Фёдор Ш.

Микро- и молбиолог + биоинформатик

Здравствуйте!

Я молекулярный биолог, микробиолог и биоинформатик с опытом работы в биологических и сельскохозяйственных научных проектах. Ищу интересную работу в области современной молекулярной биологии:

  1. Диагностика на основе ПЦР (qPCR и ddPCR);
  2. Диагностика на основе изотермической амплификации (LAMP);
  3. Сравнительная геномика и эволюция;
  4. Молекулярная фитопатология.

В работе интересно использовать арсенал методов биоинформатики в дополнение к молекулярной биологии. Хотел бы заниматься научными исследованиями в институте или университете. Было бы здорово, если публикационная активность была одним из приоритетов деятельности в лаборатории.

Вы можете скачать моё резюме здесь.

Последнее обновление резюме 17.08.2019
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

ООО "Исследовательский Центр "ФитоИнженерия"
Младший научный сотрудник
Сен 2015 - Май 2018
Работал в группе ПЦР-диагностики частной компании агропарка Рогачёво. Разрабатывал диагностическую тест-систему для визуальной экспресс-детекции бактериальных патогенов картофеля. Успешно запатентовал разработку спустя год и являюсь одним из двух авторов патента на изобретение. Нашёл новый вид фитопатогенов.
Институт биоорганической химии РАН
Техник-лаборант
Окт 2014 - Апр 2019
Работаю в лаборатории молекулярной биоинженерии ИБХ РАН.

Образование

Институт биоорганической химии РАН
Лаборатория молекулярной биоинженерии
Ноя 2012 - Окт 2016
Закончил аспирантуру по молекулярной биологии. Готовлюсь к защите.
Казанский федеральный университет
Кафедра микробиологии
Сен 2007 - Май 2012
Учился в Институте фундаментальной медицины и биологии. Диплом с отличием.

В чем вы сильны?

По теме диссертации работаю в области молекулярной фитопатологии. Я разрабатывал цветовые тесты на основе петлевой изотермической амплификации (LAMP) для быстрой полевой диагностики бактериальных патогенов картофеля. Пытаюсь освоить технологию изготовления тест-полосок.

Нашёл новый вид фитопатогенов методами сравнительной геномики по полным геномам. Назвал его "Candidatus Pectobacterium maceratum". В настоящее время этот вид официально принят Международным комитетом по систематике бактерий и получил название Pectobacterium versatile. Данный вид бактерий является самым многочисленным по числу выделенных штаммов видом пектолитических фитопатогенов из рода Pectobacterium.

Сделал и запатентовал первый в мире набор праймеров для детекции бактерий рода Dickeya методом LAMP на основе видоспецифичных полиморфизмов.

Разработал, реализовал с коллегами и защитил в Роспатенте программу для поиска видоспецифичных мутаций и размещения их на концах праймеров. В настоящее время эта программа опубликована и в виде научной статьи в международном журнале первого квартиля.

По дипломной работе нашёл новый функциональный элемент структуры у противоопухолевых РНКаз — гидрофобный сегмент. Предсказал два биологических эффекта для него: димеризация белковых молекул и взаимодействие с липидным бислоем. Оба эффекта были подтверждены позднее экспериментально. Предложил принципиально новую модель цитозольной интернализации и механизма действия противоопухолевых РНКаз.

Опыт

  • Подбор генов-мишеней и дизайн специфических праймеров и зондов для ПЦР и изотермической амплификации;
  • Оформление заявок на патентование последовательностей праймеров и диагностических наборов;
  • Оптимизация амплификации по стандарту MIQE;
  • Молекулярное клонирование и создание плазмид со вставками до килобазы;
  • Методы классической микробиологии;
  • Создание и ведение электронного каталога микробиологической коллекции;
  • Биохимическое типирование штаммов с помощью тестов API (bioMerieux);
  • ДНК-электрофорез;
  • Компьютерный кластерный анализ ДНК-фингерпринтов для оценки генотипов;
  • Трансформация компетентных клеток;
  • Сравнительная геномика для целей диагностики;
  • Полногеномный анализ и поиск ортологов;
  • Филогенетический анализ по гену 16S рРНК, MLSA, ортологам и полным геномам;
  • Поиск уникальных генов;
  • Поиск видоспецифичных полиморфизмов.

Навыки

  • Опыт работы и организации научно-исследовательских проектов с 2012 года;
  • Прошёл летние школы в Сколково: Smart Agro BRICS+, Патентная школа;
  • Закончил стартап-школу (ГБУ Малый бизнес Москвы);
  • Английский язык уровня Intermediate, свободно читаю, пишу тексты статей и говорю;
  • Делаю презентации с учётом правил визуального восприятия, что имеет много общего с нейромаркетингом.

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Публикации

  1. Shirshikov F. V. et al., 2019. MorphoCatcher: a multiple-alignment based web tool for target selection and designing taxon-specific primers in the loop-mediated isothermal amplification method. PeerJ, V. 7, e6801.
  2. Shirshikov F. V. et al., 2018. Draft genome sequences of new genomospecies "Candidatus Pectobacterium maceratum" strains, which cause soft rot in plants. Genome Announcements, V. 6, e00260–18.
  3. Shirshikov F. V. et al., 2013. A hydrophobic segment of some cytotoxic ribonucleases. Medical Hypotheses. V. 81, 328–334.

Конференции

Неоднократно выступал с устными и постерными докладами на международных конференциях в России и Финляндии.

Патенты

  • Ширшиков Ф. В. с соавт. Программа поиска специфичных нуклеотидных полиморфизмов в гомологичных участках генома при разработке праймеров для петлевой изотермической амплификации. Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2018616252.
  • Мирошников К. А., Ширшиков Ф. В. Набор праймеров и способ определения бактерии вида Dickeya solani. Патент Российской Федерации № 2642313.

Полезные ссылки

  • Список моих публикаций в NCBI PubMed;
  • Мой профиль автора в Scopus.

Членство в научных обществах

  1. Российское общество биохимиков и молекулярных биологов РАН, сертификат № 3201302221;
  2. Федерация европейских биохимических обществ.

Стипендии

  1. Специальная государственная стипендия Республики Татарстан (2014);
  2. Специальная государственная стипендия Правительства Российской Федерации (2011–2012).

Хобби

  • Научная популяризация, публицистика и журналистика;
  • Графический дизайн и типографика;
  • Разработка бизнес-моделей;
  • Ручной переплёт книг и их реставрация;
  • Веб-дизайн и вёрстка изданий.

Конкурсы

  • Сформировал команду и занял второе место в АгроХакатоне в 2018 г., проводимом МИСиС и Сколтехом.