С 2018 года формирую и руковожу группой биоинформатики и системного анализа в ФГБУ «ЦСП» Минздрава России.

В 2015-2018 гг. развивал несколько направлений в компании "БОСТОНДЖИН", в первую очередь выстраивал и налаживал биоинформатические пайплайны для массовой обработки NGS данных пациентов.

Закончил факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ имени М.В.Ломоносова в 2011 году. Прошёл обучение на курсах: 
- Quintiles, курс «CRA University (including ICH GCP)» (2015)
- МГМСУ им. А.И.Евдокимова, курс «Мониторинг клинических исследований» (2015)

В 2010-2016 гг. работал в Международном учебно-научном биотехнологическом центре МГУ имени М.В.Ломоносова, где курировал курсовые работы студентов, развивал направление биоинформатики и выполнял множество организационных и технических задач.

Профессиональные навыки:

• Владение систематизированными знаниями в области биоинформатики, а также современными биоинформатическими методами и соответствующим инструментарием:

• • анализа NGS данных геномов, экзомов и транскриптомов (STAR, BWA, Picard, GATK, FastQC, MultiQC, VarScan, samtools, bcftools, VCFtools, pVAC-Seq (pVACtools), POLYSOLVER, seq2HLA, VEP, ANNOVAR, netMHC, Strelka2, HaplotypeCaller, hap.py);
  • анализа NGS данных 16S рРНК (QIIME);
  • поиска фьюженов (deFuse, Integrate, ChimeraScan, SOAP-Fuse);
  • моделирование молекулярной динамики (NAMD, gromacs)
  • докинг (AutoDock, AutoDock Vina, SOL, LeadFinder)
  • анализ трехмерных структур белков (PyMOL, RasMol, JMol)
  • выравнивание последовательностей (BLAST, FASTA, GeneDoc, needle, water, …)
  • работа с базами данных (PDB, Pubmed, Kegg, Uniprot, ChemSpider, DrugBank, Pfam, …)

• Понимание концепций ООП.
• Владение различными языками программирования: Bash, Perl, Python, VBS, CMD, VBA; начальное знание Java, Pascal, Delphi, C, C++.
• Владение PHP, HTML + CSS, JavaScript + jQuery. Знание Bootstrap.
• Умение работать с реляционными и графовыми базами данных; языки запросов SQL и SPARQL.
• Умение работать в UNIX-подобных системах, компилировать и устанавливать программы.
• Знание устройства и функционирования ПК.
• Знание концепции «Semantic Web», RDF, RDFS, OWL.
• Базовое знание пакетом математического моделирования MATLAB и языка R.
• Умение работать с Atlassian JIRA, WIKI.
• Умение работать с системой контроля версий Git.
• Знание медико-биологических проблем в области онкологии.
• Владение английским языком на продвинутом уровне.

Личные качества:

• Высокая ответственность.
• Перфекционизм.
• Умение работать в команде.
• Отсутствие вредных привычек.

Кроме того являюсь системным администратором МБЦ МГУ и ботанического сад МГУ «Аптекарский огород»; разработчиком web-сайтов (www.markvet.ru; www.mangals.ru) и движка интернет-магазина.

Статьи в журналах:

• «The effect of space flight on the protein composition of the exhaled breath condensate of cosmonauts». K.Yu. Fedorchenko, A.M. Ryabokon, A.S. Kononikhin,  S.I. Mitrofanov, E.A. Mikhant’eva, A.I. Spasskii, I.R. Sukhodolov, I.A. Popov, A.V. Polyakov, I.M. Larina, E.N. Nikolaev, S.D. Varfolomeev. – Russ Chem Bull (2016) 65(11): 2745-50. DOI: 10.1007/s11172-016-1645-z.
  «Влияние космического полёта на белковый состав конденсата выдыхаемого воздуха космонавтов». Федорченко К.Ю., Рябоконь А.М., Кононихин А.С., Митрофанов С.И., Михантьева Е.А., Спасский А.И., Поляков А.В., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Варфоломеев С.Д. – Известия Академии Наук. Серия Химическая, № 11, 2745-2750. 2016.
• «Prostaglandin H synthase kinetics in the two-phase aqueous-micellar system». Ponomareva OA, Trushkin NA, Filimonov IS, Krivoshey AV, Barkhatov VI, Mitrofanov SI, Vrzheshch PV. Biochim Biophys Acta. 2016 Sep;1858(9):2199-207. PMID: 27342373. DOI: 10.1016/j.bbamem.2016.06.013.
• «Early diagnosis of lung cancer based on proteome analysis of exhaled breath condensate». Fedorchenko KU, Ryabokon AM, Kononikhin AS, Mitrofanov SI, Barmin VV, Pikin OV, Anaev EH, Gachok IV, Popov IA, Nikolaev EN, Chuchalin AG, Varfolomeev SD. Moscow University Chemistry Bulletin. March 2016, Volume 71, Issue 2, pp 134–139. DOI: 10.3103/S0027131416020036.
  «Ранняя диагностика рака лёгкого на основе анализа протеома конденсата выдыхаемого воздуха». Федорченко К.Ю., Рябоконь А.М., Кононихин А.С., Митрофанов С.И., Бармин В.В., Пикин О.В., Анаев Э.Х., Гачок И.В., Попов И.А., Николаев Е.Н., Чучалин А.Г., Варфоломеев С.Д. Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, №2. 2016
• «New words in human mutagenesis». Panchin AY, Mitrofanov SI, Alexeevski AV, Spirin SA, Panchin YV. BMC Bioinformatics. 2011 Jun 30;12:268. PMID: 21718472. DOI: 10.1186/1471-2105-12-268.
• «Exclusive sequences of different genomes». Mitrofanov SI, Panchin AY, Spirin SA, Alexeevski AV, Panchin YV. J Bioinform Comput Biol. 2010 Jun;8(3):519-34. PMID: 20556860. DOI: 10.1142/S0219720010004719

