Елизавета К.
Руководитель отдела биоинформатики, опытный биоинформатикСтажировка/частичная занятость/проектная работа
Последнее обновление резюме | 05.01.2024 |
Адрес | Москва, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Телефон | Заблокировано |
Опыт
Руководитель отдела биоинформатики
Биоинформатик
Биоинформатик (аспирант)
Участие в написании статей, участие в научно-практических конференциях
Выполнение задач в рамках грантов.
Образование
ФГБНУ Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии (ВНИИСБ)
Российский государственный аграрный университет — МСХА им. К. А. Тимирязева, Москва, Россия
Факультет 'Агрономия', направление 'Генетика,селекция и семеноводство'.
Диплом бакалавра с отличием. Средний балл - 4,8
Российский государственный аграрный университет — МСХА им. К. А. Тимирязева, Москва, Россия
Факультет 'Садоводство и ландшафтная архитектура', направление 'Ландшафтная архитектура'.
Диплом бакалавра с отличием. Средний балл - 4,8
В чем вы сильны?
Навыки:
- Опыт работы в системах Unix/Linux;
- Навыки программирования на Python (Pandas, matplotlib, numpy, Keras и тд), R, bash, SQL ;
- Опыт работы с методами машинного обучения (кластеризация, классификация, регрессия и временные ряды);
- Docker, conda;
- Опыт работы в области структурной биоинформатики (создание новых баз данных и оригинальных компьютерных программ, алгоритмов для анализа ДНК- и РНК-белковых взаимодействий);
- Опыт работы с данными секвенирования нового поколения ;
- Опыт работы со стандартным набором биоинформатических методов и инструментов для анализа данных NGS в командной строке ;
- Многозадачность. Способность участвовать в нескольких проектах одновременно;
- Хорошее знание общедоступных баз данных и умение интерпретировать информацию
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
- Сборка алгоритма для метагеномного анализа
данных 16S рРНК ; - Сборка алгоритма для CNV-анализа с
использованием данных с низким покрытием (low-coverage whole genome sequencing); - RNA-seq анализ;
- Анализ экспрессии микроРНК;
- Обработка данных с SNP-чипов;
- Другие проекты в рамках различных исследований
analysis" компании Blastim, "R programming, statistics and data analysis"
компании Blastim
Навыки работы в командной строке, написания кодов на языке Python для анализа биологических данных, работа на GitHub, написания алгоритмов на основе соединения биоинформатических инструментов. Работа в GBrowse. Участие в научно-практических конференциях с устными или стендовыми докладами.
Опыт написания различных по формату материалов: статей, обзоров, отчетов, тезисов.
Использование биоинформатических методов при анализе мегаданных, которые были получены с использованием «омиксных» подходов
Статьи:
1. Genomic survey and Nanopore direct RNA sequencing provide new insight into the organization and transposition activity of highly expressed LTR retrotransposons of sunflower (Helianthus annuus L.). MDPI (https://doi.org/10.3390/ijms21239331)
2. Nanopore RNA sequencing revealed long non-coding and LTR retrotransposon-related RNAs expressed at early stage of triticale seed development. MDPI (https://doi.org/10.3390/plants9121794)
Публикации тезисов и участие в конференциях :
1. Колганова Е.И., Муравенко О.В., Киров И.В. NanoTRF: программа для de novo поиска высококопийных тандемных повторов в данных нанопорового секвенирования ДНК растений. ХХ 20-й Всероссийская конференция молодых учёных, посвященная памяти академика РАСХН Георгия Сергеевича Муромцева,Москва, 2020: сборник тезисов докладов. Москва, ВНИИСБ. С.22-23
2. Kolganova E., Muravenko O., Kirov I. De novo identification and sequence assembly of high-copy tandem repeats in raw data Oxford Nanopore plant DNA sequencing data. Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2020): The Twelfth International Young Scientists School (September 14–20, 2020, Novosibirsk, Russia),2020.pp.34 DOI 10.18699/SBB-2020-17
3. Comparative analysis of repeatome composition of four allopolyploid Poaceae species
Заочное участие в BGRS/SB-2020, сертификат участника
4. Е.И. Колганова, И.В. Киров. NanoTRF:программа для de novo поиска высококопийных тандемных повторов в данных нанопорового секвенирования. Материалы конференции БНП2020. Актуальная биотехнология. 2020. №3(34), с.535-536
5. М.Р. Омаров, П.Ю. Меркулов, С.А. Гварамия, Е.И. Колганова, И.В. Киров. Ретротранскриптом растений: закономерности организации и масштабы.Материалы конференции БНП2020. Актуальная биотехнология. 2020. №3(34), с.543-544