Никита К.
Молекулярный биолог. Начинающий биоинформатик.Последнее обновление резюме | 24.11.2022 |
Адрес | Москва, Russian Federation |
Электронная почта | Заблокировано |
Опыт
Лаборатория молекулярной биологии
Практикант. Стажер
Написание дипломной работы. Тема: Изучение циркуляции вирусных патогенов диких жвачных на территории Московской и Смоленской областей
Ассистент ветеринарного врача
Образование
Аспирант. Лаборатория молекулярной биологии
Факультет ветеринарной медицины
За учебный период получил опыт работы в животноводческих хозяйствах, ветеринарных клиниках, на продовольственном рынке.
В чем вы сильны?
Выделение нуклеиновых кислот различными методами
Выделение плазмид, рестрикция, лигирование
ПЦР (Терцик, Rotor-Gene Q, Bio-Rad, Applied Biosystems ProFlex PCR System)
Электрофорез нуклеиновых кислот
Cпектрофотометрия
Приготовление компетентных клеток, сред (LB и т.д.)
Электропорация
Опыт работы с секвенатором ONT MinIon, баркодирование, софт MINKNOW, первичный анализ результатов (EPI2me)
Python (pandas, mathplotlib, numpy, seaborn, biopython)
Знание Linux (Terminal, bash), работа с conda
Набор программ из bioconda:
- контроль качества и тримминг: fastqc, pycoQC, trimmomatic, nanofilt, porechop, cutadapt, qcat
- картирование: bwa, bowtie2, samtools, bedtools, minimap2, graphmap
- Поиск отличий, SNP calling: vcftools, gatk, freebayes
- сборка генома и polishing: spades, flye, wengan, canu, racon, nanopolish, medaka
- контроль качества сборки: busco, quast
- сравнение сборок: mummer
- аннотация: prodigal, glimmer
- функциональгная аннотация: blast, hmmer, barrnap
- филогенетика: mafft, FastTree
- метагеномика: kraken2, centrifuge, bracken, krona
- seqtk, fastx_toolkit
Программы и софт: MEGA, BioEdit, SeqMan, Pavian, BLAST
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
Знание иностранных языков:
Английский: уровень владения Upper-intermediate-Advanced, работал волонтером на международных фестивалях в качестве переводчика, владею профессиональной ветеринарной, медицинской и биологической терминологией
Немецкий: базовый (со словарем)
Школы. Курсы. Стажировки
Курсы Stepik
Оффлайн
- Летняя школа анализа биомедицинских данных, июль 2022 г. Долгопрудный, МФТИ
- Курс Бластим. Анализ NGS-данных, июль-август 2022 г.
Конференции
Конференция молодых учёных. Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов. Сколковский институт науки и технологий. 19-20 ноября 2022 года. Постерный доклад.