Екатерина Н.

биоинформатик, биолог

Работу биоинформатика, биолога в Новосибирске, удаленную работу в области биоинформатики

Последнее обновление резюме 20.01.2021
Адрес Новосибирск, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано

Опыт

Новосибирский государственный университет, лаборатория структурной биоинформатики и молекулярного моделирования,
инженер
Июл 2016 - Июл 2019
- исследование молекулярной динамики белков компьютерными методами
ФГБНУ «Институт молекулярной патологии и патоморфологии СО РАМН»
научный сотрудник
Апр 2016 - Фев 2018
- приготовление гистологических препаратов
- иммуногистохимия
- световая микроскопия
ИЦИГ СО РАН, лаборатория биоинформатики
младший научный сотрудник
Окт 2013 - Ноя 2015
ИЦИГ СО РАН, лаборатория молекулярно-генетических систем
аспирант, лаборант-исследователь
Окт 2010 - Окт 2013
- исследование математических моделей в системной биологии
- написание программ визуализации результатов математического моделирования
- написание публикаций, тезисов и постеров
- выступление с докладами на российских и международных конференциях
Институт цитологии и генетики СО РАН, лаборатория молекулярно-генетических систем
студент
Июн 2007 - Окт 2010
преддипломная практика
- тестирование и заполнение базы данных AGNS (A Database on Expression of Arabidopsis Genes)
- разработка и исследование математической модели транспорта ауксина в проводящих тканях корня арабидопсиса

Образование

Институт цитологии и генетики СО РАН
аспирантура
Окт 2010 - Окт 2013
закончила аспирантуру по специальности «Математическая биология и биоинформатика» с представлением диссертации по теме «Математическое моделирование транспорта ауксина в инициальных клетках сосудистой системы корня растений»
Новосибирский государственный университет
Факультет естественных наук, специалист, биоинформатик
Сен 2005 - Июн 2010
специалист, специальность "биология", специализация «информационная биология». Тема диплома "Математическое моделирование влияния ауксина на ризотаксис у Arabidopsis thaliana" защита на отлично
Высший колледж информатики Новосибирского государственного университета
студент
Сен 2002 - Июн 2005

В чем вы сильны?

- знание биологии и основ биоинформатики
- английский язык (сдан кандидатский экзамен, чтение и написание публикаций, устный
доклад)
- основы программирования (языки Python, С, С++, Java, bash)
- разработка и исследование математических моделей в биологии (MATLAB)
- молекулярное моделирование (GROMACS)
- структурная биоинформатика (VMD, PyMOL, Swiss PDB viewer, Chimera)
- приготовление и описание гистологических препаратов
- опыт обработки данных RNA-Seq эксперимента

-световая и электронная микроскопия

Сертификаты Stepic.org:
- cертификат с отличием за курс « Программирование на Python »
- сертификат с отличием за курс «Введение в Linux»

 

Дополнительная информация:

высокая мотивация к исследовательской и аналитической работе в области биологии и биоинформатики, обучаемость, аккуратность, целеустремленность

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Публикации:

  1. Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Novoselova E.S., Doroshkov A.V., Kazantsev F.V., Kochetov A.V., Kolchanov N.A., Mjolsness E., and Likhoshvai V.A. (2012). Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance. Ann. Bot. 110: 349–360.
  2. Ekaterina S. Novoselova, Victoria V. Mironova, Nadya A. Omelyanchuk, Fedor V. Kazantsev, Vitaly A. Likhoshvai. (2013) Mathematical modeling of auxin transport in protoxylem and protophloem of Arabidopsis thaliana root tips. Journal of Bioinformatics and Computational Biology.
  3. Новоселова Е.С., Миронова В.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. (2014) О распределениях концентраций ауксина в клетках горизонтального слоя корня. Вавиловский журнал генетики и селекции.
  4. Novoselova E.S., Mironova V.V., Khlebodarova T.M., Likhoshvai V.A. (2015) On the distribution of auxin concentrations in root horizontal layer cells.Russian Journal of Genetics: Applied Research.

Тезисы конференций:

  • · Математическое моделирование влияния ауксина на ризотаксис у A. thaliana.
    Международная научная студенческая конференция, НГУ, Новосибирск, 2010.
    · Математическое моделирование распределения ауксина в проводящих тканях
    A.thaliana. 1-ая Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты
    современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010, 289.
    · Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре
    корня A. thaliana. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная
    биология”. Новосибирск, Россия, 22-25 сентября 2011.
    · Изучение механизмов регуляции роста и деления клеток растений. Cеминар по
    экологии, физиологии и биофизике растений "Молекулярные, клеточные и
    тканевые механизмы координации процессов роста и развития растений",
    Красноярск, 2011
    · Modelling auxin transport in root provascular tissue. 8th European conference on
    mathematical and theoretical biology (ECMTB-2011),2011, Краков, Польша
    · Математическое моделирование транспорта ауксина в центральном цилиндре
    корня A. thaliana. Третья школа молодых ученых “Биоинформатика и системная
    биология”
    Новосибирск, Россия, 22-25 сентября 2011.
    · Computer simulation confirmed auxin dose-dependent control of root vascular cells
    specification. 7th International Symposium on Structure and Function of Roots 2011,
    Novy Smokovec, Slovakia. p.133
    · Role of auxin dose-dependent control in specification of root vascular cells. Eighth
    International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\
    Systems Biology (BGRS\SB’12), Novosibirsk, 2012
    · Математическое моделирование ауксин зависимого контроля дифференцировки
    сосудистых клеток корня, II(X) Международная Ботаническая Конференция
    молодых ученых в Санкт-Петербурге, Санкт-Петербург, 11-16 ноября 2012
    · Математическое моделирование влияния ауксина на формирование сосудистого
    паттерна корня растения, 18-ая Международная Пущинская школа-конференция
    молодых ученых «Биология наука XXI века», Пущино, 2014
    · Computation modeling of vascular patterning in plant roots, The 9th International
    Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology
    (BGRS\SB’14), Novosibirsk, 2014
    · Математическое моделирование распределения концентрации ауксина в клетках
    горизонтального слоя корня, XII Международная конференция студентов,
    аспирантов и молодых ученых "Перспективы развития фундаментальных наук",
    Томск, 2015
    · Effect of salt bridges rupture on the activity and thermostability of chymosin, The 9th
    International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\
    Systems Biology (BGRS\SB’18), Novosibirsk, 2018