Екатерина С.

Опытный научный сотрудник, аналитик данных, к.б.н.

Аналитическая, экспертная деятельность, консалтинг.

Желателен удаленный формат работы.

Последнее обновление резюме 03.01.2022
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

НМИЦ Колопроктологии им. А.Н.Рыжих
Старший научный сотрудник
Авг 2020 - Текущий
Анализ микробиоты (16S метагеномное секвенирование на Miseq) - полный цикл.
Метаанализ микробных композиций различных локализаций, поиск маркерных микроорганизмов.
Сборка полных геномов микроорганизмов.
Поиск детерминант патогенности, резистентности к антибиотикам, бактериоцинов.
Филогенетический анализ.
Пангеномный анализ.
Создание биоинформатических пайплайнов.
Владение Python, R, SQL, bash.
ФГБУ "ЦСП" ФМБА России
Аналитик
Авг 2019 - Июл 2020
Анализ и интерпретация геномных данных.
Работа с геномными и метаданными (анализа и визуализации, написание скриптов Python).
Составление отчетов, презентаций.
Написание аналитических обзоров.
Менеджмент проектов НИР.
New York University Medical Center
Research Scientist
Апр 2016 - Май 2019
Исследования в области наследственных заболеваний сердца.

Поиск и функциональная валидация новых генетических вариантов (молекулярная биопсия), ассоциированных с синдромом внезапной сердечной смерти.
University of Iowa
Postdoctoral Researcher
Апр 2016 - Ноя 2010
Исследования в области физиологии, метаболизма и патофизиологии сердечной и скелетных мышц при стрессе и продолжительных упражнениях.
ГНЦ ВБ "Вектор"
Старший научный сотрудник (ранее м.н.с., аспирант, студент)
Июл 2001 - Окт 2010
Изучение генетических факторов патогенности вируса Эбола (защитила кандидатскую диссертацию).
Полногеномное секвенирование вирусов.
Филогения виусов.
Получение продуцентов вирусных белков, поликлональных антител к вирусным белкам.

Образование


ГНЦ ВБ "Вектор"
Авг 2003 - Май 2006
Аспирантура.
Защитила кандидатскую диссертацию на тему "Особенности генетической изменчивости вируса Эбола в процессе адаптации к морским свинкам"
Факультет естественных наук
Новосибирский Государственный Университет
Авг 1998 - Июн 2003
Диплом с отличием по специальности "Биология"

В чем вы сильны?

Кандидат биологических наук c большим опытом работы в академической науке в России и зарубежом, клинико-диагностической лаборатории и аналитической сфере. 

Обладаю навыками быстрого освоения информации и оформления в виде аналитических справок, отчетов, дайджестов, обзоров. Пишу скрипты для анализа и визуализации данных на Python.

Использую опыт и знания для выполнения нетривиальных задач.

Дополнительное образование зарубежом:

Biotechnology Industry, Structure, and Strategy (NYU, New York, NY) - 2018
The Business of Science (NYU, New York, NY) - 2018
Drug Development (NYU, New York, NY) - 2017

 

