Дария К.

Начинающий биоинформатик, молекулярный биолог, биофизик
  • Обработка данных NGS;
  • Разработка алгоритмов и сборка биоинформатических пайплайнов
  • Формализация биологических задач и поиск подходов к их решению
  • Участие в написании статей
  • Data science (разбор актуальных статей по генерации молекул, предсказанию свойств молекул; имлементация методов из статей)
Последнее обновление резюме 13.08.2022
Адрес Санкт-Петербург, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

Центр Биоинформатики ПСПбГМУ им. И.П.Павлова
Студент
Ноя 2021 - Текущий
Задачи: Освоение биоинформатических инструментов (Ugene, iqTree), работа с алгоритмами (BlastP, Clustal Omega, MAFFT) и базами данных (NCBI, GnomAD, Uniprot, ClinVar)

Достижения: Выяснены причины ложно-отрицательного результата прогнозирования эффекта мутации р.V281L CYP21A2 с помощью автоматизированных биоинформатических инструментов.
НМИЦ онкологии им. Петрова
Лаборант-исследователь
Мар 2020 - Авг 2022
Задачи: Молекулярно-генетическое тестирование опухолевого материала на мутации в генах KRAS, NRAS, BRAF. Разработка ПЦР-тестов: подбор олигонуклеотидов и праймеров, постановка экспериментов. Пробоподготовка образцов на таргетное секвенирование, анализ образцов методом цифровой ПЦР.

Достижения: Разработка и валидация тест-системы для детекции образцов с малым процентным содержанием опухолевой клеток на мутации в генах KRAS, NRAS, BRAF методом цифровой ПЦР.

Образование

Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (ИТМО)
Биоинформатика и системная биология (Прикладная математика и информатика)
Авг 2022 - Текущий
Программа реализуется на базе международной лаборатории «Компьютерные технологии» Университета ИТМО, где ведут исследования и преподают победители чемпионата мира по программированию и для которой биоинформатика является одним из приоритетных направлений развития, а также в сотрудничестве с Институтом биоинформатики.
Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого
Институт биомедицинских систем и биотехнологий , Медицинская и биоинженерная физика
Авг 2018 - Июн 2022
Образовательная программа предоставила возможность получить многопрофильное образование, гармонично сочетающее в себе классическую политехническую базу физико-математической подготовки и инженерные навыки с фундаментальными дисциплинами химико-биологического и медицинского профиля.

В чем вы сильны?

Разработка ПЦР-тестов: подбор олигонуклеотидов и праймеров, постановка экспериментов. Пробоподготовка образцов на таргетное секвенирование, анализ образцов методом цифровой ПЦР.

Работа с биоинформатическими инструментами (Ugene, iqTree), работа с алгоритмами (BlastP, Clustal Omega, MAFFT) и базами данных (NCBI, GnomAD, Uniprot, ClinVar)

Знание Snakemake, Работа с Docker, Уверенное владение Python, Работа с командной строкой, знание высшей математики, знание SQL

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Конференция:

Исследование патогенности мутации V281L в гене CYP21A2 при врожденной гиперплазии надпочечников. XI Конгресс молодых ученых, Санкт-Петербург, 4-6 апреля 2022 г

Cтатья, тезисы на одноименннуюю тему в сборники трудов XI конгресса молодых ученых

Летние/зимние школы:

2022 МФТИ ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава России, Анализ данных в биологии и медицине (Трек: пайплайны)

2022 Национальный исследовательский университет "Высшая школа экономики" Факультет компьютерных наук, Анализ данных в биологии и медицине
2021 НТУ Сириус Современная биоинформатика
 
Онлайн курсы :
2021 Институт биоинформатики Stepic, Введение в Linux,