Elizaveta T.
Биоинформатик, ФизикРаботу на полный день в Санкт-Петербурге или Москве
Последнее обновление резюме | 08.08.2023 |
Адрес | Санкт-Петербург, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Телефон | Заблокировано |
Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
Старший инженер
Обязанности: поиск последовательностей в базах данных NCBI, BLAST, обработка данных NGS (BWA, Bowtie2, SPAdes, Trinity, QUAST, BLASTn, Trimmomatic, FastQC, CD-HIT, MAFFT, IGV). Написание пайплайна обработки данных секвенирования.
Laboratory assistant researcher
Обязанности: приготовление растворов, постановка форезов, получение
спектров люминисценции.
Образование
Биофизик
Математическая биология и биоинформатика
Биофизик
Биофизик
В чем вы сильны?
С осени 2016 года занималась научными исследованиями в лабораториях СПбГУ, в рамках гранта РФФИ №18-08-01500 “Механизмы самосборки надмолекулярных структур на основе архитектурных белков хроматина” 2017-2020.
Из лабораторных методов более всего освоила ИК-спектроскопию (в том числе и НПВО), также электрофорез в ПААГ, УФ-спектроскопию. В процессе учебы также получила практические навыки по атомно-силовой микроскопии, ЯМР, рентгеноструктурному анализу.
На теоритических занятиях разбирала принцип работы таких методов исследования, как масс-спектрометрия, седиментация, двойное лучепреломление, малоугловое рассеяние. В период обучения работала в таких программах как MATLAB, Labview, Rstudio.
В 2020 году проходила стажировку в зарубежном университете (KAUST). Работала с клеточными культурами, получила навыки в наработке и очистке белка (афинная хромотография, гель-фильтрация, ПЦР). Также получала и обрабатывала данные по FRET спектроскопии. За это время сильно подтянула английский, в том числе и профессиональные термины.
С 2021 года занимаюсь биоинформатикой. Тема диссертации - пайплайн для обработки данных NGS дуплицированных геномов и построение филогенетических отношений (RaxML, MrBayes). Также в процессе обучения получила навыки по структурной биофнформатике: GROMACS, ESPResSO, rosetta, FoldX, AutoDock Vina (также есть некоторые навыки по докингу). Визуализировала в VMD, PyMol. Делала проекты по хемоинформатике (rdkit, pytorch, ORCA).Работала с пакетами python, такими как: rdkit, modeller, nglview, mdtraj biopython, pysam.
Проходила курсы по работе с реляционными базами данных (SQL), есть начальные навыки по работе с С++ и Java. Для второй магистрской диссертации писала скрипты на python и bash, а также slurm. Немного оринетируюсь в машинном обучении (SciPy, TensorFlow, PyTorch, Scikit-learn, Seaborn, Pandas). Умею работать с Git.
Публикации и конференции
Участвовала во многих студенческих конференциях и школах, есть несколько научных публикаций.
Профиль автора в РИНЦ: 1152524
Профиль автора в SCOPUS: 57213147838
Дополнительные сведения
Во время учебы была членом студенческого совета, представляла интересы студентов в учебно-методической комиссии факультета. Участовала в организации множества мероприятий в университете и на факультете (мероприятия на ~1000 человек), и как волонтер и как главный организатор. Получила опыт публичных выступлений. Коммуникабельна, умею быстро улаживать конфликты и координировать работу команды.
Уровень английского B2.
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Участвовала во многих студенческих конференциях и школах, есть несколько научных публикаций.
Профиль автора в РИНЦ: 1152524
Профиль автора в SCOPUS: 57213147838 (4 публикации)
Также была в научных группах по следующим грантам:
РФФИ (18-08-01500) Механизмы самосборки надмолекулярных структур на основе архитектурных белков хроматина 2017-2020
РНФ (16-13 -10090-П) Люминесцирующие нанокластеры металлов в нуклеопротеиновых матрицах. 2019