИ биологии ЮФУ. — г. Ростов-на-Дону : Издательство ЮФУ, 2013. — 10. — С. 38–39.
8. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ No2016663454. Dotolog: Программа для автоматизации визуального анализа дотплот-изображений нуклеотидных последовательностей ДНК / Д. Е. Романов, Т. П. Шкурат – Заявка No2016661011. Дата поступления 18 октября 2016 г. Зарегистрировано в Реестре программ для ЭВМ 07 декабря 2016 г.
9. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ No2016663454. Mscanner: Программа для автоматического поиска мотивов в последовательности ДНК / Д. Е. Романов, Н. С. Ксёнз – Заявка No2016661028. Дата поступления 18 октября 2016 г. Зарегистрировано в Реестре программ для ЭВМ 25 ноября 2016 г.

Увлечения/спорт

• Горные лыжи, Freeride. Учился сам, верхний любительский уровень. Предпочитаю технически сложные места с дропами и лесом (поэтому нелегко найти с кем катать).
• Горный туризм в формате speedrun. Интересны пусть и короткие, но наиболее технически сложные участки. Максимум ходил 1B.
• Горный велосипед, дисциплина кросскантри. Победитель областных соревнований. Пару раз ездил марафоны 200 км. Сейчас больше люблю катать на технику — это триал и стрит-триал.
• Нападающий любительской хоккейной команды.
• Контраварийное вождение автомобиля и мотоцикла. Самостоятельно регулярно отрабатываю элементы на полигоне.

Развернутое резюме https://yadi.sk/i/qeiRF3ZyrplFXw