- Разработала и валидировала пайплайны для транскриптомного анализа моноцитов и цибридных линий, создала пайплайн для функционального анализа путей, включающих дифференциально экспрессирующиеся гены, и поиска генов-мастер-регуляторов, что позволило обнаружить новые механизмы раннего формирования атеросклероза.
- Приняла участие в 5 конференциях, в том числе сделав 2 устных доклада и представив 3 постера, в том числе на 2 международных конференциях.
- Была отмечена за навыки презентации, получив диплом 1-ой степени за устный доклад на школе биоинформатики SBB2023 в Новосибирске

Курс "Анализ данных NGS" (январь-февраль 2024):
- Провела 6-часовое занятие по анализу данных метилирования от теории к практике, в ходе которого участники вместе со мной проанализировали несколько RRBS образцов в контексте атеросклероза и интегрировали результаты с транскриптомными
- Курировала 2 участников курса по проекту "Дифференциальное метилирование в контексте РМЖ"
- Курировала участников, интересовавшихся транскриптомным анализом
- Адаптировала bash скрипты под нужды участников
- Консультировала по функциональному анализу наборов генов, поиску сигнальных и метаболических путей, интеграции данных омиксных экспериментов
- Отслеживала активность и успеваемость участников курса, менеджерила работу других технических ассистентов

Курс "Машинное обучение в биоинформатике" (август-октябрь 2023):
- Ассистировала участникам, имеющим сложности с базовым программированием на Питоне и статистикой
- Курировала участников, выбравших финальный проект, связанный с деконволюцией данных РНК-секвенирования и классификацией типов клеток мозга по данным scRNAseq
- Курировала две группы хакатона по тематике "Детекция рака по cell-free RNA опухоли по bulk-RNAseq"

Курс "R и Статистика" (март-апрель 2023, октябрь-ноябрь 2023):
- Проводила разбор реального кейса по анализу данных ChIPseq и интеграции его с данными экспериментов по метилированию и RNAseq
- Отвечала за биологическое наполнение курса (нюансы препроцессинга данных в биологии, примеры анализа клинических данных, основные статистические методы, используемые в биологии и медицине)
- Менеджерила работу тех. ассистентов во время курса

Курс "Анализ данных NGS" (январь 2023, июнь-июль 2023):
- Курировала участников, интересовавшихся транскриптомным анализом
- Адаптировала bash скрипты под нужды участников
- Консультировала по функциональному анализу наборов генов, поиску сигнальных и метаболических путей, интеграции данных омиксных экспериментов

Курс "R и статистика" (октябрь-ноябрь 2022):
- Персонально курировала 2 участников курса по программе, в том числе помогала с анализом собственных данных (клинических и биологических)
- Объясняла нюансы теории и практики в программировании на R, помогала с выбором корректных статистических методов для анализа данных, отвечала на вопросы оффлайн и онлайн участников, в том числе на вопросы, не входящие в текущую программу
- Занималась устранением технических неполадок оффлайн и онлайн участников, связанных с программированием (установка программ и пакетов, запуск, отладка кода)


Вне курсов разработала методичку "Выбор статистического метода", которая вскоре будет доступна на сайте Blastim.

Обработка данных секвенирования NGS (Illumina/IonTorrent) Homo sapiens (древняя и современная ДНК), расчёт уровней метилирования по данным секвенирования с UDG и бисульфитной конверсией, поиск дифференциально метилированных позиций и регионов (ДМП/ДМР), ассоциация метилирования с экспрессией генов
Работала с данными methylation arrays, WGBS, RRBS, ChIP-seq
- Python (Pandas, numpy, scipy);
- SQL;
- R (HM450/EPIC kit, methylKit, rGREAT);
- UNIX (bash script, awk, sed);
- Расчёты на SLURM-кластере;
- Поиск и тестирование ПО для расчёта уровней метилирования (epiPALEOMIX, DamMet);
- Подготовка данных NGS к расчету уровней метилирования (QC, trimgalore/trimbam, bwa/bowtie2, alignment control - samtools, variant calling/filtering GATK+bcftools);
- Аннотация генов с помощью UCSC Genome browser, GREAT, GO, DAVID
- Поиск и отбор литературы по тематике, анализ англоязычных источников, адаптация описываемых методов под нужды лаборатории.
В данный период была написана выпускная квалификационная работа «Поиск дифференциально метилированных регионов, вовлечённых в процессы ожирения, в геномах древних и современных людей», получившая отличную оценку.
Работа велась в рамках гранта РФФИ «Поиск эпигенетических детерминант ожирения путем сравнения профилей метилирования геномов древнего и современного человека».

Разработан пайплайн для обработки сырых данных РНК-сиквенса (qc, trimmomatic, tophat/STAR/hisat2, normalization, annotation, DGE - edgeR/cuffdiff), проводила статистический анализ данных дифференциальной экспрессии (volcano plot, heat map, PCA, Wenn diagrams, etc), участвовала в подготовке визуальных данных для постеров и статей, публикуемых лабораторией (Corel Draw, R plots, Figma, MS Excel).

Проверка домашних и контрольных работ, устный прием задач на уроках, объяснение материала, прием зачетов и экзаменов, проведение уроков в качестве заменяющего учителя.
Работала с 8-11 классами.

Приём и регистрация проб пациентов, ведение ЛИС, выделение РНК SARS-CoV-2 из образцов слюны/мокроты/тканей с помощью промышленных наборов в соответствии с СОП, архивация проб, дезинфекция рабочего места и аппаратуры.

Принимала участие в школе для молодых ученых в качестве студента.
Во время конференции представила доклад на тему "Транскриптомный анализ цибридных клеточных линий на основе человеческих моноцитов для выявления потенциальных механизмов атерогенеза" (диплом I степени).
Посетила практики:
- Анализ транскриптомных данных
- От мотивов связывания транскрипционных факторов к экспрессии генов. Что можно узнать из данных ChIPseq экспериментов?
- Реконструкция генных сетей с использованием программы ANDVisio платформы ANDSystem
- Мультиомное профилирование единичных клеток на платформе BD Rhapsody (scRNAseq и AbSeq)

Диплом с отличием
В рамках обучения были наработаны базовые навыки работы в мокрой лаборатории (выделение НК из различных тканей, ПЦР, электрофорез, подготовка библиотек к сиквенсу, приготовление сред и растворов)
В 2022 была выполнена дипломная работа "Поиск дифференциально метилированных регионов, вовлеченных в процессы ожирения, в геномах древних и современных людей".