Навыки в анализе и интерпретации данных NGS:
- Работа в командной строке системах Unix/Linux; Создание и работа на виртуальных машинах Яндекс Cloud
- Транскриптомных данных Illumina/Nanopore по биоинформатическим протоколам (base-calling, fastqc, STAR, Hisat2, kallisto, salmon, featureCounts и др.) + Нормализация/Диф.экспрессия (DESeq2, edgeR и их реализация в Python). Базы данных NCBI, SRA, UniProt, Ensembl, GEO, KEGG, Reactome, IGV, и т.д.
- Красивая визуализация данных разными инструментами (Python, R, продвинутый пользователь Excel)
- Протеомных raw данных (MaxQuant)
- Геномных данных для variant-calling (deepvariant, GATK4)
- Клиническая интерпретация генетических вариантов согласно рекоммендациям ACMG панелей генов и экзомы (решение реальных случаев в рамках прохождения MGNGS School'23); Базы данных gnomAD, ClinVar, SpliceAI, UCSC Genome Browser, OMIM и другие; Формирование заключений
- Статистический анализ данных, PCA, корреляции

Навыки программирования:
- Разный опыт программирования на Python - от анализа данных (pandas, numpy, matplotlib, scipy, PyDESeq2, seaborn и др.) до создания десктопных приложений, баз данных (SQLite, DB Browser for SQLite) и собственного веб-сайта (django, PySide, css html) (учебные проекты в рамках получения диплома ДПО по программированию Python (МФТИ)
- Знаю R (tidyverse, DESeq2), но выбираю Python :)
- Google Collab/Jupiter Notebook

Навыки работы с документами:
- Написания различных по формату материалов: статей, обзоров, отчетов НИР, тезисов
- Оформление биоинформатических протоколов
- Создание презентаций, постеров и картинок на высоком уровне

Учеба:
- Закончила магистратуру МФТИ по специальности "Биоинженерия и биоинформатика" (2023);
- Продила курсы по анализу данных (Blastim, МФТИ, MGNGS School'23, Stepik), воркшопы по биоинформатике (Skolkovo)
- Преподавала студентам начальные практические семинары по биоинформатике и работе на сервере

Основная область научных интересов - транскрипция, трансляция, альтернативный сплайсинг

Статьи:
1. Principal Component Analysis of Alternative Splicing Profiles Revealed by Long-Read ONT Sequencing in Human Liver Tissue and Hepatocyte-Derived HepG2 and Huh7 Cell Lines
(https://www.mdpi.com/1422-0067/24/21/15502)

2. Comparison of Alternative Splicing Landscapes Revealed by Long-Read Sequencing in Hepatocyte-Derived HepG2 and Huh7 Cultured Cells and Human Liver Tissue
(https://www.mdpi.com/2079-7737/12/12/1494)

3. Food for Thought: Proteomics for Meat Safety
(https://www.mdpi.com/2075-1729/13/2/255)

Конференции:
1. Постерный доклад на AOHUPO&AOAPO, Сингапур 2023: "Accuracy of NGS Data Processing Algorithms Using Simulated Data" (Sarygina et al., 2023)

2. One-Day Online Roundtable on Bioinformatics II Annual School for Young Researchers on Genetic Technologies 15 April 2023, докладчик

3. Second Moscow International Conference on Multi-omics Technologies for Precision Medicine, NOVEMBER 20-21, SKOLTECH, докладчик