Мария Р.

биоинформатик

Удаленная работа, работа на полный день, стажировка

Последнее обновление резюме 25.04.2022
Адрес Санкт-Петербург, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано

Опыт

BostonGene
Младший биоинформатик
Фев 2021 - Текущий
Анализ данных RNA-seq датасетов по крови из открытых баз данных (GEO, ArrayExpress). Анализ экспрессий генов с помощью диф экспрессии, кластерного анализа, поиск сигнатур

Инструменты:
-Python (Jupyter notebook, pandas, numpy, seaborn, matplotlib)
ИТМО
Аналитик-стажер
Июл 2020 - Ноя 2020
Анализ данных РНК-секвенирования, поиск ответственных за болезнь мутаций методами: variant calling, differential expression analysis, pathways analysis, network analysis, alternative splicing analysis

Образование

Университет ИТМО
Магистр биоинформатики
Сен 2018 - Июн 2020
Магистратура по биоинформатике и системной биологии Университета ИТМО на английском языке
РГПУ им А.И. Герцена
Бакалавр биологии
Сен 2014 - Июн 2018
Бакалавриат по общей биологии РГПУ им А.И. Герцена, диплом с отличием

В чем вы сильны?

Научные интересы:

Анализ NGS данных

Исследование возможности использования RNA-seq данных для повышения качества диагностики пациентов с врожденными генетическими заболеваниями

Навыки:

  • Программирование R/Python (pandas, numpy, seaborn)
  • Работа с командной строкой (Bash)
  • Умение работать с планировщиком заданий для серверов slurm
  • Навыки работы с GATK для анализа данных NGS
  • Анализ качества RNA-seq данных (RSeqQC, FastQC, FastQ Screen)
  • Уверенные знания английского языка
  • Snakemake, Docker, Git

Есть опыт получения vcf файлов из сырых RNA-seq данных и анализа germline мутаций (VEP, ANNOVAR)

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Увлечения:

Иностранные языки, самостоятельно выучила английский язык, в процессе самостоятельного обучения испанскому языку.

Рисование, диплом об окончании художественной школы.

Самообразование, прохождение курсов на Stepik (Программирование на Python, Основы статистики, Молекулярная биология и генетика, Введение в молекулярную биологию и биомедицину, Биотехнологии: генная инженерия), просмотр лекций на Youtube: MIT 18.06SC Linear Algebra from Gilbert Strang, MIT 18.01 Single Variable Calculus from Gilbert Strang, MIT 6.0001 Introduction to Computer Science and Programming in Python from Dr. Ana Bell