Александр В.
Биоинформатик с опытом работыИщу удаленную фулл-тайм работу или частичную занятость, разовые проекты.
Последнее обновление резюме | 06.10.2022 |
Адрес | Новосибирск, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Телефон | Заблокировано |
Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
BostonGene
Middle Биоинформатик
Middle Биоинформатик
Дек 2021
- Июл 2022
Обязанности: выделение мутационных подтипов рака (кластеризация бинарных разреженных матриц), анализ мутационных сигнатур (факторизация матриц), интерпретация данных секвенирования опухолей пациентов.
Достижения:
1. Выделил мутационные подтипы рака, значимо отличающиеся по выживаемости. Результат был включен в патент США.
2. Внедрил в пайплайн обработки данных новый инструмент для анализа мутационных сигнатур.
Стек: Python (IDE: Jupiter, PyCharm, библиотеки: pandas, numpy, seaborn, sklearn, keras), R, bash, git (BitBucket), docker, prefect pipeline, aws.
Достижения:
1. Выделил мутационные подтипы рака, значимо отличающиеся по выживаемости. Результат был включен в патент США.
2. Внедрил в пайплайн обработки данных новый инструмент для анализа мутационных сигнатур.
Стек: Python (IDE: Jupiter, PyCharm, библиотеки: pandas, numpy, seaborn, sklearn, keras), R, bash, git (BitBucket), docker, prefect pipeline, aws.
Институт Цитологии и Генетики СО РАН
старший лаборант
старший лаборант
Сен 2019
- Сен 2022
Обязанности: анализ данных NGS. Участвовал в четырех RNA-seq проектах и трех WGS проектах.
Достижения:
1. Собрал транскриптом пшеницы и нашел следы диплоидизации в полиплоидном геноме.
2. Изучил экспрессию генов ячменя в двух транскриптомных экспериментах со сложным дизайном (https://doi.org/10.3389/fpls.2022.923717).
3. Являясь единственным биоинформатиком в команде, провел эксперимент по изучению экспрессии генов при прорастании семян гороха (https://doi.org/10.3390/plants11131686).
4. Проанализировал данные SNP генома мыши с инверсией в одной из хромосом. Подобрал инструмент для коллинга делеций в данных секвенирования с низким качеством. Провел анализ покрытия генома приматов, подвергнутых геномному редактированию.
Стек: Python, R, bash, Transcriptomic tools (Fastqc,Fastp,bbtools,STAR,DART,hisat2,edgeR,DESeq2,AgriGO,KEGG), Genomic tools (bowtie2,samtools,bedtools,vcftools,mpileup,VEP,CODEX,manta,SigFit), Metabolomic tools (MapMan, Shiny GAM).
Достижения:
1. Собрал транскриптом пшеницы и нашел следы диплоидизации в полиплоидном геноме.
2. Изучил экспрессию генов ячменя в двух транскриптомных экспериментах со сложным дизайном (https://doi.org/10.3389/fpls.2022.923717).
3. Являясь единственным биоинформатиком в команде, провел эксперимент по изучению экспрессии генов при прорастании семян гороха (https://doi.org/10.3390/plants11131686).
4. Проанализировал данные SNP генома мыши с инверсией в одной из хромосом. Подобрал инструмент для коллинга делеций в данных секвенирования с низким качеством. Провел анализ покрытия генома приматов, подвергнутых геномному редактированию.
Стек: Python, R, bash, Transcriptomic tools (Fastqc,Fastp,bbtools,STAR,DART,hisat2,edgeR,DESeq2,AgriGO,KEGG), Genomic tools (bowtie2,samtools,bedtools,vcftools,mpileup,VEP,CODEX,manta,SigFit), Metabolomic tools (MapMan, Shiny GAM).
Институт Цитологии и Генетики СО РАН
лаборант
лаборант
Окт 2017
- Сен 2019
Обязанности: биоинформатический анализ, изучение экспрессии, секвенирование и нокаут генов.
Достижения:
1. Написал статью с первым авторством на английском языке в журнал PeerJ (impact factor 3.06): https://peerj.com/articles/6266/. Статья имеет 13 цитирований (на момент октябрь 2022).
2. Выступил с устным докладом на английском языке на международной конференции в Будапеште.
3. Выполнил часть работы по гранту РФФИ: секвенировал гены синтеза антоцианов у ячменя, создал генетическую конструкцию для нокаута этих генов.
Стек: методы работы с последовательностями (BLAST, выравнивание, филогения), основные молекулярно-генетические методы (выделение РНК/ДНК, ПЦР (в том числе риалтайм), электрофорез, секвенирование) и биотехнологические методы (дизайн нРНК, молекулярное клонирование, трансформация растений методом биобаллистики).
Достижения:
1. Написал статью с первым авторством на английском языке в журнал PeerJ (impact factor 3.06): https://peerj.com/articles/6266/. Статья имеет 13 цитирований (на момент октябрь 2022).
2. Выступил с устным докладом на английском языке на международной конференции в Будапеште.
3. Выполнил часть работы по гранту РФФИ: секвенировал гены синтеза антоцианов у ячменя, создал генетическую конструкцию для нокаута этих генов.
Стек: методы работы с последовательностями (BLAST, выравнивание, филогения), основные молекулярно-генетические методы (выделение РНК/ДНК, ПЦР (в том числе риалтайм), электрофорез, секвенирование) и биотехнологические методы (дизайн нРНК, молекулярное клонирование, трансформация растений методом биобаллистики).
Образование
Новосибирский Государственный Университет
Магистратура
Магистратура
Сен 2019
- Июн 2021
Факультет естественных наук, кафедра биоинформатики. Красный диплом.
Новосибирский Государственный Университет
Бакалавриат
Бакалавриат
Сен 2015
- Июн 2019
Факультет естественных наук, кафедра цитологии и генетики. Красный диплом.
В чем вы сильны?
- Люблю учиться: прохожу курсы по программированию и анализу данных на степике (https://stepik.org/users/136716144), решаю задачи на codewars (https://www.codewars.com/users/avikhorev).
- Имею опыт работы в качестве ученого в лаборатории (3 года), опыт проектной работе на фрилансе (5 проектов, два из них есть на гитхабе https://github.com/vikhall), опыт работы в коммерческой компании (анализировал онкологические данные, писал продуктовый код на python и R).
- Имею опыт выступления на конференциях (на русском языке 10+ раз, на английском языке 3 раза).
- Имею опыт публикации статей на английском языке в международных рецензируемых журналах (https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57205139873).
- Имею опыт преподавания (проводил workshop по обработке данных RNA-seq на школе-конференции SBB-2021).
- Имею опыт создания олимпиадных задач (делал задачи для отбора, полуфинала и финала олимпиады Я-профессионал по направлению биоинженерия и биоинформатика, а также делал задачи для олимпиады НТО по геномному редактированию).
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
В бакалавриате учился на генетика и работал в молекулярно-генетической лаборатории. В ходе работы увлекся программированием и анализом биологических данных, поэтому стал биоинформатиком.
В свободное время играю на барабанах, а также люблю кататься на велосипеде на природе, играть в шахматы и настольный теннис.