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Публикации

  1. Zhiyong Zhu, Zhan Gao, Biyi Chen, Duane D Hall, Rachel Minerath, Olha Koval, Ana Sierra, Ekaterina Subbotina, Xiaoyi Zhu, Young-Rae Kim, Jun Yang, Isabella Grumbach, Kaikobad Irani, Chad Grueter, Long-Sheng Song, Denice M Hodgson-Zingman, Leonid V Zingman. Atrial-paced, exercise-similar heart rate envelope induces myocardial protection from ischaemic injury. Europace. 2021 Nov 18;euab273. doi: 10.1093/europace/euab273.
  2. E Subbotina, HQ Yang, I Gando, N Williams, BA Sampson, Y Tang, W Coetzee. Functional Characterization of ABCC9 Variants Identified in Sudden Unexpected Natural Death. Forensic Sci Int. 2019 May;298:80-87.
  3. Dong J, Subbotina E, Williams N, Sampson BA, Tang Y, Coetzee WA. Functional reclassification of variants of uncertain significance in the HCN4 gene identified in sudden unexpected death. Pacing Clin Electrophysiol. 2019 Feb;42(2):275-282.
  4. Subbotina E., Williams N., Sampson B., Tang Y., Coetzee W. Functional Characterization of TRPM4 Variants Identified in Sudden Unexpected Natural Death. Forensic Sci Int. 2018 Dec;293:37-46
  5. Dong J, Williams N, Cerrone M, Borck C, Wang D, Zhou B, Eng LS, Subbotina E, Um SY, Lin Y, Ruiter K, Rojas L, Coetzee WA, Sampson BA, Tang Y. Molecular autopsy: using the discovery of a novel de novo pathogenic variant in the KCNH2 gene to inform healthcare of surviving family. 2018 Dec 8;4(12):e01015.
  6. Yang HQ, Subbotina E, Ramasamy R, Coetzee WA. Cardiovascular KATP channels and advanced aging. Pathobiol Aging Age Relat Dis. 2016 Oct 11
  7. Subbotina E, Sierra A, Zhu Z, Gao Z, Koganti SRK, Reyes S, Stepniak E, Walsh SA, Acevedo MR, Perez-Terzic CM, Hodgson-Zingman DM, Zingman LV. Musclin is an activity-stimulated myokine that enhances physical endurance. PNAS. 2015 Dec 14.
  8. Subbotina E, Koganti SR, Hodgson-Zingman D, Zingman LV. Morpholino-driven gene editing: A new horizon for disease treatment and prevention. Clin Pharmacol Ther. 2015 Oct 16. doi: 10.1002/cpt.276.
  9. Gao Z, Sierra A, Zhu Z, Koganti SR, Subbotina E, Maheshwari A, Anderson ME, Zingman LV, Hodgson-Zingman DM. Loss of ATP-Sensitive Potassium Channel Surface Expression in Heart Failure Underlies Dysregulation of Action Potential Duration and Myocardial Vulnerability to Injury. PLoS One. 2016 Mar 10;11(3):e0151337. doi: 10.1371/journal.pone.0151337. ECollection 2016.
  10. Sierra A, Subbotina E (equal impact), Zhu Z, Gao Z, Koganti SR, Coetzee WA, Goldhamer DJ, Hodgson-Zingman DM, Zingman LV. Disruption of ATP-sensitive potassium channel function in skeletal muscles promotes production and secretion of musclin. Biochem Biophys Res Commun. 2016 Feb 26;471(1):129-34. doi: 10.1016/j.bbrc.2016.01.166. Epub 2016 Jan 30.
  11. Koganti SR, Zhu Z, Subbotina E, Gao Z, Sierra A, Proenza M, Yang L, Alekseev A, Hodgson-Zingman D, Zingman L. Disruption of KATP channel expression in skeletal muscle by targeted oligonucleotide delivery promotes activity-linked thermogenesis. Mol Ther. 2015 Apr;23(4):707-16. doi: 10.1038/mt.2015.21. Epub 2015 Feb 4.
  12. Zhu Z, Sierra A, Burnett CM, Chen B, Subbotina E, Koganti SR, Gao Z, Wu Y, Anderson ME, Song LS, Goldhamer DJ, Coetzee WA, Hodgson-Zingman DM, Zingman LV. Sarcolemmal ATP-sensitive potassium channels modulate skeletal muscle function under low-intensity workloads. J Gen Physiol. 2014 Jan;143(1):119-34
  13. Субботина Е.Л., Локтев В.Б. Молекулярная эволюция вируса западного нила. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014. № 1. С. 31-37.
