По теме диссертации работаю в области молекулярной фитопатологии. Я разрабатывал цветовые тесты на основе петлевой изотермической амплификации (LAMP) для быстрой полевой диагностики бактериальных патогенов картофеля. Пытаюсь освоить технологию изготовления тест-полосок.

Нашёл новый вид фитопатогенов методами сравнительной геномики по полным геномам. Назвал его "Candidatus Pectobacterium maceratum". В настоящее время этот вид официально принят Международным комитетом по систематике бактерий и получил название Pectobacterium versatile. Данный вид бактерий является самым многочисленным по числу выделенных штаммов видом пектолитических фитопатогенов из рода Pectobacterium.

Сделал и запатентовал первый в мире набор праймеров для детекции бактерий рода Dickeya методом LAMP на основе видоспецифичных полиморфизмов.

Разработал, реализовал с коллегами и защитил в Роспатенте программу для поиска видоспецифичных мутаций и размещения их на концах праймеров. В настоящее время эта программа опубликована и в виде научной статьи в международном журнале первого квартиля.

По дипломной работе нашёл новый функциональный элемент структуры у противоопухолевых РНКаз — гидрофобный сегмент. Предсказал два биологических эффекта для него: димеризация белковых молекул и взаимодействие с липидным бислоем. Оба эффекта были подтверждены позднее экспериментально. Предложил принципиально новую модель цитозольной интернализации и механизма действия противоопухолевых РНКаз.

Опыт

• Подбор генов-мишеней и дизайн специфических праймеров и зондов для ПЦР и изотермической амплификации;
• Оформление заявок на патентование последовательностей праймеров и диагностических наборов;
• Оптимизация амплификации по стандарту MIQE;
• Молекулярное клонирование и создание плазмид со вставками до килобазы;
• Методы классической микробиологии;
• Создание и ведение электронного каталога микробиологической коллекции;
• Биохимическое типирование штаммов с помощью тестов API (bioMerieux);
• ДНК-электрофорез;
• Компьютерный кластерный анализ ДНК-фингерпринтов для оценки генотипов;
• Трансформация компетентных клеток;
• Сравнительная геномика для целей диагностики;
• Полногеномный анализ и поиск ортологов;
• Филогенетический анализ по гену 16S рРНК, MLSA, ортологам и полным геномам;
• Поиск уникальных генов;
• Поиск видоспецифичных полиморфизмов.

Навыки

• Опыт работы и организации научно-исследовательских проектов с 2012 года;
• Прошёл летние школы в Сколково: Smart Agro BRICS+, Патентная школа;
• Закончил стартап-школу (ГБУ Малый бизнес Москвы);
• Английский язык уровня Intermediate, свободно читаю, пишу тексты статей и говорю;
• Делаю презентации с учётом правил визуального восприятия, что имеет много общего с нейромаркетингом.

Публикации

1. Shirshikov F. V. et al., 2019. MorphoCatcher: a multiple-alignment based web tool for target selection and designing taxon-specific primers in the loop-mediated isothermal amplification method. PeerJ, V. 7, e6801.
2. Shirshikov F. V. et al., 2018. Draft genome sequences of new genomospecies "Candidatus Pectobacterium maceratum" strains, which cause soft rot in plants. Genome Announcements, V. 6, e00260–18.
3. Shirshikov F. V. et al., 2013. A hydrophobic segment of some cytotoxic ribonucleases. Medical Hypotheses. V. 81, 328–334.

Конференции

Неоднократно выступал с устными и постерными докладами на международных конференциях в России и Финляндии.

Патенты

• Ширшиков Ф. В. с соавт. Программа поиска специфичных нуклеотидных полиморфизмов в гомологичных участках генома при разработке праймеров для петлевой изотермической амплификации. Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2018616252.
• Мирошников К. А., Ширшиков Ф. В. Набор праймеров и способ определения бактерии вида Dickeya solani. Патент Российской Федерации № 2642313.

Полезные ссылки

• Список моих публикаций в NCBI PubMed;
• Мой профиль автора в Scopus.

Членство в научных обществах

1. Российское общество биохимиков и молекулярных биологов РАН, сертификат № 3201302221;
2. Федерация европейских биохимических обществ.

Стипендии

1. Специальная государственная стипендия Республики Татарстан (2014);
2. Специальная государственная стипендия Правительства Российской Федерации (2011–2012).

Хобби

• Научная популяризация, публицистика и журналистика;
• Графический дизайн и типографика;
• Разработка бизнес-моделей;
• Ручной переплёт книг и их реставрация;
• Веб-дизайн и вёрстка изданий.

Конкурсы

• Сформировал команду и занял второе место в АгроХакатоне в 2018 г., проводимом МИСиС и Сколтехом.