Софья Г.

Молекулярный биолог

Ищу работу в сфере молекулярной и системной биологии

Последнее обновление резюме 17.09.2021
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

ФГБНУ Всероссийский научно-исследовательский институт
Лаборант-исследователь (магистр)
Ноя 2019 - Сен 2021
Лаборатория маркерной и геномной селекции растений - Группа изучения биологии мобильных элементов

Выполнение задач в рамках грантов РФФИ, РНФ и Гранта Президента РФ по изучению активности, мобильности и случаев доместикации ретротранспозонов в различных растениях на базе нанопорового секвенирования и данных масс-спектрометрии, изучение тандемных повторов.
* Выделение ДНК/РНК/белка из биологических образцов;
* Постановка ПЦР, ОТ-ПЦР, ПЦР в реальном времени, подбор праймеров;
* Электрофорез в агарозном и полиакриламидном гелях;
* Выделение экстрахромосомных кольцевых молекул ДНК, постановка Rolling Circle Amplification;
* Дизайн направляющих РНК для системы CRISPR/Cas9;
* Сборка RNP комплексов, in vitro тестирование и трансфекция протопластов для CRISPR/Cas9 редактирования;
* Создание трансгенных растений методами агробактериальной трансформации и "floral dip";
* Секвенирование РНК, ДНК и кДНК на платформе Oxford Nanopore (MinION) - подготовка образцов, создание библиотек, запуск секвенатора;
* Работа с геномными браузерами и базами данных;
* Статистический анализ;
* Анализ данных масс-спектрометрии при помощи ПО "Peaks", "MaxQuant";
* Участие в написании статей, отчетов по грантам;
* Участие в научно-исследовательских и научно-практических конференциях, подготовка лабораторных семинаров и лекций;
* Закупка лабораторного оборудования и реагентов.
Достижения: секвенирование транскриптома мутантных растений арабидопсиса, подсолнечника, тополя; получены масс-спектрометрические данные о ретропротеоме мутантов арабидопсиса; получены трансгенные растения арабидопсиса с оверэкспрессией белка оболочки транспозонов; верификация результатов работы созданного пайплайна по поиску тандемных повторов; разработан метод «избирательного» секвенирования транспозонов на основе РНП комплексов; публикация статей и тезисов, участие в международных конференциях.
ФГБНУ Всероссийский научно-исследовательский институт
Лаборант-исследователь
Мар 2018 - Дек 2019
Лаборатория клеточной биологии

Проведение работ в области клеточной биотехнологии и молекулярной биологии.
* Работа с культурой клеток и тканей растений;
* Получение трансгенных растений методом агробактериальной трансформации;
* Введение и поддержание растений в культуре in vitro, оптимизация условий выращивания;
* Верификация трансгенных растений с помощью молекулярных методов (выделение ДНК, ПЦР, гель-электрофорез);
* Сборка векторных конструкций.
Достижения: получение трансгенных линий томата, оптимизация выращивания и генетическая трансформация клещевины.

Образование

Российский государственный аграрный университет - МСХА им. К.А. Тимирязева
Магистр
Сен 2019 - Июл 2021
Профиль: Генетика, селекция и семеноводство
Российский государственный аграрный университет - МСХА им. К.А. Тимирязева
Бакалавр
Сен 2015 - Июл 2019
Профиль: Селекция и семеноводство сельскохозяйственных культур

В чем вы сильны?

Выделение нуклеиновых кислот и белков; секвенирование на платформе Oxford Nanopore; дизайн и синтез гидовых РНК и сборка RNP комплексов; культура клеток и тканей; генетическая трансформация растений; PCR, RT-PCR, qPCR; электрофорез белков и нуклеиновых кислот; western blot; иммунолокализация белков; анализ данных масс-спектрометрии (MaxQuant, Peaks).

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Публикации:
Kirov I, Odintsov S, Omarov M, Gvaramiya S, Merkulov P, Dudnikov M, Ermolaev A, Van Laere K, Soloviev A, Khrustaleva L. Functional Allium fistulosum Centromeres Comprise Arrays of a Long Satellite Repeat, Insertions of Retrotransposons and Chloroplast DNA. Front Plant Sci. 2020 Oct 23;11:562001. doi: 10.3389/fpls.2020.562001.