  14. Sierra A, Zhu Z, Sapay N, Sharotri V, Kline CF, Luczak ED, Subbotina E, Sivaprasadarao A, Snyder PM, Mohler PJ, Anderson ME, Vivaudou M, Zingman LV, Hodgson-Zingman DM. Regulation of cardiac ATP-sensitive potassium channel surface expression by calcium/calmodulin-dependent protein kinase II.  Biol Chem. 2013 Jan 18;288(3):1568-81.
  15. Субботина Е.Л., Локтев В.Б. Молекулярная эволюция вируса клещевого энцефалита и вируса повассан. Молекулярная биология. 2012. Т. 46. № 1. С. 82.
  16. Zhu Z, Burnett CM, Maksymov G, Stepniak E, Sierra A, Subbotina E, Anderson ME, Coetzee WA, Hodgson-Zingman DM, Zingman LV. Reduction in number of sarcolemmal KATP channels slows cardiac action potential duration shortening under hypoxia. Biochem Biophys Res Commun. 2011 Dec 2;415(4):637-41. 
  17. Lee HS, Zhdanova SN, Vladimirtsev VA, Platonov FA, Osakovskiy VL, Subbotina EL, Broytman O, Danilova AP, Nikitina RS, Chepurnov AA, Krivoshapkin VG, Gajdusek DC, Savilov YD, Garruto RM, Goldfarb LG. Epidemiology of Viliuisk encephalomyelitis in Eastern Siberia. Epidemiology. 2010. Jan 21(1). P. 24-30.
  18. Иванова А.В., Казачинская Е.И., Качко А.В., Субботина Е.Л., Сорокин А.В., Разумов И.А., Нетёсов С.В., Локтев В.Б. Получение и иммунологическая характеристика рекомбинантных белков VP40 и np филовирусов. Проблемы особо опасных инфекций. 2010. № 4 (106). С. 32-36.
  19. Иванова А.В., Сорокин А.В., Качко А.В., Субботина Е.Л., Разумов И.А., Локтев В.Б., Казачинская Е.И. Моноклональные антитела и рекомбинантные белки филовирусов. Иммунохимические свойства и оценка возможности их использования для иммунодиагностики. Медицинская иммунология. 2010. Т. 12. № 3. С. 177-190.
  20. Субботина Е.Л. Особенности генетической изменчивости вируса эбола в процессе адаптации к морским свинкам. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Кольцово, 2009
  21. Субботина Е.Л., Чепурнов А.А. Молекулярные механизмы репродукции вируса эбола. вопросы вирусологии. 2007. Т. 52. № 1. С. 10-16.
  22. Субботина Е.Л., Качко А.В., Чепурнов А.А. Свойства белков вируса эбола. вопросы вирусологии. 2006. Т. 51. № 6. С. 4-10.
  23. Дадаева А.А., Сизикова Л.П., Субботина Е.Л., Чепурнов А.А. Особенности гематологических и иммунологических показателей при пассажах вируса эбола на морских свинках. Вопросы вирусологии. 2006. т. 51. № 4. с. 32-37.
  24. Нестеров А.Е., Рязанкин И.А., Бессмельцева Е.В., Субботина Е.Л., Курманова Е.Н., Сергеев А.А., Петрищенко В.А., Агафонов А.П., Рязанкина О.И., Дмитриев И.П., Сергеев А.Н., Игнатьев Г.М., Рябчикова Е.И., Щелкунов С.Н. Создание рекомбинантного штамма вируса осповакцины продуцирующего химерный белок tbi-hbsag. биотехнология. 2004. № 1. с. 3-12.

ПАТЕНТЫ РФ

# 2395576, Июль 2010; “Штамм гибридных клеток животного Mus musculus - продуцент моноклональных антител для выявления нуклеопротеина вируса Эбола, субтип заир (штамм Mainga) (варианты), моноклональное антитело, продуцируемое штаммом (варианты), набор для иммуноферментной тест-системы формата "сэндвич" для выявления нуклеопротеина вируса эбола, субтип заир (штамм Mainga)”. Авторы: Казачинская Е.И., Перебоев А.В., Иванова А.В., Качко А.В., Субботина Е.Л., Чепурнов А.А., Разумов И.А., Локтев В.Б.

# 2395577 , Июль 2010; “Штамм гибридных клеток животного Mus musculus - продуцент моноклональных антител для выявления белка VP40 вируса Эбола, субтип заир (штамм mainga) (варианты), моноклональное антитело, продуцируемое штаммом (варианты), и набор для иммуноферментной тест-системы формата "сэндвич" для выявления белка VP40 вируса эбола, субтип заир (штамм mainga)”. Авторы: Казачинская Е.И., Перебоев А.В., Иванова А.В., Качко А.В., Субботина Е.Л., Чепурнов А.А., Разумов И.А., Локтев В.Б.