Юрий К.

Начинающий хемоинформатик

MSc/PhD/ работу в области компьютерного моделирования и дизайна лекарств

Последнее обновление резюме 04.11.2021
Адрес Minsk, Belarus
Электронная почта Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

БГМУ
ассистент кафедры фармакологии
Авг 2019 - Текущий

Образование

БГМУ
Лечебное дело
Сен 2012 - Июн 2018

В чем вы сильны?

Знания:

  • Общая и частная фармакология (преподавание на русском и английском языках)
  • Основные разделы математики: Математический анализ (в том числе основы векторного анализа), линейная алгебра, теория вероятности и статистика
  • хемоинформатика и компьютерный дизайн лекарств
  • Программирование на языках: Python, JS, HTML, CSS
  • Работа с литературой, написание систематических обзоров и мета-анализ клинических исследований

Работа с библиотеками и технологиями:

  • ML & CADD: RDkit, pandas, numpy, sklearn, tensorflow  
  • Web: Django, django rest framework, requests, gunicorn, celery 
  • JS: Vue.js
  • Docker, nginx, postgresql, AWS s3

Навыки в области хемоинформатики:

  • Написание скриптов для работы с API баз данных (CHEMBL)
  • Обработка данных (удаление Nan, удаление дубликатов, визуализация данных, проверка на мультиколлинеарность, кодирование категориальных переменных)
  • Работа с данными: Стандартизация, логарифмическая трансформация, обнаружение выбросов, описательные статистики, бутстрап, А/Б тестирование, permutation.
  • Представление и визуализация молекул: SMILES, графовое представление, 3D-визуализация. Работа со фрагментарными, химико-физическими, структурными и топологическими дескрипторами.
  • Кластеризация химических соединение ( Butina clustering )
  • Построение модели фармакофора, поиск новых активных соединений (ZINC) в соответствии с обнаруженными фармакофорными центрами 
  • Построение моделей машинного обучения для предсказания активности ( EC50, IC50, Ki ) химических соединений
  • Построение глубоких нейронных сетей, построение сверточных нейронных сетей, основанных на SMILEs
  • Молекулярный докинг
  • In silico ADME & toxicity: Lipinski, PAINS, Unwanted substructure filtering   

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Индивидуальный проект

  • Реализация генетического алгоритма для выравнивания и наложения молекул с последующим построением фармакофора
  • Разработка веб приложения для построения фармакофора  

Руководство подготовкой и написанием студенческих научных работ в сфере машинного обучения и мета-анализа клинических исследований.