Группа квалифицированных испытаний.

Задачи:
- Проверка реактивов методом ПЦР: в реальном времени и с электрофоретической детекцией в агарозном геле;
- Выделение РНК/ДНК из клинического материала;
- Выделение искусственных конструкций наборами реагентов;
- Написание технологических карт;
- Подтверждение стабильности новой продукции, продление срока годности;
- Экспериментальное подтверждение критериев входного контроля сырья, постадийного и выходного контроля;
- Проведение квалификационных и типовых испытаний для наборов ПЦР диагностики.

Основные достижения:
- Ознакомление с действующими документами СМК; международными стандартами ISO 13485;
- Пройдено обучение в рамках программы повышения квалификации «Молекулярно-генетические технологии в диагностике и обеспечении биобезопасности», модуль «ПЦР диагностика инфекционных заболеваний»
- Овладение методиками ПЦР:
-- FRT: флуоресцентная детекция с количественным/качественным определением в реальном времени;
-- Eph: электрофоретическая детекция в агарозном геле;
-- FEP: флуоресцентная детекция по конечной точке;
-- dd-PCR: Droplet Digital - капельная ПЦР для определения точной концентрации;
- Работа с амплификаторами роторного и планшетного типа с активным регулированием: Rotor-Gene, ДТ, CFX, Терцик;

Участок производства ферментов.

Задачи:
- Приготовление питательных сред;
- Приготовление чашек Петри;
- Приготовление компетентных клеток;
- Приготовление музейного посевного материала белков;
- Культивирование биомассы клеток E.coli: в колбах и ферментерах Biostat Cplus на 15 и 35 л;
- Культивирование дрожжей Pichia pastoris;
- Лизис биомассы клеток;
- Приготовление растворов для регенерации сорбентов для хроматографии;
- Приготовление стоковых растворов;
- Аффинная и ионообменная хромотография;
- Работа на хроматографе среднего давления АКТА;
- Электрофоретический анализ белков в полиакриламидном геле;
- Анализ белков методом обращенно-фазовой ВЭЖХ;
- Измерение концентрации белка;
- Диализ фракции белка;
- Наработка, очистка (из E.coli, CHO) и характеризация аллергенов и антигенов для научных групп;

Основные достижения:
- Освоение методики работы на хроматографе и ферментере;
- Освоение принципов работы с клетками CHO и дрожжами Pichia pastoris;
- Освоение работы с лабораторным оборудованием: pH-метр, промышленная центрифуга, шейкер, автоклав, спектрофотометр;
- Участие в выпуске набора реагентов для качественного определения РНК SARS-CoV-2 в биологическом материале методом обратной транскрипции и изотермической амплификации (ОТ-ИТ) с флуоресцентной детекцией продуктов амплификации;
- Для фермента Bst-полимераза были разработаны методики трансформации, культивирования, очистки, составы буферов для хранения, определения рабочей концентрации фермента, также проведено масштабирование от 5-литровых колб до 35-литрового ферментера. Проведение валидации всех технологических процессов.

Задачи и результаты:
-Ознакомление с системой менеджмента качества, сертификации ISO 9001:2008 и ISO 13485:2003;
-Анализ организационной структуры предприятия Эколаб;
-Описание технологической схемы производства набора для ИФА;
-Описание принципов работы набора «ИФА – Трийодтиронин-общий»;
-Проведение контроля качества серийного набора реагентов ИФА-ТТ3-1: определение чувствительности, воспроизводимости и теста на открытие;
-Описание процесса утилизации отходов А, Б, Г;
-Исследование технической документации реакционной аппаратуры и контрольно-измерительной техники;

Биоинформатика

Задачи:
- Расчеты энергии взаимодействия фермент–субстратного комплекса с помощью ПО AmberTools 16 и Amber 14;
- Получение молекулярно-динамических траекторий для системы фермент–субстратного комплекса в растворе;
- Оценка термодинамических вкладов в процесс образования фермент–субстратного комплекса методом MM/GBSA;

Результаты:
- Освоение профильного программного обеспечения для выполнения работ: AmberTools 16 и Amber 14, работа в командной строке Linux, Python, R;
- Подготовлена топологии комплекса LdtMt2– фрагмент пептидогликана;
- Получены и проанализированы молекулярно–динамические траектории свободного фермента LdtMt2 и устойчивых фермент–субстратных комплексов LdtMt2–L-Ala-D-γGlu-mDAP-D-Ala;
- Методом MM/GBSA оценены собственные молекулярно–механические термы субстрата, фермента и комплекса в вакууме, а также полярные и неполярные вклады в энергию сольватации субстрата, фермента и фермент субстратного комплекса в растворителе.
- Оценена свободная энергии связывания L,D-транспептидазы 2 из M. tuberculosis и модельного фрагмента пептидогликана L-Ala-D-γGlu-mDAP-D-Ala.

2. Молекулярная биология.

Задачи:
- Получение мутантных форм L,D-транспептидазы 2 из M. tuberculosis методом сайт-направленного мутагенеза;
- Кинетическая характеристика полученных мутантных форм для выяснения роли аминокислотных остатков активного центра во взаимодействии фермента с субстратами и ингибиторами.

Результаты:
- Освоены методы молекулярной биологии:
--выбор мишени,
--подбор праймеров (работа в программе Vector NTI);
--проведение ПЦР/ПЦР мутагенеза;
--выделение плазмидных ДНК;
--трансформация;
--наращивание биомассы;
--получение рекомбинантных белков, их очистка;
--постановка ДНК/белкового электрофореза;
--определение кинетических характеристик ферментов;
- С помощью методов биоинформатики выбраны аминокислотные остатки, важные для проявления функциональных свойств в семействе L,D-транспептидаз, получены и охарактеризованы мутантные формы LdtMt2 Y318A, W340M и N352R;
- Разработана методика спектрофотометрического слежения за взаимодействием LdtMt2 с ковалентным ингибитором меропенемом;
- Изучена кинетика реакции с ферментом дикого типа и его мутантными формами;
- Опубликованы тезисы к 62 научной конференции МФТИ (https://mipt.ru/science/5top100/ФБМФ2.pdf с. 44)

Специалитет. Химический факультет, кафедра Химической энзимологии