Анастасия К.
Начинающий биоинформатикИщу работу на полный день или с частичной занятостью, удаленную работу
| Последнее обновление резюме | 11.05.2022 |
| Адрес | Москва, Russian Federation |
| Электронная почта | Заблокировано |
| Телефон | Заблокировано |
Опыт
Лаборатория клинической геномики и биоинформатики НИКИ педиатрии им. Вельтищева
Биоинформатик (лаборант-исследователь)
Биоинформатик (лаборант-исследователь)
Янв 2020
- Текущий
Создала базы данных и веб-сайт для удобного отображения информации из баз данных, содержащих информацию о пациентах, вариантах и генах.
Созданная база данных генов содержит агрегированную информацию о генах из различных внешних источников (HGNC, OMIM, gnomAD, KEGG, MGI, ClinGen, GeneReviews, HPO, Sfari, epiGAD, GTExPortal и DisGeNET).
Разработала пайплайн для анализа данных NGS с использованием программ FastQC, Trimmomatic, SeqPurge, BWA, picard, GATK4 и ENSEMBL-VEP.
Для проведения поиска молекулярных причин предположительно наследственного заболевания согласно критериям ACMG и их модификацией Sherloc разрабатывается веб-интерфейс, который позволяет настраивать алгоритмы фильтрации вариантов, производить автоматическую фильтрацию вариантов и автоматически формировать заключение по биоинформатическому анализу данных пациента.
Все приложения докеризированы. Разворачивала сервер для разработки на DigitalOcean.
Для автоматизации работы пайплайна, его удобного запуска и возможности просмотреть полную информацию о запуске настроила сервис Jenkins.
Учусь клинической интерпретации данных NGS.
Созданная база данных генов содержит агрегированную информацию о генах из различных внешних источников (HGNC, OMIM, gnomAD, KEGG, MGI, ClinGen, GeneReviews, HPO, Sfari, epiGAD, GTExPortal и DisGeNET).
Разработала пайплайн для анализа данных NGS с использованием программ FastQC, Trimmomatic, SeqPurge, BWA, picard, GATK4 и ENSEMBL-VEP.
Для проведения поиска молекулярных причин предположительно наследственного заболевания согласно критериям ACMG и их модификацией Sherloc разрабатывается веб-интерфейс, который позволяет настраивать алгоритмы фильтрации вариантов, производить автоматическую фильтрацию вариантов и автоматически формировать заключение по биоинформатическому анализу данных пациента.
Все приложения докеризированы. Разворачивала сервер для разработки на DigitalOcean.
Для автоматизации работы пайплайна, его удобного запуска и возможности просмотреть полную информацию о запуске настроила сервис Jenkins.
Учусь клинической интерпретации данных NGS.
Образование
Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова
Факультет биоинженерии и биоинформатики (специалист)
Факультет биоинженерии и биоинформатики (специалист)
Сен 2014
- Июл 2020
Тема диплома "Определение следов долгосрочного балансирующего отбора у приматов". Работа выполнена под руководством проф. Кондрашова А.С.
В чем вы сильны?
- Анализ данных NGS (GATK4, FastQC, Trimmomatic, SeqPurge, BWA, picard, ENSEMBL-VEP)
- Анализ 3D структур (Jmol, Pymol)
- Анализ выравнивания (MEGA, JalView, BLAST, Muscle)
- Python, Bash, R, JavaScript
- Django/Django Rest Framework
- Программная генерация файлов xlsx и docx
- PostgreSQL
- Docker, Jenkins, DigitalOcean
- IntelliJ IDEA, Jupyter Notebook, R studio
- Git, Bitbucket
- Администрирование Linux сервера
- Создание инфраструктуры и архитектуры проекта
- HTML, CSS
- MS office
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
ХV студенческая конференция факультета биоинженерии и биоинформатики: “Выявление закономерностей распределения вредных мутаций по геному” (доклад);
Конференция “Информационные технологии и системы(б)” 2018 (доклад);
ХIV студенческая конференция факультета биоинженерии и биоинформатики: “Автоматизация теста цитотоксичности на модели сокультивируемых флуоресцентных культур для поиска потенциальных противоопухолевых препаратов” (постер на английском);
ХIII студенческая конференция факультета биоинженерии и биоинформатики: “Филогеномный анализ симпортеров сахаров и моновалентных катионов (ионов Na+ или протонов)” (постер на английском)