ОПЫТ РАБОТЫ

нояб 2018 –  сент 2019

Москва, Россия

Институт молекулярной генетики РАН

Отдел молекулярно-генетических основ биотехнологии и белковой инженерии Лаборатория функциональной энзимологии

Позиция: инженер-исследователь

Должностные обязанности:

·  Планирование и проведение экспериментов; поиск и анализ научной литературы, в т. ч. на английском языке; написание научных статей;

·  Ведение лаб. журнала, составление отчётов по НИР, создание стандартных протоколов и инструкций, проведение процедур закупок реагентов и материалов;

·  Выделение и анализ нуклеиновых кислот (НК);

· Подбор/дизайн праймеров и зондов для ПЦР, сайт-направленного мутагенеза, секвенирования; анализ сиквенсов;

·  Экспрессия рекомбинантных белков в E.coli; оптимизация условий культивирования биомассы бактерий; масштабирование схем выделения белков; получение тотальных лизатов клеток; очистка (различная хроматография, диализ) и анализ рекомбинантных белков;

· Спектрофотометрия, электрофорез НК и белков, блот, ELISA; определение активности ферментов; ингибиторный анализ;

· Выполнение основных генно-инженерных манипуляций; конструирование плазмид, клонирование;

·Подготовка культуральных сред для роста микроорганизмов; приготовление компетентных клеток и их трансформация; мутагенез бактерий;

·  Работа с культурами клеток эукариот;

·  Адаптация методик под разнообразный биологический материал;

·  Работа на мультифункциональном плашечном фотометре/люминометре/флуориметре с возможностью культивирования бактериальных клеток Infinite M200 PRO (Tecan, Швейцария).

 

сент 2014 –  май 2018

Москва, Россия

Российский химико-технологический университет имени Д. И. Менделеева

Факультет биотехнологии и промышленной экологии

Кафедра биотехнологии. Лаборатория биологически активных веществ

Позиция: лаборант

Должностные обязанности:

· Планирование и проведение экспериментов; ведение лаб. журнала и визуализация данных; поиск и анализ литературы, в т. ч. на английском языке; написание научных статей;

· Методы классической микробиологии: стерильная работа и работа в асептических условиях (ламинар-боксах); оптимизация условий культивирования дрожжей/бактерий, световая микроскопия; пересевы/посевы, выделение, определение и поддержание штаммов на агаризованных средах; стерилизация материалов, инструментов, посуды; изготовление и розлив жидких и агаризованных питательных сред различного состава;

· Количественная оценка химического состава микробной/растительной/животной биомассы с помощью физико-химических методов анализа (спектрофотометрических, фотоколориметрических, титриметрических): определение белка по Лоури, Бредфорду, биуретовой реакции; определение аминокислот; сырого протеина по методу Кьельдаля; НК по Спирину; жира по Сокслету; углеводов, сахаров;

· Составление методик и масштабирование экспериментов по экстракции нуклеиновых кислот, белков, ферментолиз биомассы, химический гидролиз (щелочной, кислотный);

· Биохимические методы анализа: проведение ферментированных реакций и определение их параметров; иммобилизация ферментов;

· Работа с лабораторным оборудованием: различные центрифуги, термостаты, термостатируемые качалки, лабораторный стерилизатор/автоклав, спектрофотометр, фотоэлектроколориметр, рН-метр, система подготовки воды и др..   

ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ОПЫТ/ОПЫТ НАУЧНОЙ РАБОТЫ

Институт молекулярной генетики РАН

Лаборатория функциональной энзимологии

• В рамках одного из проектов лаборатории изучала функциональные свойства недавно открытого пропептидоподобного ингибитора (ПРОПИ) протеаз бактерий. Получила продуцент рекомбинантного ПРОПИ; подбирала условия культивирования продуцента, экспрессии и очистки белка. Анализировала ингибирующую активность ПРОПИ при разных условиях по отношению к протеализину и термолизину.
• Второй проект был связан с изучением биологических функций: роли в патогенезе высших организмов и межбактериальной конкуренции протеализинподобных протеаз и их белковых ингибиторов у Serratia Proteamaculans и Photorhabdus luminescens. С этой целью конструировала плазмидные векторы для получения мутантных вариантов бактерий, несущих дефектные гены данных белков. Анализировала литературные данные, посвященные методам мутагенеза энтеробактерий и характеристике инсектотоксического действия бактерий-энтомопатогенов.

