Дмитрий З.

биоинформатик
Последнее обновление резюме 10.02.2020
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Образование

Skolkovo Institute of Science and Technology, Moscow, Russia
Сколковский институт науки и технологии, Москва, Россия
Окт 2014 - Окт 2019
Аспирантура по направлению "Математическая биология, биоинформатика"

14.10.2019 – диплом аспиранта по направлению «Биологические науки».
Изучение транскриптома, липидома и метаболома в мозге и плазме крови человека, приматов, мышей.
Тема диссертации: «Молекулярные изменения липидома и метаболома префронтальной коры при шизофрении и аутизме» (защита планируется в 2020 г).
Руководитель: Филипп Хайтович, Сколковский институт науки и технологии

09.2016–02.2017 – стажировка
Анализ липидов и метаболитов методом масс-спектрометрии, совмещенной с жидкостной и газовой хроматографией. Разработка пайплайнов для анализа данных.
Руководитель: Patrick Giavalisco, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Potsdam-Golm, Germany
Animap Physiology, Department of Biology, Moscow State University, Moscow, Russia
Кафедра физиологии человека и животных, биологический факультет, Московский государственный университет, Москва, Россия
Сен 2009 - Июн 2014
10.06.2014 – Диплом специалиста (с отличием) по направлению «Физиология».
Тема диплома: «Влияние стрессорной, когнитивной и двигательной нагрузки на количество копий ретротранспозонов LINE-1 в тканях мозга мышей».
Научный руководитель: Ольга Ивашкина, отдел Нейронаук НБИКС-центра НИЦ «Курчатовский Институт».

В чем вы сильны?

Исследовательские навыки:

  1. Анализ данных:
    1. программирование: R, небольшой опыт Python и Matlab;
    2. первичный анализ данных масс-спектрометрии: ProgenesisQI, XCMS, TargetSearch, LIPID MAPS;
    3. вторичная подготовка данных к анализу: аннотация, нормализация, фильтрация и т.д.;
    4. статистический анализ больших данных: корреляционный, кластерный, классификационный, анализ, генная онтология и т.д; интеграция данных нескольких омиксных платформ (липидомика, транскриптомика, метаболомика), анализ возрастных изменений, популяционные и связанные с болезнями различия.
  2. Масс-спектрометрия, совмещенная с газовой и жидкостной хроматографией: Q Exactive (Thermo Scientific), Orbitrap-XL (Thermo-Fisher), Pegasus III (Leco Instruments).
  3. Экстракция ДНК, белков, полярных и неполярных метаболитов из тканей и крови.
  4. Методы молекулярной биологии, RT-PCR, иммуногистохимия.
  5. Поведенческие методы: разнообразные модели обучения грызунов.

Другие сильные стороны:

  1. кропотлив в анализе большого массива литературы;
  2. внимателен в поиске научных обоснований, щепетилен в отношении к научной точности и точности протоколов;
  3. опытен и в биоинформатике, и в мокром эксперименте;
  4. способен доступно объяснять и передавать опыт: помогал вести курс по липидомике для лаборатории биоинформатиков, вел серию лекций по статистическому анализу для лаборатории биологов.

Английский язык: уровень Advanced, опыт чтения и написания статей и диссертации на английском, разговорный опыт и опыт онлайн-общения с иностранными коллегами.

Научные интересы: биоинформатика, нейробиология, разработка лекарств, масс-спектрометрия, математическое моделирование.

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Список публикаций:

  1. Lipidome alterations in human prefrontal cortex during development, aging, and cognitive disorders. Yu Q, He Z, Zubkov D, Huang S, Kurochkin I, Yang X, Halene T, Willmitzer L, Giavalisco P, Akbarian S, Khaitovich P. Mol Psychiatry. 2018 Aug 8. doi: 10.1038/s41380-018-0200-8.
  2. Metabolome signature of autism in the human prefrontal cortex. Kurochkin I, Khrameeva E, Tkachev A, Stepanova V, Vanyushkina A, Li Q, Zubkov D, Shichkova P, Halene T, Willmitzer L, Giavalisco P, Akbarian S, Khaitovich P. Commun Biol. 2019 June 21. doi: 10.1038/s42003-019-0485-4
  3. Differences in lipidome and metabolome organization of prefrontal cortex among human populations. Tkachev A, Stepanova V, Lei Z, Khrameeva E, Zubkov D, Khaitovich P. Sci Rep. 2019 Dec 4. doi: 10.1038/s41598-019-53762-6