Александра К.

Начинающий биоинформатик, молекулярный биолог

Работу на полный день или научного руководителя в аспирантуру по биоинформатике

Последнее обновление резюме 12.07.2022
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

Институт белка РАН
Стажер
Сен 2021 - Май 2022
Прохождение специализации в Учебном центре Института белка РАН под руководством к.ф-м.н., д.б.н. Кулаковского И. В.
Тема исследования: «Биоинформатический анализ специфичности взаимодействия YB-1 с ДНК».
Оценка специфичности взаимодействия YB-1 c олигонуклеотидами с помощью позиционно-весовых матриц на данных, полученных методами HT-SELEX (in vitro) и ChIP-Seq (in vivo). Написание вспомогательных скриптов на языке программирования Python (версия 3.9). Построение лого-диаграмм, ROC-кривых, диаграмм рассеяния и анализ полученных данных.
Южный федеральный университет
Лаборант-исследователь
Май 2020 - Июн 2022
Тема исследования: «Оценка экологической безопасности естественных и антропогенно-измененных экосистем». Определение влияния оксида цинка и наночастиц оксида цинка на морфофизиологические признаки и уровень относительной экспрессии генов окислительного стресса у проростков ячменя (Hordeum vulgare L.). Подбор праймеров на гены интереса, ассоциированные с регуляцией про- /антиоксидантной системы. Выделение ДНК, РНК, постановка обратной транскрипции, проведение ПЦР в режиме реального времени. Статистический анализ полученных результатов. Написание статьи и тезисов.
Южный федеральный университет
Лаборант-исследователь
Мар 2018 - Дек 2019
Тема исследования: «Исследование структурно-функциональной организации пластидного генома и особенностей ядерно-цитоплазматических взаимодействий у хлорофилл дефицитных мутантов подсолнечника с внеядерным типом наследования».
Изучение морфофизиологических признаков у исходной инбредной линии 3629 и внеядерных хлорофильных мутантов en:chlorina-1, en:chlorina-6 и en:chlorina-7 подсолнечника. Участие в сборки геномов en:chlorina. Выделение РНК, постановка обратной транскрипции, проведение ПЦР в режиме реального времени. Статистический анализ полученных результатов. Написание тезисов.

Образование

Южный федеральный университет
Магистр (биология)
Сен 2020 - Авг 2022
Академия биологии и биотехнологии им. Д. И. Ивановского ЮФУ. Тема выпускной квалификационной работы: "Специфичность взаимодействия белка YB-1 с ДНК и однонуклеотидные варианты в сайтах связывания". Закончила с отличием.
Южный федеральный университет
Бакалавр (биология)
Сен 2016 - Авг 2022
Академия биологии и биотехнологии им. Д. И. Ивановского ЮФУ. Тема выпускной квалификационной работы: "Структурно-функциональная организация хлоропластной ДНК у внеядерных хлорофильных мутантов en:chlorina подсолнечника".
Закончила с отличием.

В чем вы сильны?

Знание языка программирования Python - базовый уровень:

  • matplotlib;
  • numpy;
  • os;
  • pandas;
  • seaborn;
  • shlex;
  • sklearn;
  • subprocess. 

Статистика на R - базовый уровень:

  • ggplot2;
  • tidyverse.

Владение основными молекулярно-биологическими методами:

  • выделение и очистка ДНК;
  • постановка ПЦР;
  • выделение РНК;
  • постановка обратной транскрипции;
  • подготовка библиотек на секвенирование;
  • электрофоретическое разделение НК.

Поиск и чтение научной литературы на английском языке. Знание английского - Intermediate.

Планирование и сопровождение экспериментов.

Анализ экспериментальных данных.

Составление отчетности по результатам исследований.

 

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Список публикаций:

  1. Boytsov, A., Abramov, S., Aiusheeva, A. Z., Kasianova, A. M., Baulin, E., Kuznetsov, I. A., ... & Kulakovskiy, I. V. (2022). ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs. Nucleic Acids Research.
  2. Azarin, K., Usatov, A., Minkina, T., Plotnikov, A., Kasyanova, A., Fedorenko, A., ... & Alamri, S. (2022). Effects of ZnO nanoparticles and its bulk form on growth, antioxidant defense system and expression of oxidative stress related genes in Hordeum vulgare L. Chemosphere, 287, 132167.
  3. Усатов, А. В., Макаренко, М. С., Ковалевич, А. А., & Губайдуллина, А. М.* (2019). Исследование роли пластидных генов в эффекте гетерозиса и формировании морфофизиологических признаков растений подсолнечника. Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции, 180(4), 113-120. 

* В 2019 году сменила фамилию с Губайдуллиной на Касьянову.

Дополнительное образование:

  1. Прохождение специализации по молекулярной биологии, Сентябрь 2021 - Май 2022, Учебный центр Института белка РАН, Пущино.
  2. Разведывательный анализ данных с помощью языка R, слушатель, весенний семестр 2021 - 2022, ФББ МГУ, Москва.
  3. Introduction to quantitative genetics, Октябрь - Декабрь 2021, МФТИ, Москва.
  4. Анализ данных в R, Stepik https://stepik.org/cert/1564856
  5. Введение в Linux, Stepik https://stepik.org/cert/1564849

Конференции:

  1. Касьянова А. М. Биоинфоматический анализ специфичности взаимодействия белка YB-1 с ДНК. (2022) Студенческая научная конференция "Неделя науки 2022" Южного федерального университета Секции "Генетика".
  2. Касьянова А. М. Влияние оксида цинка на морфофизиологические признаки и транскрипционную активность генов окислительного стресса у проростков ячменя. (2021) Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2021».
  3. Касьянова А. М., Дуплий Н. Г., Усатов А. В. Действие наночастиц оксида цинка на морфофизиологические признаки и экспрессию генов про-/антиоксидантной системы у проростков ячменя. (2020) Международная научно-практическая онлайн-конференция «Биоразнообразие, рациональное использование биологических ресурсов и биотехнологии».
  4. Касьянова А. М. Влияние оксида цинка на транскрипционную активность генов окислительного стресса у проростков ячменя (Hordeum vulgare L.). (2020) Юбилейная международная научно-практическая конференция "Современные технологии и проблемы селекции, семеноводства и технологии возделывания зерновых и кормовых культур".
  5. Касьянова А. М. Структурно-функциональная организация хлоропластной ДНК у внеядерных хлорофильных мутантов en:chlorina подсолнечника. (2020) Студенческая научная конференция "Неделя науки 2020" Южного федерального университета Секции "Генетика".

  6. Губайдуллина А. М.*, Макаренко М. С. Транскрипционная активность хлоропластных генов у хлорофилл-дефицинтных мутантов подсолнечника. (2019) Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2021».