Здравствуйте! Почти три года занимаюсь геномной биоинформатикой. Погружение начал с анализа данных геномов прокариот - нужно было собрать и проаннотировать несколько геномов бактерий. Для автоматизации процесса освоил Snakemake и написал приложение (Pannopi) осуществляющее все необходимые шаги обработки.

Полученных на данном этапе навыков было достаточно чтобы автоматизировать любой процесс, который нужен был для проектов лаборатории. Так, были разработаны приложения для аннотации геномов эукариот (Paniman), сборки и аннотации транскриптомов (Trannopi), оценки и удаления контаминаций из геномов прокариот и эукариот (Contera).

Все приложения можно оценить на моей странице GitHub https://github.com/zilov

Навыки:
Python - умею парсить любые текстовые файлы, писать приложения и врапперы для приложений;
Snakemake - могу составить пайплайн с ветвлением в зависимости от результатов каждого этапа. Не хватает опыта контейнеризации и работе в кластере/облаке (работал только на одном, но мощном сервере);
Conda - могу установить любое приложение, засабмитить собственное приложение в Bioconda или свой канал;
Git/GitHub - стандартные add-commit-push, ветвление, разрешение конфликтов. Работал чаще один, не хватает опыта командной разработки;

Проекты:
1) Сборка и аннотация геномов эукариот: для научных проектов собирал геномы Boechera falcata и Nasonia vitripennis. Работал как с данными Illumina, так и c BGI, Pacbio HiFi, Oxford Nanopore. Для улучшения сборок и аннотации дополнительно использовал данные RNAseq.
2) Частный анализ вариаций в геноме человека: имелись данные секвенирования BGI, необходимо было отколлить варианты, проанализировать литературу по заболеванию и определить наличие/отсутствие риска развития заболевания по вариациям. Использовал Google Deepvariant, SNP Effect, Clinvar, iobio.
3) Анализ метагеномов больных язвенным колитом. Обрабатывал данные секвенирования 16S, моя часть работы заключалась в получении OTU / ASV из данных. Использовал пайпланы: DADA2, UPARSE/UNOISE, QUIIME2.
4) Подбор универсальных праймеров для всех видов Mycoplasma, Ureoplasma, Acholeplasma. Использовал к-мерный анализ, базы данных однокопийных генов, кластеризацию mmseq2, филогению с помощью iqtree, подбор праймеров с помощью primer3.

Помимо разработки, заинтересован в передачи знаний и навыков и работе в команде. В 2020 и 2021 году прочитал курс по введению в биоинформатику для магистров, научил работать в командной строке, jupyter, conda, находить ассоциации SNP генома человека, собирать и аннотировать геномы бактерий.

Последний год прохожу обучение на фронтенд разработчика в Яндекс Практикуме, есть навыки на уровне джуниора в верстке, JS, React, Node.js.

В свободное время тренируюсь в команде университета по мини-футболу, играю в видео-игры (Кодзима правда гений) и потребляю научпоп контент - Колмановский, Шульман и Ася Казанцева в сердечке.

GitHub:  https://github.com/zilov
Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=oJdigWkAAAAJ&hl=ru