Участие в НИР:

• «Простагландин-H-синтаза: исследование нового механизма ингибирования димерного фермента и целенаправленный поиск необратимых ингибиторов нового типа» (МБЦ МГУ, 2016 – 2018, РФФИ 16-04-00737)
• «Разработка фундаментальных основ метода ранней неинвазивной диагностики рака лёгких на основе анализа конденсата выдыхаемого воздуха» (ИБХФ им.Н.М.Эмануэля РАН, 2015 – 2016, РФФИ 15-04-05168)
• «Роль мицеллярных систем в исследовании каталитических свойств мембранно-связанного фермента простагландин-Н-синтазы» (МБЦ МГУ, 2012 – 2013, РФФИ 12-04-01596)
• «Влияние антидепрессантов на скорость транспорта незаменимых аминокислот» (НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ, 2011 – 2013, РФФИ 11-04-01452)
• «Молекулярный кислород как субстрат циклооксигеназной реакции фермента простагландин-Н-синтаза» (МБЦ МГУ, 2009 – 2011, РФФИ 09-04-01511)

Доклады/постеры на конференциях:

• Федорченко К.Ю., Рябоконь А.М., Аксенова М.А., Широковских Т.С., Митрофанов С.И., Кононихин А.С., Анаев Э.Х., Николаев Е.Н., Варфоломеев С.Д. «Диагностика легочных заболеваний на основе анализа белкового состава конденсата выдыхаемого воздуха методами масс-спектрометрии с использованием биоинформатических подходов». V Съезд Физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России, конференция ADFLIM, Сочи – Дагомыс, 4-8 октября 2016
• Shirokovskikh Tatiana, Aksenova Marina, Mitrofanov Sergey «Comparative analysis of proteins from exhaled breath condensate of lung cancer patients with gene expression level and proteins from the tumor tissue». Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов-2016», Москва, 11-15 апреля 2016
• Anaev E., Fedorchenko K., Kushaeva M., Ryabokon A., Kononikhin A., Mitrofanov S., Nikolaev E., Varfolomeev S., Chuchalin A. «Eiweiβmarker im Atemkondensat für Differentialdiagnose bei Pneumonie und Lungenkarzinom». Kongress der Deutschen Gesellschaft für Pneumologie und Beatmungsmedizin e.V, Leipzig, Германия, 2-5 марта 2016
• Кушаева М.Э., Федорченко К.Ю., Анаев Э.Х., Рябоконь А.М., Кононихин А.С., Митрофанов С.И., Попов И.А., Николаев Е.Н., Варфоломеев С.Д., Чучалин А.Г. «Ранняя диагностика рака легкого у больных пневмонией на основе анализа конденсата выдыхаемого воздуха». XXV Национальный конгресс по болезням органов дыхания, Москва, 13-16 октября 2015
• Fedorchenko Kristina Y., Ryabokon Anna M., Alexey Kononikhin, Mitrofanov Sergey I., Popov I.A., Starodubtseva Natalia L., Anaev Eldar C., Varfolomeev Sergey D., Chuchalin Alexander G., Nikolaev Eugene N. «Respiratory Disease Confirmation via Proteome Analysis of Exhaled Breath Condensate». 14th Human Proteome Organization World Congress - HUPO 2015 Vancouver, Canada, 27-30 sept. 2015
• Нуждина Е.О., Бархатов В.И., Митрофанов С.И., Филимонов И.С. «Определение кинетического механизма ингибирования простагландин-Н-синтазы-1 (COX-1) «медленными» ингибиторами на примере индометацина». Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2015», Москва, 13-17 апреля 2015
• Котлов Н.Ю., Митрофанов С.И. «Сравнение качества докинга в программах AutoDock2, AutoDock VINA и SOL на примере мембранного гемсодержащего белка PGHS». Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2015», Москва, 13-17 апреля 2015
• Берзова А.П., Бархатов В.И., Митрофанов С.И. «Кооперативное взаимодействие между субъединицами фермента циклооксигеназы-1 (COX-1) при ингибировании напроксеном». XII Курчатовская молодёжная научная школа, Москва, НИЦ «Курчатовский институт», 28-31 октября 2014