Kirov I. et al. Genomic and Transcriptomic Survey Provides New Insight into the Organization and Transposition Activity of Highly Expressed LTR Retrotransposons of Sunflower (Helianthus annuus L.) //International journal of molecular sciences. – 2020. – Т. 21. – №. 23. – С. 9331.

Kirov I. et al. Illuminating the transposon insertion landscape in plants using Cas9-targeted Nanopore sequencing and a novel pipeline //bioRxiv. – 2021. (Per review)
Конференции:
SBB-2020: 12-я Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» - 2 место. Постерная сессия (2020).
6th INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE “PLANT GENETICS, GENOMICS, BIOINFORMATICS AND BIOTECHNOLOGY” (PlantGen2021) - 3 место. Постерная сессия (2021).
Тезисы:
Gvaramiya, S., Merkulov, P., Omarov, M., & Kirov, I. (2020). Nanopore-based retrotranscriptome analysis and proteome screening of A. thaliana ddm1 mutant. SBB-2020, 14. DOI 10.18699/SBB-2020-14  
Gvaramiya, S., Omarov, M., & Kirov, I. (2020). Retrotransposons of Arabidopsis thaliana expressed in wild-type plants. In BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020) (pp. 316-316). DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-198
АНАЛИЗ РЕТРОТРАНСКРИПТОМА И РЕТРОПРОТЕОМА A. THALIANA НА ОСНОВЕ ДАННЫХ НАНОПОРОВОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ. ГВАРАМИЯ С., МЕРКУЛОВ П., ОМАРОВ М., КИРОВ И. Сборник тезисов докладов 20-й Всероссийской конференции молодых учёных, посвященной памяти академика РАСХН Георгия Сергеевича Муромцева. Москва, 2020 DOI: 10.48397/ARRIAB.2020.20.004
НАНОПОРОВОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК МУТАНТА АРАБИДОПСИСА (DDM1) С АКТИВНОЙ ЭКСПРЕССИЕЙ РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ С.А. Гварамия, П.Ю. Меркулов, М.Р. Омаров, И.В. Киров. Актуальная биотехнология, №3 (34), 2020
ОСОБЕННОСТИ ЭКСПРЕССИИ РЕТРОТРАНСПОЗОНОВ ПОДСОЛНЕЧНИКА НА УРОВНЕ ИЗОФОРМ. МЕРКУЛОВ П.Ю., ГВАРАМИЯ С.А., ОМАРОВ М.Р., КИРОВ И.В. Сборник тезисов докладов 20-й Всероссийской конференции молодых учёных, посвященной памяти академика РАСХН Георгия Сергеевича Муромцева. Москва, 2020. DOI: 10.48397/ARRIAB.2020.20.007 
РЕТРОТРАНСКРИПТОМ РАСТЕНИЙ: ЗАКОНОМЕРНОСТИ ОРГАНИЗАЦИИ И МАСШТАБЫ М.Р. Омаров, П.Ю. Меркулов, С.А. Гварамия, Е.И. Колганова, И.В. Киров Актуальная биотехнология, №3 (34), 2020
Gvaramiya, S., Merkulov, P., Omarov, M., Komakhin, R., & Kirov, I. (2021). T-DNA site identification by Cas9-targeted and whole-genome Nanopore sequencing of Arabidopsis thaliana. In Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (pp. 93-93).
Kirov, I., Merkulov, P., Gvaramiya, S., Omarov, M., Dudnikov, M., Kolganova, E., ... & Soloviev, A. (2021). Breakthroughs in plant retrotranscriptome and mobilome characterization enabled by Nanopore sequencing. In Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (pp. 113-113).
Omarov, M., Merkulov, P., Gvaramiya, S., & Kirov, I. (2021). Epigenetic profiling of plant LTR retrotransposon copies using Nanopore sequencing. In Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (pp. 162-162).