Юрий К.
Начинающий хемоинформатикMSc/PhD/ работу в области компьютерного моделирования и дизайна лекарств
Последнее обновление резюме | 04.11.2021 |
Адрес | Minsk, Belarus |
Электронная почта | Заблокировано |
Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
БГМУ
ассистент кафедры фармакологии
ассистент кафедры фармакологии
Авг 2019
- Текущий
Образование
БГМУ
Лечебное дело
Лечебное дело
Сен 2012
- Июн 2018
В чем вы сильны?
Знания:
- Общая и частная фармакология (преподавание на русском и английском языках)
- Основные разделы математики: Математический анализ (в том числе основы векторного анализа), линейная алгебра, теория вероятности и статистика
- хемоинформатика и компьютерный дизайн лекарств
- Программирование на языках: Python, JS, HTML, CSS
- Работа с литературой, написание систематических обзоров и мета-анализ клинических исследований
Работа с библиотеками и технологиями:
- ML & CADD: RDkit, pandas, numpy, sklearn, tensorflow
- Web: Django, django rest framework, requests, gunicorn, celery
- JS: Vue.js
- Docker, nginx, postgresql, AWS s3
Навыки в области хемоинформатики:
- Написание скриптов для работы с API баз данных (CHEMBL)
- Обработка данных (удаление Nan, удаление дубликатов, визуализация данных, проверка на мультиколлинеарность, кодирование категориальных переменных)
- Работа с данными: Стандартизация, логарифмическая трансформация, обнаружение выбросов, описательные статистики, бутстрап, А/Б тестирование, permutation.
- Представление и визуализация молекул: SMILES, графовое представление, 3D-визуализация. Работа со фрагментарными, химико-физическими, структурными и топологическими дескрипторами.
- Кластеризация химических соединение ( Butina clustering )
- Построение модели фармакофора, поиск новых активных соединений (ZINC) в соответствии с обнаруженными фармакофорными центрами
- Построение моделей машинного обучения для предсказания активности ( EC50, IC50, Ki ) химических соединений
- Построение глубоких нейронных сетей, построение сверточных нейронных сетей, основанных на SMILEs
- Молекулярный докинг
- In silico ADME & toxicity: Lipinski, PAINS, Unwanted substructure filtering
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Индивидуальный проект
- Реализация генетического алгоритма для выравнивания и наложения молекул с последующим построением фармакофора
- Разработка веб приложения для построения фармакофора
Руководство подготовкой и написанием студенческих научных работ в сфере машинного обучения и мета-анализа клинических исследований.