• Берзова А.П., Бархатов В.И., Вржещ П.В., Митрофанов С.И. «Кооперативные эффекты при ингибировании циклооксигеназы напроксеном». XIV ежегодная международная молодёжная конференция ИБХФ РАН - ВУЗы «Биохимическая физика», ИБХФ РАН, 28-30 октября 2014
• Котлов Н.Ю., Митрофанов С.И., Филимонов И.С. «Программный комплекс для автоматизированной подготовки трёхмерных структур белков-мишеней к докингу in silico на примере белка PGHS». XIV ежегодная международная молодёжная конференция ИБХФ РАН – ВУЗы «Биохимическая физика», ИБХФ РАН, 28-30 октября 2014
• Котлов Н.Ю., Митрофанов С.И. «Разработка программного комплекса для автоматизированной подготовки структур белков-мишеней для докинга in silico». XI студенческая конференция Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Москва, 24-25 апреля 2014
• Берзова А.П., Бархатов В.И., Митрофанов С.И., Кривошей А.В., Филимонов И.С. «Аллостерические взаимодействия между субъединицами димерного белка простагландин-Н-синтаза-1 (COX-1) при ингибировании напроксеном». XXI Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2014». Москва, Физический факультет МГУ, 7-11 апреля 2014
• Берзова А.П., Бархатов В.И., Митрофанов С.И., Вржещ П.В. «Кинетика ингибирования циклооксигеназы-1 напроксеном». 56-я научная конференция МФТИ. Москва, факультет нано-, био-, информационных и когнитивных технологий МФТИ, 25-30 ноября 2013
• Берзова А.П., Бархатов В.И., Митрофанов С.И. «Кинетический механизм ингибирования фермента циклооксигеназы-1 напроксеном». XI Курчатовская молодёжная научная школа. Москва, НИЦ «Курчатовский институт», 12-15 ноября 2013
• Берзова А.П., Бархатов В.И., Митрофанов С.И. «Особенности кинетики ингибирования циклооксигеназы-1 напроксеном». XX Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2013». Москва, Физический факультет МГУ, 8-13 апреля 2013
• Митрофанов С.И., Трушкин Н.А., Вржещ П.В. «Поиск ингибиторов PGHS-1 методом докинга». XIX Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2012». Москва, ФББ МГУ, 9-13 апреля 2012
• Митрофанов С.И., Трушкин Н.А., Филимонов И.С., Вржещ П.В. «Поиск ингибиторов циклооксигеназной активности фермента простагландин-H синтаза in silico». II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика» (POSTGENOME 2011). Новосибирск, 14-17 ноября 2011
• Митрофанов С.И., Панчин А.Ю. «Встречаемость коротких нуклеотидных последовательностей и пути их эволюции в геномах человека и других эукариот». XVII Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2010». Москва, ФББ МГУ, 12-15 апреля 2010
• Митрофанов С.И., Панчин А.Ю., Спирин С.А., Панчин Ю.В., Алексеевский А.В, «Исключительные последовательности в геномах различных организмов». Информационные технологии и системы (ИТиС’09). Московская область, д/о Бекасово, 15-18 декабря 2009
• Sergey Mitrofanov, Alexander Panchin, Andei Alexeevski, Sergey Spirin, Yury Panchin, «Exceptional nucleotide sequences in genomes of different organisms». Московская конференция по молекулярной вычислительной биологии (MCCMB'09). Москва, Биологический факультет МГУ, 20-23 июля 2009

Участие в создании учебного курса «Практическая информатика», читаемого для студентов ФББ МГУ первого года обучения, авторы А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, Д.В. Диброва, С.И. Митрофанов. М., 2012