Российский химико-технологический университет имени Д. И. Менделеева

Факультет биотехнологии и промышленной экологии

Кафедра биотехнологии. Лаборатория биологически активных веществ

• Магистерская диссертация была связана с разработкой схемы комплексной переработки дрожжевой биомассы для получения бета-глюкана, обладающего широкими функциональными и сорбционными свойствами, и сопутствующих белковых и РНК и ДНК-продуктов.
• В рамках бакалаврской работы занималась повышением эффективности панкреатической липазы. Изучала кинетические и термодинамические закономерности  ферментативного катализа нативной и иммобилизованными формами панкреатической липазы. Катализ липазами перспективен с точки зрения глубокой переработки жиросодержащих отходов. Освоила методы инженерной энзимологии.

НАУЧНЫЕ/ПРОФЕССИОНАЛЬНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ

• Решила методологическую проблему отбора мутантных вариантов штаммов-реципиентов от донорного конъюгационного штамма в связи с подготовкой мутагенеза энтеробактерий. В результате обширного поиска был найден подходящий мобилизуемый вектор с необходимыми маркёрами и элементами для мутагенеза. Освоила за рекордные сроки – одну неделю – всю схему генетического конструирования. Успешно с первого раза клонировала вставки свыше 2-х килобаз для получения генетических конструкций длиной 8-9 кб. Освоила работу с низкокопийными плазмидами и получила на их базе векторы для нокаута генов, в частности, бактериальных.
• Разработана технологию получения бета-глюкана из биомассы дрожжей Saccharomyces cerevisiae в условиях её комплексной переработки. Себестоимость препарата в среднем на 40% ниже цен на аналогичные продукты, представленные на рынке. Работа имеет потенциал патента.
• На основании анализа исследованных характеристик установлено, что микрокапсулирование является наиболее эффективным способом иммобилизации для панкреатической липазы из рассмотренных: увеличение Vmax в 1.5 раза, повышение функциональной стабильности на 20%.

ПРОФЕССИОНАЛЬНЫЕ НАВЫКИ

• Владею различными молекулярно-генетическими, генно-инженерными и биохимическими методами:

• Умею работать с НК: выделение плазмидной/геномной ДНК, РНК; гель-электрофорез НК;  получение плазмидных конструкций, клонирование: ПЦР, рестрикция, выделение из геля, переосаждение, лигирование и трансформация в компетентные клетки, дизайн олигонуклеотидов, щелочной лизис, скрининг клонов;
• Умею работать с белками: получение рекомбинантных белков в препаративном количестве и изучение их функциональных свойств: их экспрессия и хроматографическая очистка (металл-хелатная афинная, ионнообменная, гель-проникающая) на системах BioLogic LP (Bio-Rad, США), диализ, лиофильная сушка; их анализ (электрофорез в ПААГ, количественные реакции на белки, вестерн-блоттинг, ELISA); определение активности ферментов;

• Имею хорошие навыки микробиологии и культуральных работ;
• Знакома с технологией CRISPR-Cas9;
• Биоинформатика:
• Владею биоинформатическими программами и облачными платформами: SnapGene, Vector NTI, Benchling, BLAST, RAST, Tablet, MEGA, OligoAnalyzer, OligoExplorer, GeneRunner; владею статистической обработкой данных (MS Excel, STATISTICA); анализ результатов секвенирования с помощью программ Chromas, SeqAnalysis;
• Работаю с биологическими базами данных (NCBI, PDB, Pubmed, Kegg, EMBL-EBI, Mitelman, COSMIC, cBioPortal, BioGRID, Uniprot, ChemSpider, DrugBank, Pfam); выравнивание последовательностей (BLAST, FASTA, ClustalW, GeneDoc, needle);
• Обладаю хорошими теоретическими знаниями в молекулярной биологии, биохимии, клеточной биологии, биотехнологии, биоинформатике, иммунологии; постоянно читаю последние научные публикации в разных областях наук о жизни;
• Имею опыт разработки методической части исследований, подготовки теоретического обоснования, планирования экспериментов и их реализации и представления;
• Владение иностранными языками: английский язык – upper-intermediate, свободно читаю и говорю, пишу тексты статей/аннотации и постоянно его совершенствую;
• Руководила практикумом по биотехнологии для студентов: помогала осваивать биохимические и физико-химические методы анализа на базе методического материала.

