Никита К.

Молекулярный биолог. Начинающий биоинформатик.
Последнее обновление резюме 24.11.2022
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано

Опыт

ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН
Лаборатория молекулярной биологии
Сен 2021 - Текущий
ПЦР. Секвенирование (Nanopore). Метагеномный анализ.
ФГБУ «ВГНКИ». Отдел генодиагностики инфекционных болезней животных.
Практикант. Стажер
Янв 2020 - Июн 2021
Выделение нуклеиновых кислот различными методами, ПЦР, RT-ПЦР.

Написание дипломной работы. Тема: Изучение циркуляции вирусных патогенов диких жвачных на территории Московской и Смоленской областей
ВК ЦЕНТР
Ассистент ветеринарного врача
Июл 2018 - Янв 2019
Ассистент отдела терапии, стационара

Образование

ФГБНУ ФНЦ ВИЭВ РАН
Аспирант. Лаборатория молекулярной биологии
Сен 2021 - Текущий
Проект: Use of frontline technologies to screen pathogens, environment and pigs for a better disease control in swine herds
МГАВМиБ им. К. И. Скрябина
Факультет ветеринарной медицины
Сен 2016 - Июл 2021
Средний балл 5.0

За учебный период получил опыт работы в животноводческих хозяйствах, ветеринарных клиниках, на продовольственном рынке.

В чем вы сильны?

Выделение нуклеиновых кислот различными методами

Выделение плазмид, рестрикция, лигирование

ПЦР (Терцик, Rotor-Gene Q, Bio-Rad, Applied Biosystems ProFlex PCR System)

Электрофорез нуклеиновых кислот

Cпектрофотометрия

Приготовление компетентных клеток, сред (LB и т.д.)

Электропорация

Опыт работы с секвенатором ONT MinIon, баркодирование, софт MINKNOW, первичный анализ результатов (EPI2me)

Python (pandas, mathplotlib, numpy, seaborn, biopython)

Знание Linux (Terminal, bash), работа с conda

Набор программ из bioconda:

  • контроль качества и тримминг: fastqc, pycoQC, trimmomatic, nanofilt, porechop, cutadapt, qcat
  • картирование: bwa, bowtie2, samtools, bedtools, minimap2, graphmap
  • Поиск отличий, SNP calling: vcftools, gatk, freebayes
  • сборка генома и polishing: spades, flye, wengan, canu, racon, nanopolish, medaka
  • контроль качества сборки: busco, quast
  • сравнение сборок: mummer
  • аннотация: prodigal, glimmer
  • функциональгная аннотация: blast, hmmer, barrnap
  • филогенетика: mafft, FastTree
  • метагеномика: kraken2, centrifuge, bracken, krona
  • seqtk, fastx_toolkit

Программы и софт: MEGA, BioEdit, SeqMan, Pavian, BLAST

 

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Знание иностранных языков:

Английский: уровень владения Upper-intermediate-Advanced,  работал волонтером на международных фестивалях в качестве переводчика, владею профессиональной ветеринарной, медицинской и биологической терминологией

Немецкий: базовый (со словарем)

Школы. Курсы. Стажировки

Курсы Stepik

       Оффлайн

  1. Летняя школа анализа биомедицинских данных, июль 2022 г. Долгопрудный, МФТИ
  2. Курс Бластим. Анализ NGS-данных, июль-август 2022 г.

Конференции

Конференция молодых учёных. Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов. Сколковский институт науки и технологий. 19-20 ноября 2022 года. Постерный доклад.