Александр Б.

Биоинформатик, генетик

Ищу работу в науке. Особо интересуют проекты на стыке генетики и медицины.

Последнее обновление резюме 07.11.2022
Адрес Иркутск, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

Лимнологический Институт СО РАН
Главный специалист по биоинформатике
Окт 2021 - Текущий
С недавних пор специализируюсь на анализе сообществ микроорганизмов путём метабаркодинга.
Лимнологический Институт СО РАН
Ведущий инженер
Сен 2017 - Окт 2021
С 2017 по 2021 год специализировался на анализе эволюционных отношений кольчатых червей. Освоил все этапы данного процесса: от сбора материала в экспедициях до выделения и секвенирования ДНК и биоинформационного анализа данных секвенирования по Сэнгеру и по технологии Illumina.

Образование

Лимнологический Институт СО РАН
Аспирант
Сен 2017 - Авг 2021

В чем вы сильны?

На данный момент занимаюсь написанием кандидатской диссертации по структуре и эволюции митохондриальных геномов реликтовых пиявок. В работе занимаюсь как мокрым анализом (выделение ДНК, ПЦР, гель-электрофорез), так и биоинформационным анализом данных секвенирования. Знаком со сборкой и аннотацией данных NGS.

В качестве основной операционной системы пользуюсь Linux Ubuntu или Manjaro. Работал с программными пакетами FastQC, MIRA5, MitoZ, bowtie2, Tablet, MARS, MUSCLE, Clustal Omega, Mafft, jModelTest, PartitionFinder2, IQ-TREE, BEAST2, BLAST, Expasy, Aragorn, barrnap, Mega X, Ugene, R, QIIME2.

Не всегда при работе получается найти готовые инструменты, поэтому в качестве хобби, имеющего прикладное применение в работе, занимаюсь программированием на Python 3 и C++. Мой профиль на GitHub: https://github.com/bolbatav

Готов обучаться новым техникам и менять мир к лучшему.

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Статьи в научных журналах:

  1. Bolbat A., Bukin Yu, Kaygorodova I. Genome-Based Taxa Delimitation (GBTD): A New Approach. Diversity 2022, 14, 948.
  2. Bolbat A., Matveenko E., Dzyuba E., Kaygorodova I. The first mitochondrial genome of Codonobdella sp. (Hirudinea, piscicolidae), an endemic leech species from Lake Baikal, Russia and reassemblyof the Piscicola geometra data from SRA. Mitochondrial DNA Part B: Resources 2021 6(11): 3112-3113.
  3. Bolbat A.V., Vasiliev G.V., Cios S. and Kaygorodova I.A. The first mitochondrial genome of the relic Acanthobdella peledina (Annelida, Acanthobdellida). Mitochondrial DNA Part B: Resources 2020 5(3): 3300-3301.
  4. Kaygorodova I., Bolbat N.B., Bolbat A.V. Species delimitation through DNA barcoding of freshwater leeches of the Glossiphonia genus (Hirudinea: Glossiphoniidae) from Eastern Siberia, Russia. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 2020, 00: 1-10.
  5. Болбат А.В., Сороковикова Н.В., Кайгородова И.А. Оценка эффективности использования митохондриального маркера 12s для реконструкции филогении акантобделлид. Генетика 2019, 55 (12): 1461-1465.
  6. Болбат А.В., Кайгородова И.А., Букин Ю.С., Федорова Л.И., Сороковикова Н.В. Применение биоинформационных методов для определения границ видов пиявок рода Erpobdella. Известия ИГУ. Экология, Биология 2017, 20: 3-13.

Материалы конференций:

  1. Болбат А.В., Кайгородова И.А. 170 лет изучения реликтовых паразитов: итоги и актуальные вопросы. Материалы IV Всероссийской конференции с международным участием "Разнообразие почв и биоты северной и центральной Азии", Улан-Удэ, Россия, 15-18 июня 2021, с. 76.
  2. Болбат А.В., Болбат Н.Б., Васильев Г.В., Богданова В.С., Матвеенко Е.Ю., Кайгородова И.А. Эффект использования полных митохондриальных геномов и их отдельных фрагментов для делимитации видов. Proceedings of the twelfth International young Scientists School Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2020), Republic of the Crimea, Russia, September 14–20, 2020, с. 65.
  3. Bolbat A, Vasiliev G, Bogdanova V, Kaygorodova I. New data on Acanthobdellida phylogeny based on complete mitochondrial genomes. Proceedings of the 12th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology, Multiconference (BGRS\SB-2020), Novosibirsk, Russia, 06-10 July 2020, p. 202-203.
  4. Bolbat A., Sorokovikova N., Kaygorodova I. Estimation Of 12s Marker Fragment Effectiveness For Ancient Phylogeny Reconstruction. // Proceedings of the 11th international young scientists school «Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019), Novosibirsk, Russia, 24-28 June 2019, p. 10.
  5. Bolbat N., Bolbat A., Kaygorodova I. DNA barcode-based delimitation of the Glossiphonia species. // Proceedings of the 11th international young scientists school «Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019), Novosibirsk, Russia, 24-28 June 2019, p. 11.
  6. Mandzyak N.B. (Bolbat), Bolbat A.V., Fedorova L.I., Kaygorodova I.A. Usefulness of molecular approach for species delimitation within Siberian flat leeches’ fauna (Annelida, Hirudinea, Glossiphoniidae). Proceedings of the 14th International Symposium on Aquatic Oligochaeta (ISAO 2018), 2018. - p. 43.
  7. Mandzyak N.B. (Bolbat), Kaygorodova I.A., Bolbat A.V. DNA barcoding of Eastern Siberian flat leeches (Hirudinea: Glossiphoniidae. Proceedings of the 5th Moscow International Conference Molecular Phylogenetics and Biodiversity Biobanking (MolPhy-5), 2018, p. 93.
  8. Болбат А.В., Кайгородова И.А., Букин Ю.С. Применение биоинформационных методов в молекулярной экологии. Вестник Иркутского университета 2017, 20: 39-40.