НАУЧНЫЕ ИНТЕРЕСЫ

• Сравнительная геномика и эволюционная биология, подходы системной биологии: молекулярная эволюция и филогенетика различных организмов; механизмы, генерирующие и поддерживающие генетическую изменчивость организмов и определяющие их экологическую адаптацию; молекулярные механизмы патогенеза бактериями эукариот, симбиотические взаимоотношения бактерий с высшими организмами и межбактериальная конкуренция;
• Генная инженерия в биотехнологии и биофармацевтика: получение/конструирование и культивирование штаммов-продуцентов различных биологически активных веществ; выделение БАВ;
• Редактирование и стабильность генома: повреждения генома и их связь со старением организмов; механизмы восстановления целостности структуры ДНК в клетках эукариот;
• Эпигенетика: синтез белков и его связь со старением, контроль трансляции; регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции и трансляции у эукариот/прокариот, анализ изменения уровня экспрессии генов; митохондриальная ДНК в клетках эукариот;
• Цитогенетика и 3D-геномика: структурно-функциональные исследования хромосом человека; влияние пространственной конфигурации ДНК в хромосомах на возникновение и развитие патологий, структура ТАДов и активность генов в различных типах клеток; исследования работы генома в одной отдельно взятой клетке;
• Происхождение народов мира: этногеномика и популяционная генетика;
• С/х биотехнологии: функциональная геномика и молекулярная генетика одомашненных растений и животных;
• Белковая инженерия и энзимология: получение и очистка рекомбинантных белков, пептидов, ферментов и их структурно-функциональная характеристика; поиск неохарактеризованных белков с помощью методов вычислительной биологии; биокатализ; технологии скриннинга и дисплея в получении ферментов, моноклональных антител, абзимов, рабзимов, терапевтических ДНК-/РНК-продуктов; диагностические и терапевтические антитела, белки как факторы инвазии, маркеры в онкологии; повышение аффинности рекомбинантных моноклональных антител, разработка методов их экспрессии в про/эукариотических системах;
• Генная и клеточная терапия.

ПУБЛИКАЦИИ

1. Манукян Г. А., Чухонцева К. Н., Карасева М. А., Демидюк И. В. Новый белковый ингибитор протеаз – гомолог пропептида протеализина // Сборник научных трудов «ACTA NATURAE» IX Российского симпозиума «Белки и пептиды» в рамках II Объединенного научного форума / Под ред. Р.И. Сепиашвили и [др.]. – Сочи-Москва, 1-6 октября, 2019. – Т. 2. – С. 135.
2. Манукян Г. А., Красноштанова А. А. Выделение бета-глюкана из клеточных стенок хлебопекарных дрожжей // Материалы V междунар. науч. конференции «Актуальные проблемы естественных и математических наук в России и за рубежом». – Новосибирск, 11 февраля, 2018. – Т. 5. – С. 28-29.
3. Манукян Г. А., Красноштанова А. А. Подбор условий предварительной обработки биомассы дрожжей для получения бета-глюкана // Бутлеровские сообщения. – 2017. – Т. 50. – № 5. – С. 88-94.
4. Манукян Г. А., Приворотская Е. А., Красноштанова А. А. Исследование влияния иммобилизации на стабильность панкреатической липазы // Бутлеровские сообщения. – 2016. – Т. 47. – № 7. – С. 74–81.
5. Манукян Г. А., Приворотская Е. А., Красноштанова А. А. Влияние способа иммобилизации панкреатической липазы на ее термостабильность // Современные проблемы химической технологии биологически активных веществ / Под ред. Г. Авраменко, А. Е. Коваленко, Ю. А. Пенкина, В. В. Смагина. – Москва, РХТУ им. Д. И. Менделеева, 2016. – Т. 188. – С. 180–182.

УЧАСТИЕ В КОНФЕРЕНЦИЯХ

Выступление с устным докладом

• Научно-практическая конференция «Современные проблемы химической технологии биологически активных веществ». – РХТУ им. Д. И. Менделеева. Москва, Россия. 26 мая, 2016. 

ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБРАЗОВАНИЕ

VIII Международная школа молодых учёных по молекулярной генетике «Генетическая организация и молекулярные механизмы функционирования живых систем». 19-23 ноября, 2018. Звенигород, Россия. Организатор – Институт молекулярной генетики РАН

ДОСТИЖЕНИЯ И НАГРАДЫ

1.Стипендиат повышенной государственной академической стипендии за достижения в учебной и научно-исследовательской деятельности  2017 - 2018 2. Именной стипендиат стипендии М. Н. Манакова за достижения в научно-исследовательской деятельности 2016 - 2017 3. Стипендиат Учёного совета РХТУ им. Д. И. Менделеева за достижения в учебной деятельности 2014 - 2016