Имею степень к.б.н. по специальности Генетика (2017 г.)

В сущности работала в качестве биоинформатика: решала разноплановые биологические вопросы/задачи/запросы по анализу данных. В работе использовала разнообразные «биологические» программы (как web версии, так и консольные), работала с большим количеством различных баз данных, также работала с большими массивами данных (геномы, метагеномы), писала небольшие скрипты (Python). Моя диссертация была посвящена серин-треониновым протеинкиназам (СТПК) грамположительных бактерий, анализу области связывания аденина у СТПК, а также анализу СТПК бифидобактерий. Помимо СТПК, во время моей работы в лаборатории, я также проводила сборку и последующий анализ геномов различных бактерий, в том числе: Bifidobacterium, Lactobacillus, Streptomyces, Mycobacterium (например, проводила анализ систем токсин-антитоксин, анализ семейства WhiB-подобных белков, аминогликозидфосфотрансфераз, различных регуляторных генов и генов вовлеченных (потенциально) в ось кишечник-мозг, а также, для Mycobacterium, анализ однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) связанных с вирулентностью и многое другое). Также, в рамках одного из недавних грантов, совместно с коллегами, мы провели поиск и анализ особенностей и параметров систем CRISPR-Cas микробиома кишечника человека (детей).

За время работы в лаборатории, я освоила следующие методы молекулярной биологии: ПЦР, электрофорез ДНК, посев микроорганизмов на плотные питательные среды, подбор и отжиг праймеров, и др. Во время своей дипломной работы освоила метод флуоресцентной гибридизации IN SITU (FISH) – но после завершения работы его не применяла более.

Инструменты, с которыми работала/владею:

1. Базы данных, с которыми работала: NCBI (GenBank, RefSeq), EMBL-EBI, UniProt, Protein Data Bank, InterPro, KEGG, Pfam, GigaDB, CRISPRCasdb, COGs, P2CS, MiST 2.2, VFDB, ARDB и др.

2. Алгоритмы для выравнивания пос-тей, для построения филогенетических деревьев: BLAST, Clustal Omega, ClustalW, MUSCLE, T-Coffee, MEGA, Mauve, FastTree, mafft, и др.

(Также работала с различными редакторами (+визуализация) выравнивания последовательностей: BioEdit, GeneDoc, SnapGene Viewer и др.)

3. Программы для сборки геномов и метагеномов (для работы с данными секвенирования):

(тримминг ридов, оценка качества ридов, картирование, SNP calling, работа с vcf файлами, аннотация генов, оценка качества сборки + инструменты для анализа состава микробных сообществ):
SPAdes (metaSPAdes), wengan, flye, 454 GS De Novo Assembler software program version 3.0 (и связанная с ней 454ContigGraph software), FastQC, Trimmomatic, FLASH (Fast Length Adjustment of SHort reads), DeconSeq, Samtools, VarScan 2.3.9, Bowtie2, bwa, gatk HaplotypeCaller, prodigal, glimmer3, vep, annovar, QUAST, BUSCO, MetaPhlAn2, Kaiju, QIIME2 и др.

4. Программы для поиска и анализа систем CRISPR-Cas: CRISPRCasFinder, PILER-CR, CRISPR Recognition Tool (CRT), и др.

5. Другие программы:
Bedtools package, DNACLUST, семейство программ GeneMark, IS finder, PHAST (PHAge Search Tool), Tandem Repeats Finder version 4.07b, SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool), PHOBIUS, TMHMM v. 2.0, RANDNA, tRNAscan-SE, barrnap, hmmscan, kallisto, STAR, cgplot и cgreport (EMBOSS), CpGFinder, IS finder, Prophage Finder, Tandem Repeats Finder, ChemSketch, Swiss-Pdb Viewer, RasMol, pilon, NUCmer, и др.

6. Визуализация и иллюстрация данных:
Integrative Genomics Viewer (IGV), IBS illustrator v. 1.0.1, WebLogo, Inkscape, Highcharts JS library, Circos, и др.

7. Язык программирования: Python, R

8. Дополнительно: ОС (Windows, Linux, MacOS), Word, Excel, PowerPoint, Vim, Docker, Winscp, putty, и др.

Автор более 36 научных работ, из них 2 патента:

ORCID: 0000-0001-9336-2884

GoogleScholarID orMaI3cAAAAJ

ScopusID 24478874000

AuthorID 772336 (РИНЦ)

SPIN 8864-0596 (Science Index, РИНЦ)

Дополнительно: выступала на конференциях; участвовала в образовательных программах (читала и организовывала лекции студентам из МГУПП, МФТИ); руководила дипломными работами студентов; писала статьи, тезисы, гранты, отчеты; участвовала в организации конференций; участвовала в организации мероприятий института.

Получала гранты РФФИ.